В сентябре 1574 года Мария проявила свою обычную заботу о слугах, попросив архиепископа найти для Мэри Сетон часы. Мэри Сетон была последней из четырех Марий, оставшейся незамужней, и являлась объектом страсти Эндрю Битона, унаследовавшего после отца, Джона, должность камергера двора Марии. Однако Мэри Сетон утверждала, что дала обет хранить целомудрие, еще когда девочкой вместе со своей госпожой прибыла во Францию. Битон, человек явно решительный, отправился в 1577 году во Францию, чтобы получить для Мэри разрешение от обета. Удалось ли ему этого добиться или нет, остается тайной, поскольку несчастный Битон утонул на обратном пути, а шесть лет спустя Мэри Сетон, все еще девственница, вернулась во Францию и прожила остаток дней в монастыре Сен-Пьер в Реймсе, аббатисой которого была Рене де Гиз.

22 сентября Мария попросила архиепископа приобрести для нее несколько собак в добавление к паре очаровательных маленьких собачек, которые, как она была уверена, отправляет ей ее дядя-кардинал; ведь кроме чтения и необходимой работы у нее нет никаких удовольствий. Она закончила свое грустное письмо, напомнив архиепископу о том, что щенков необходимо тепло укутать во время путешествия.

Пока Мария беспокоилась о своей растущей своре, ее хозяйка Бесс высматривала династический союз. В течение некоторого времени она вела переговоры о браке между своей дочерью Элизабет и графом Саффолком[115], но, прослышав, что недавно овдовевшая графиня Леннокс и ее сын, молодой граф Чарлз Стюарт, отправляются на север, немедленно предложила им встречу. Елизавета запретила графине посещать Чатсуорт. От одной мысли о том, что мать Дарнли, неисправимая заговорщица и постоянная обитательница Тауэра, приблизится к Марии, у нее кровь стыла в жилах. Однако аббатство Раффорд было собственностью Шрусбери и лежало на пути графини на север, так что визит был запланирован. Он продлился пять дней; две матери были заняты предсвадебными переговорами, а их пятнадцатилетние дети были предоставлены сами себе. Чарлз Стюарт был правнуком Маргарет Тюдор и, таким образом, имел прямые права на английскую корону, хотя и по женской линии. Если бы в результате брака на свет появился сын, он в свою очередь стал бы графом Ленноксом и, пожалуй, имел бы более серьезные права на английский престол, нежели Яков VI. Шрусбери желал этого брака хотя бы во имя собственного спокойствия: «Когда это произойдет, я вздохну спокойно, ведь в Англии мало найдется сыновей знатных дворян, с которыми она бы не просила меня переговорить в тот или иной момент». Брак в самом деле совершился с великой быстротой.

Елизавета была вне себя от гнева. Обеих графинь сразу вызвали в Лондон, чтобы бросить в Тауэр. Обе эти устрашающие женщины так часто вызывали недовольство Елизаветы, что не будет большим преувеличением представить себе: у них были свои собственные апартаменты в этой мрачной крепости, однако благодаря заступничеству друзей они были всего лишь помещены под домашний арест. Все, кроме Бесс, вздохнули с облегчением, когда осенью 1575 года у пары родилась дочь, леди Арабелла. Для Бесс это означало, что на ее пути к превращению в королеву-мать объединенного королевства стояли Мария и ее сын Яков VI, а Бесс не любила препятствий.

Паранойя Елизаветы не знала никакой логики, и она включила Шрусбери и Марию в число обвиняемых во время приступов ярости, убежденная в том, что они вместе с Бесс сговорились устроить этот брак. Мария боялась что ее, в лучшем случае, передадут на попечение графу Хантингдону или, в худшем, просто отравят. Она писала Генриху III, прося либо спасти ее, либо отомстить за ее смерть. Ощущение изоляции усилилось после того, как 26 декабря в Авиньоне умер кардинал Лотарингский. Он был последним из ее советников, и хотя и присвоил большую часть ее дохода и использовал ее как пешку в политических играх семейства Гизов, все же представлял собой нить, соединявшую Марию с золотыми днями ее юности, проведенными во дворцах на Луаре. Она готова была принять его смерть как волю Бога, подобно всем остальным несчастьям, выпавшим на ее долю.

