Советники Елизаветы требовали казни Марии, но в тот момент она оказала им сопротивление. Поэтому в конце 1572 года Джон Лесли, епископ Росский, приказал своему повару подготовиться к рождественскому пиру.

Пока Шрусбери находился в Лондоне, председательствуя на суде над Норфолком, его место в Шеффилде занял сэр Ральф Сэдлер. Наступила его очередь выслушивать жалобы Марии на условия ее заключения. Мария проявила несомненное высокомерие, сказав о Норфолке и прочих заговорщиках: «Пусть отвечают за себя», и заявила Сэдлеру, что никогда не встречала Ридольфи. Что же до ее посла, епископа Росского, он «скажет все, что вы от него захотите». Сэдлер и Бесс получили отправленные для нее из Франции лекарства, прибывшие с невинным на вид сопроводительным письмом, которое, однако, содержало наполовину пустой лист бумаги. Сэдлер пытался нагреть лист — невидимые чернила, например, лимонный сок, темнеют от нагревания и становятся заметными — но так ничего и не обнаружил. На следующее утро Мария в сопровождении Бесс гуляла в саду замка, когда Сэдлер доставил письмо, отмахнувшись от жалоб на то, что его подали уже вскрытым. Сэдлер отметил, что Марии не хватало физических упражнений, так что порой ее приходилось вести. При известии о том, что Норфолку был вынесен приговор, она расплакалась горькими слезами. Мария погрузилась в печаль и строго постилась, через день посылая Елизавете резкие письма. Та ответила на них, передав письмо с возвращавшимся графом Шрусбери. Марии неизбежно напомнили об ее отказе признать Эдинбургский договор, а также предъявили длинный список претензий; она отвергла дружбу Елизаветы, настояла на том, чтобы выйти замуж за Дарнли наперекор пожеланиям английской королевы; она вместе с Норфолком и Ридольфи планировала захватить престол и использовать иностранную военную помощь для вторжения в Англию. Шрусбери было приказано зачитать Марии этот документ «один, два раза или чаще, если она потребует». Дни, когда Елизавета была ее «дражайшей сестрой», закончились.

В течение 1572 года надежды Марии на освобождение становились все более и более призрачными. Шрусбери вновь пришлось сократить свиту Марии, отчасти из соображений безопасности, поскольку она стала центром притяжения для всех недовольных католиков, а отчасти из-за высокой цены, в которую обходилось ее содержание Елизавета предоставляла графу 52 фунта в неделю, но выплаты производились, мягко говоря, неаккуратно. На февраль 1570 года корона задолжала Шрусбери 2808 фунтов, а выплатила только 2500, и не было никаких шансов получить недостающие 300 фунтов. Выплаты рассчитывались исходя из того, что двор Марии состоял из тридцати человек, но когда число ее придворных увеличивалось, а такое происходило часто, графу приходилось самому восполнять недостачу. Выделенное Марии содержание не было рассчитано на то, чтобы джентльменам ее двора за обедом подавали восемь блюд, а дамам — пять. Признаком высокого статуса дворянина была щедрость, проявляемая к слугам, а Мария была воспитана как принцесса Валуа. Кроме этого, после раскрытия попытки побега Шрусбери был вынужден увеличить число охранников. Елизавета предпочла бы, чтобы Мария жила на пенсию вдовствующей королевы, выплачивавшуюся во Франции, а также на ее шотландские доходы, но французская пенсия выплачивалась крайне нерегулярно, а шотландский регент вообще прекратил все выплаты. Шрусбери имел все основания жаловаться на то, что даже его несметное богатство пострадало от необходимости содержать двор, который, помимо всего прочего, ежемесячно выпивал 500 галлонов вина. Шрусбери был достойным человеком и старался сделать жизнь Марии в заключении как можно более удобной, однако он находился в суровых финансовых тисках. Хотя его жена Бесс сама была богата, она была одной из самых амбициозных женщин в Англии и он не мог рассчитывать на ее доход.

26 мая 1572 года Елизавета получила письмо от «клириков верхней палаты» (то есть епископов, заседавших в палате лордов), требовавших покарать Марию «вплоть до смерти». Вскоре после этого Елизавета написала Марии, сообщая ей о том, что парламент хочет принудить ее заставить Марию ответить на тринадцать пунктов обвинения в нелояльности, сформулированных в акте об объявлении вне закона. Парламентская депутация прибыла в Шеффилд, и Мария ответила на обвинения, повторив старые доводы относительно совмещения своего герба с английским гербом по настоянию покойного свекра и заявив, что ничего не знала о последних событиях, включая заговор Ридольфи. Она не знала о том, что могли делать ее друзья, однако «не существует доказательств того, что она утверждала — она является или должна быть королевой Англии или что такие утверждения делались от ее имени или с ее ведома». Елизавета не желала, чтобы парламент судил ее сестру-королеву и, возможно, приговорил ее к смерти за измену, которой та, строго говоря, не совершала, поэтому она использовала весь свой немалый талант убеждать для того, чтобы билль не прошел.

В августе положению Марии в Англии был нанесен еще более серьезный удар из-за событий во Франции. Лидер гугенотов адмирал Колиньи приобретал все больше власти и популярности. В результате вечером 23 августа 1572 года, в канун праздника святого Варфоломея, у дома Колиньи в Париже появился Генрих де Гиз, сын убитого дяди Марии Стюарт, вместе с отрядом солдат. Колиньи был убит, а по Парижу распространился ошибочный слух о том, что король приказал убивать протестантов. В течение трех последующих дней в столице разыгралась вакханалия убийств; в общей сложности погибло около трех тысяч человек, многих калечили и сбрасывали в Сену. Дома убитых, конечно, были разграблены, а затем сожжены. По стране аналогичные взрывы насилия спорадически возникали вплоть до октября. В целом во всей Франции убили около 12 тысяч протестантов.

После Северного восстания и недавних событий в Восточной Англии всем было понятно, что за внешне мирной жизнью в королевстве скрывается воинствующий католицизм. Известия о резне во Франции, а также мысль о возможном ее повторении в Англии были худшим кошмаром Елизаветы и Сесила. Оба они едва сумели уцелеть в правление Марии Тюдор, закончившееся всего четырнадцатью годами ранее. В некоторых сельских церквях, которые перешли от протестантского обряда, соблюдавшегося при Генрихе VIH, к католической мессе при Марии — порой с тем же самым священником, — алтарные покровы и литургическая утварь были просто спрятаны с приходом к власти Елизаветы, поскольку люди ожидали, что официальной религией в стране вскоре вновь станет католичество. В целом общественное мнение Англии вовсе не приветствовало возвращение к мученичествам времен Марии Тюдор и связывало существование Марии как католического претендента на престол с возможностью того, что и в Англии произойдут события, подобные Варфоломеевской ночи. Народ Англии никогда раньше не проявлял дружеского расположения к Марии, но теперь он настроился резко враждебно к католикам. Раньше Мария представляла собой головную боль для королевского двора, теперь же ее считали гнойной язвой на протестантском политическом теле.

Кампанию против Марии продолжил епископ Лондонский[110], предложивший Бёрли обезглавить ее, а Лестеру было отправлено длинное анонимное письмо, в котором провозглашалось: «для нашей королевы, нашего королевства и всего христианского мира нет другого лекарства, кроме как казнь шотландской королевы. Нарыв на теле мира нужно вскрыть». Тон этого письма аналогичен тому, что было написано «высшим духовенством» 26 мая.