Мария и Хантингдон встретились 21 сентября 1569 года; он нашел, что она отчаялась получить помощь от Елизаветы и вновь начала угрожать обращением за помощью к «другим государям». Четыре дня спустя Елизавета приказала, чтобы Марии не разрешали покидать замок, количество ее слуг подлежало сокращению, а все сундуки, принадлежавшие королеве и ее слугам, должны были подвергнуться обыску. Ответом Марии через четыре дня стала трагическая жалоба на Елизавету. Обыск провели с применением силы, причем проводившие его люди были вооружены, ее слуг прогнали из дома, а она теперь превратилась в настоящую арестантку. Мария просила Елизавету встретиться с ней, отослать ее обратно в Шотландию или даже отпустить ее за выкуп, но не позволить ей «увянуть от слез и бесплодных сожалений». Елизавета обезопасила Норфолка, отправив его 11 октября в Тауэр, а Джона Лесли поместили в доме епископа Лондонского.

9 ноября Мария опять заболела — «цвет ее лица и кожа сильно пострадали», и обеспокоенный Шрусбери известил об этом столицу, тем временем он и Бесс по очереди сидели у постели больной. Мария всегда принимала решение, сначала выслушав советы — братьев Гизов, Летингтона или Морея. Теперь у нее не было советников, она не могла попробовать свое очарование на ком-либо, облеченном властью, и понятия не имела, что делать. Она поняла — хотя так никогда и не признала этого, — что бегство в Англию было ужасной ошибкой, и по мере того, как условия ее содержания становились все строже, а количество членов свиты сокращалось, ее статус арестантки становился все более очевидным. Очередной поклонник Марии, которого она не искала, но которого бездумно поощряла, ведь кокетство было ее второй натурой, теперь испытывал последствия королевской опалы в Тауэре. Единственным выходом была болезнь, и тело не подвело Марию.

Но в середине ноября Мария невольно подверглась еще большей угрозе со стороны Елизаветы. Северяне — графы Уэстморленд[103] и Нортумберленд были полны решимости восстановить католическую веру и выступили на юг с плохо организованной армией в тысячу пехотинцев и полторы тысячи кавалеристов. Они выслушали мессу в Даремском соборе, восстановили алтари и купели с освященной водой и сожгли все протестантские служебники. Смотритель Северной марки Сассекс не посмел атаковать численно превосходящие силы восставших, и те быстро захватили замок Барнард и нацелились на Йорк. К 23 ноября они подошли к Тадкастеру, всего в пятидесяти милях от Татбери, и возможность того, что они в течение ближайших нескольких дней освободят Марию и провозгласят ее королевой Англии, стала вполне реальной. Епископ Росский написал им, стараясь убедить восставших захватить Харлтпул, который можно было бы использовать как порт высадки прибывшей из Нидерландов армии Альбы. Понятно, что эти события породили в Татбери настоящую панику. Сама Мария опасалась, что у Хантингдона есть приказ убить ее, если освобождение покажется вероятным. По прямому приказу Елизаветы Марию поспешно перевезли в Ковентри.

Поскольку елизаветинский совет в Лондоне рассматривал Ковентри как удобно расположенную точку на карте, он и не подозревал, что там нет подходящего замка или дворца аристократа, в котором могла бы остановиться Мария. Отчаявшийся Шрусбери разместил ее сначала в Булл-Инне, куда она прибыла, когда уже стемнело, и была заперта в комнате, чтобы избежать «скопления народа». С Елизаветой чуть не случился удар от ярости, когда она узнала, что предполагаемый центр притяжения Северного восстания помещен в обычную таверну. Королева немедленно потребовала, чтобы Марию отправили «в более удобный дом».

Силы восставших рассеивались по мере продвижения на юг, а к 20 декабря их остатки повернули на север и искали убежища в Шотландии. Шестьсот человек повесили, Морей захватил Нортумберленда и, словно в насмешку, поместил его в замок Лохливен, а затем отправил на юг — на казнь. Немногие выжившие бежали в Испанские Нидерланды, превратившись в вечных изгнанников. Не в последний раз неразумная привязанность к лишенному власти представителю рода Стюартов приводила к гибели или изгнанию.

Оба графа, Нортумберленд и Уэстморленд, пытались утверждать, что Норфолк был причастен к неудачному восстанию, но он прямо отрицал это в длинном письме Елизавете, а также тот факт, что просил Марию выйти за него замуж. В начале 1570 года Мария вернулась в Татбери и паника начала стихать.

Тем не менее один из людей Эрендела, а тот был одним из многочисленных родственников Норфолка[104], планировал «увезти ее из Татбери, переправить в Эрендел в Сассексе, а оттуда — на корабле во Францию». Когда об этом сообщили шотландской королеве, она ответила: «Если граф Эрендел или Пемброк пошлют для этого своего рыцаря, я соглашусь на этот план, в противном случае я не рискну». В конце декабря 1569 года Мария написала Норфолку, благодаря за подаренный ей бриллиант, поклялась носить его «незаметно на шее», любить его «верно до самой смерти» и предостерегала его от вернувшегося в Лондон Хантингдона. 15 января она умоляла его «не верить ни одному человеку, который скажет, что я когда-либо хотела оставить вас». Хотя Мария и использовала шифр, она должна была знать, что Сесил читает ее корреспонденцию, поэтому, поощряя Норфолка, все еще находившегося в Тауэре, она надевала веревку на шею несчастного очарованного мужчины. Тот факт, что они никогда не встречались, делает ее девчоночье поведение еще более достойным порицания, но для Марии Стюарт граф Норфолк олицетворял возможность освобождения. В сочетании с романтической идеей о том, как ее спасет благородный лорд, этот план вытеснил из ее головы всяческое представление о реальной политике, если оно у нее вообще было.

Во время восстания Мария нашла возможность отправить своему сыну, трехлетнему Якову, несколько предметов одежды, а также «двух пони-иноходцев», а Джон Лесли, епископ Росский, подобающим образом запросил паспорта для сопровождавших их слуг. Как и в прошлом, воспитание Гизов не дало Марии забыть о тщательном исполнении своих общественных и семейных обязанностей, хотя материнский долг для арестантки превращается в трагедию. Паспорта выдали, однако их задержали до 29 декабря 1569 года. Около месяца спустя, 22 января, Мария написала Якову, напоминая ему, что у него есть «любящая мать, которая желает Вам в надлежащее время научиться любить и бояться Бога». Получил ли Яков подарки, сомнительно, ведь его воспитание находилось в руках Джорджа Бьюкенена, автора самой отвратительной клеветы на Марию. Королева также послала сыну несколько нарядов и букварь — «показывающий, как пишутся буквы», — при посредничестве графини Мар, умоляя ее не дать Якову забыть, что у него есть любящая мать.

Казалось, Морей полностью контролировал Шотландию, перепуганный Норфолк был готов выполнять все желания Елизаветы. Северное восстание подавили, а за Марией постоянно наблюдали — с дверей комнат, где спали ее слуги, сняли замки, так что их можно было проверять в любое время, даже когда они спали.