Начало расследования катынского преступления следует отнести к 22 марта 1990 года. Тогда прокуратура Харьковской области возбудила уголовное дела по факту обнаружения захоронений в лесопарковой зоне Харькова. Далее 6 июня 1990 года прокуратура Калининской области возбудила дело о судьбе польских военнопленных, содержавшихся в Осташковском лагере и бесследно исчезнувших в мае 1940 года.

Вскоре эти дела были переданы в Главную военную прокуратуру (ГВП) СССР и 27 сентября 1990 г. оба дела были объединены в одно уголовное дело № 159 «О расстреле польских военнопленных из Козельского, Старобельского и Осташковского лагерей НКВД СССР в апреле-мае 1940 г.». Это и считается началом официального расследования катынского преступления. Следователи ГВП были ориентированы на правовое оформление политического решения Горбачева о виновности бывших руководителей СССР и НКВД. Делу следовало придать юридически законченную форму и закрыть за смертью обвиняемых.

Уже 17 мая 1991 года Генеральный прокурор СССР Н.Трубин информирует Президента СССР Михаила Горбачеву о том, что: «Собранные материалы позволяют сделать предварительный вывод о том, что польские военнопленные могли быть расстреляны на основании решения Особого совещания при НКВД».

Это свидетельствует о том, что тогдашний Генеральный прокурор СССР даже не удосужился ознакомиться с Положением об Особом совещании при Народном комиссариате внутренних дел, опубликованном в «Собрание узаконений СССР» № 11, 1934 г. Не удосужились сделать этого и его сотрудники, занимавшиеся следствием. В то же время, согласно этому Положению, Особое совещание в 1940 г. не имело права приговаривать к высшей мере наказания – расстрелу. Такой поверхностный подход сопровождал следствие по Катынскому делу вплоть до его завершения.

Заканчивалось письмо Трубина фразой: « … Судя по поведению польской стороны, не исключено, что по окончании следствия правительством Польши будет поставлен вопрос о возмещении материального ущерба по каждому погибшему польскому военнослужащем» («Военные архивы России», с. 166—167). Однако Михаила Сергеевича всегда больше волновали личные материальные интересы, нежели государственные. Поэтому заключительная информация Трубина осталась им незамеченной.

После развала Союза дело № 159 перешло в Главную военную прокуратуру России. Ранее данная политическая установка по катынскому делу теперь приобрела ярко выраженный антисоветский характер. Необходимо было на примере Катыни подтвердить бесчеловечность советского режима.

Основную работу по формированию концепции уголовного дела № 159 осуществила комиссия экспертов, работавшая при Главной военной прокуратуре России в 1992 – 1993 году под руководством академика Бориса Топорнина. В период работы комиссии экспертов произошло событие, кардинально изменившее ситуацию с Катынским делом. Якобы в Архиве Президента РФ 24 сентября 1992 года был обнаружен и вскрыт «закрытый пакет № 1» по Катыни с документами ЦК ВКП(б), НКВД и КГБ СССР, обвиняющие довоенное советское руководство в санкции на расстрел польских военнопленных.

Найденные в пакете катынские документы, прежде всего, письмо Берии Сталину № 794/Б от «_» марта 1940 г., одновременно являющимся решением Политбюро ЦК ВКП(б) от 5 марта 1940 г. и письмо Шелепина Хрущеву Н-632-ш от 3 марта 1959 г. «подтверждали», что расстрел польских военнопленных был осуществлен по указанию довоенного сталинского руководства. С этого момента Катынское дело приобрело совершенно иное звучание. Вина СССР в гибели 21 857 польских военнопленных стала считаться абсолютно доказанной .

Копии катынских документов с большим ажиотажем были предъявлены польской и российской общественности. После этого многие решили, что под запутанной и противоречивой историей Катынского дела подведена окончательная черта.

2 августа 1993 г. вышеназванная комиссия экспертов представила в ГВП Заключение, которое, по сути, представляло немецко-польскую версию катынского преступления . Эксперты ГВП безаппеляционно заявили о доказанности безусловной вине предвоенного советского руководства за расстрел польских военнопленных весной 1940 год. Сам расстрел был квалифицирован «как геноцид» и «тягчайшее преступление против мира, человечества» (Катынский синдром… С. 491—492).

Это заключение легло в основу постановления, которое 13 июля 1994 г. вынес руководитель следственной группы ГВП й Яблоков (Третецкий к этому времени перешел на другую работу). В постановлении довоенные советские руководители, организаторы и исполнители расстрелов были признаны виновными. Этим же постановлением расследование уголовного дела № 159 прекращалось за смертью виновных.

Руководство ГВП, а затем и Генеральной прокуратуры РФ с указанной выше квалификацией катынского преступления не согласились. Постановление о прекращении уголовного дела № 159 от 13 июля 1994 г. было отменено и дальнейшее расследование было поручено другому прокурору.

В 1994 г. появились первые сведения о судьбе польских граждан, содержавшихся в 1940 г. в тюрьмах Западной Украины. 5 мая 1994 г . зам. начальника Службы безопасности Украины генерал А.Хомич передал зам. генпрокурора Польши С.Снежко поименный алфавитный список 3435 заключенных тюрем западных областей УССР, чьи так называемые «личные тюремные дела» были в ноябре 1940 г. пересланы в Москву в 1-й Спецотдел НКВД СССР.

Список сразу же был опубликован в Польше, и стал условно именоваться «украинским списком» . Заметим, что в сопроводительном письме от 25 ноября 1940 г. за подписью начальника 1-го Спецотдела НКВД УССР старшего лейтенанта госбезопасности Цветухина, перечисленные в списке лица именуются «арестованными». Это косвенное свидетельство того, что в ноябре 1940 г. эти люди были еще живы. Однако окончательная судьба бывших польских граждан из «украинского списка» не ясна, так как других документов, помимо списков переданных в Москву «личных тюремных дел», обнаружить не удалось.

Документы, позволяющие сформировать так называемый «белорусский список» , до сих пор не обнаружены. В марте 2010 г. в польских СМИ прошла информация о том, что, якобы Путин 7 апреля в Катыни передаст Туску «белорусский список». Но ожидания не оправдались.

21 сентября 2004 г., после 9 лет дополнительного расследования, уголовное дела № 159 было вновь прекращено. Большинство материалов по делу засекречено, вина довоенного советского руководства за расстрел польских военнопленных подтверждена, однако было отвергнуто утверждение польской стороны « о геноциде польского народа». Главная военная прокуратура РФ также не нашла оснований для признания граждан Польши репрессированными. Уголовное дело в отношении бывших советских руководителей, виновных в смерти польских военнопленных, было прекращено в связи с их смертью.

Польская сторона не согласилась с «российской интерпретацией катынского преступления», прежде всего, в плане отрицания версии о «геноциде польского народа» и нежелания российской стороны признать расстрелянных поляков «жертвами политических репрессий».