Еще не зная о смерти кардинала, Мария в тот же день писала архиепископу Глазго, объясняя, почему отвергает все предложения признать Якова королем Шотландии. Он был коронован в возрасте тринадцати месяцев, сразу после ее отречения, однако его мать впоследствии объявила отречение недействительным и, следовательно, в собственных глазах оставалась истинным правителем Шотландии. Мария желала, чтобы ее посол отчетливо прояснил: договоры о дружбе между Францией и Шотландией означали договоры с ней и ни с кем иным.

Одним из долговременных последствий отлучения Елизаветы от церкви стало усиление преследования католиков, и Мария не была исключением. Ее духовником был Ниниан Винзет, официально считавшийся ее секретарем, но его изгнали вместе с Джоном Лесли, епископом Росским, и поэтому в течение некоторого времени Мария была лишена утешения религиозных обрядов. Они были столь важной частью ее жизни, что лишившись их, она написала папе Григорию XIII в октябре 1575 года, прося о различных послаблениях. Мария желала, чтобы тайно посещавшему ее капеллану, иезуиту по имени Самери, было позволено давать ей отпущение грехов после исповеди. Она также просила, чтобы отпущение грехов было дано двадцати пяти католикам, посещавшим протестантские службы только из страха быть обнаруженными. Она просила прощения у папы за то, что не опровергала оскорбления со стороны еретиков. И наконец, она желала получить indulgentiam in articulo mortis dicendo Jesus Maria, то есть полное отпущение грехов в момент смерти после произнесения — даже мысленного — слов «Иисус Мария». Ведь возможность насильственной смерти от руки убийцы или же в результате судебного приговора была вполне реальной.

Примерно в это же время Мария написала несколько поэтических строк в часослове, который она хранила при себе с тех пор, как приехала во Францию. Казалось, она использовала этот бесценный средневековый молитвенник как записную книжку, чтобы занять чем-либо время в моменты депрессии, и ее комментарии до крайности грустны. Многие записи, например, такие как «была ли чья-либо судьба грустнее, чем моя?», полны отчаяния и могли быть внесены на протяжении большого промежутка времени. Теперь она приняла свою судьбу — «Теперь я уже не та, что была раньше!» — и, кажется, рассматривала жизнь как нечто, что нужно претерпеть в ожидании смерти. Мария не была глубоким мыслителем, но эти строки показывают темную сторону ее характера. Сияющая улыбка и придворное очарование покинули ее, а тюремное заключение начало разъедать ее оптимизм. Через пять лет, в 1580 году, она, как считается, написала «Эссе о бедствиях», сборник кратких заметок, посвященных ее заключению, не имеющий четкого плана. Оно выглядит так, как если бы она начала собирать свои размышления и подкреплять их затем примерами. Поскольку ее лишили возможности выполнять долг, к которому «Господь предназначил меня с колыбели», Мария стремилась привести примеры жизненных бедствий — «столь хорошо знакомый мне предмет», — считая, что вряд ли кто испытал больше, и никто из правителей уж точно здесь с ней не сравнится.

Поэтому она начала с обоснования данного ей Богом права на власть и уникальности своего положения. Она изложила план — которому сама потом не стала следовать — рассмотрения душевных и физических страданий, после чего Господь, наконец, простит всех грешников. За неизбежными примерами из Писания следовало отступление к античным авторам и знаменитым случаям самоубийства. Она обвиняла «знатного и благородного государя, которого я имею честь числить среди своих родственников», в том, что тот запятнал «знаменитое имя», не исповедовавшись в небольшом бесчестье. Мария не сказала, кого из родственников имела в виду, но у нее был богатый выбор. Она завершила труд предупреждением о том, что хотя смирение есть великая добродетель, те, кто призван к величию, не должны избегать предназначенной им Богом обязанности. Вся работа, с ее многочисленными зачеркиваниями, пропусками и исправлениями, представляет собой написанную подростком версию ученой проповеди князя церкви, однако во время ее составления Марии было тридцать восемь лет и от нее можно было бы ожидать большей зрелости. Она больше не думала о побеге и возвращении к власти, и ее единственной надеждой на будущее была ее неколебимая вера в Бога и мелкие улучшения и послабления, предоставляемые узникам, заключенным в тюрьму пожизненно.