В ответ 15 апреля 1943 г. Совинформбюро обвинило в катынском преступлении нацистов, объявив, что польские военнопленные: «находились в 1941 г. в районе западнее Смоленска на строительных работах и попали со многими советскими людьми, жителями Смоленской области, в руки немецко-фашистских палачей летом 1941 года» (Катынь. Расстрел… С. 448).

25 сентября 1943 г. Красная Армия освободила Смоленск от немецкой оккупации. 12 января 1944 г. была создана советская «Специальная комиссия по установлению и расследованию обстоятельств расстрела немецко-фашистскими захватчиками в Катынском лесу военнопленных польских офицеров» , председателем которой назначили академика Н.Н.Бурденко.

В том же январе Специальная Комиссия, более известная как комиссия Бурденко, провела эксгумацию польских захоронений в Катыни-Козьих Горах. 26 января 1944 г. в газете «Правда» было опубликовано официальное Сообщение Комиссии, в котором говорилось: «… до захвата немецкими оккупантами Смоленска в западных районах области на строительстве и ремонте шоссейных дорог работали польские военнопленные офицеры и солдаты. Размещались эти военнопленные поляки в трех лагерях особого назначения, именовавшихся: лагери № 1-ОН, № 2-ОН и № 3-ОН, на расстоянии от 25 до 45 км. на запад от Смоленска.

Показаниями свидетелей и документальными материалами установлено, что после начала военных действий, в силу сложившейся обстановки, лагери не могли быть своевременно эвакуированы, и все военнопленные поляки, а также часть охраны и сотрудников лагерей попали в плен к немцам.

… Произведенная судебно-медицинская экспертиза эксгумированных трупов с неопровержимой ясностью доказывает, что расстрел военнопленных поляков был произведен самими немцами… Судебно-медицинская экспертная комиссия на основе данных и результатов исследований… утверждает, что этот расстрел относится к периоду около 2-х лет тому назад, т. е. между сентябрем – декабрем 1941 г.»

Но убедительно донести до советской и польской общественности итоги работы комиссии советские пропагандисты оказались не в силах. В этом плане интерес представляет письмо писателя Алексея Толстого, члена комиссии Бурденко, Председателю Президиума ВС РСФСР Николаю Швернику, датированное 3 февраля 1944 г.

Толстой писал по поводу документального фильма «трагедия в Катынском лесу», посвященного работе комиссии Бурденко в Катыни. Он отмечал, что в таком виде фильм не только «совершенно не годится для показа, но может даже произвести отрицательный эффект. Сцена допроса свидетелей озвучена так, что похоже на то, что свидетели повторяют какой-то заученный урок. Их речь получается неживой и вследствие этого неправдоподобной» (ГАРФ. Ф. 7021. Оп. 114. Д. 8. Л. 349).

В послевоенной Польской республике выводы комиссии Бурденко были встречены общественностью неоднозначно. В то же время, как утверждают очевидцы, в 1943 г. многие поляки не поверили нацистам. Варшавянин Потьканский Эдвард, бывший солдат германской армии на допросе в конце 1943 года в специальном лагере № 24 3-его Белорусского фронта сообщил: «В разгар катынской кампании я был в Польше. Гитлеровская польская газета «Курьер Варшавский» заполняла целые страницы фамилиями польских офицеров, будто бы замученных большевиками в Катыни. С больших предприятий в Катынь посылались делегаты, которые по возвращении должны были рассказывать о зверствах большевиков. Таких же представителей немцы посылали даже из концлагерей. Это были польские офицеры.

Многие делегаты, возвратясь из поездки, рассказывали обратное тому, что хотелось гитлеровцам. Вскоре эти делегаты были арестованы и пропали без вести. На стенах домов появились надписи: «Катынь – дело рук гестапо». Такие надписи можно было прочесть на Новогрудской, Маршалковской и других улицах. На скамейках в Саском саду были приклеены записи, в которых сообщалось, что убийцами польских офицеров в Катыни являются немцы. Поляки говорили о Катыни, как о новом злодеянии немецких разбойников» (ВИЖ. № 11, 1990).

Однако чрезмерно прямолинейное и жесткое навязывание советской версии катынского преступления, не дававшей ответа на ряд спорных вопросов, вызвало обратный эффект. Этому способствовало подпольное распространение в Польше отчета Генерального секретаря Польского Красного Креста К.Скарьжинского о работе Технической комиссии ПКК в Катыни в 1943 г. Поляки стали сомневаться в выводах комиссии Бурденко точно так же, как годом ранее они сомневались в выводах немецких оккупационных властей. Не надо забывать, что выводы комиссии Бурденко подводили поляков к осознанию того, что эмигрантское лондонское правительство, поддержавшее в 1943 г. немецкую версию Катынского дела, было по сути коллаборантным . Для многих поляков такой вывод был неприемлим.

В 1944—45 гг. левые силы в Польше под руководством Болеслава Берута и Эдварда Осубко-Моравского были еще слабы и крайне нуждались в поддержке других слоев польского общества, чтобы перевести Польшу на социалистический путь развития. В этой связи Берут, как Председатель Крайовой Рады Народовой, обратился к советскому руководству с просьбой широко не афишировать выводы комиссии Бурденко, дабы устранить повод для разжигания в Польше политических страстей и нагнетания антисоветских настроений.

В итоге не придумали ничего лучшего, как изъять брошюру с отчетом о работе комиссии Бурденко. Во второй половине 1944 г. ее сняли с продажи, а 21 августа 1945 г. Уполномоченный СНК СССР по охране военных тайн в печати и начальника Главлита издал приказ № 716, предписывающий изъять брошюру «Сообщение специальной комиссии по установлению и расследованию обстоятельств расстрела немецко-фашистскими захватчиками в Катынском лесу военнопленных польских офицеров» из книготорговой сети и библиотек общественного пользования (ГАРФ ф.9425, оп.2, д.69, л.80). Следует отметить, что изымались только экземпляры на русском и польском языках, а экземпляры на других языках в библиотеках оставлялись. Однако изъятие брошюры лишь усилило подозрение поляков. Если скрывают, значит, что-то есть!

Реакция польской общественности не обеспокоила советское руководство. В эйфории победы над Германией и Японией в Кремле было принято опрометчивое решение закрепить выводы комиссии Бурденко решением Международного военного трибунала (МВТ) в Нюрнберге. Планировалось окончательно закрыть катынскую тему – быстро и эффективно, без дополнительной политико-пропагандистской подготовки и усиления документальной аргументации. К сожалению, никто из советских руководителей не придал значения тому, что итоговое «Сообщение….» Специальной Комиссии не было достаточно аргументированным с формально-юридической и судебно-медицинской точек зрения.

Это во многом обусловила политическая установка о том, что не следует полемизировать с авторами немецкого «Amtliches Material zum Massenmord von Katyn». В этой связи советская сторона лишилась возможности использовать подготовленный в декабре 1945 г. ведущими польскими судмэдэкспертами европейской величины Яном Ольбрыхтом и Сергиушем Сенгалевичем «Судебно-медицинский отзыв на германский официальный материал «Amtliches Material zum Massenmord von Katyn»,