Уже после выздоровления Меншикова ситуация повторилась. Александр Данилович узнал, что личный камердинер Петра выдал своему императору небольшую сумму из тех денег, что полагались ему из казны на бытовые нужды. За это слуга был немедленно уволен. Царь, в свою очередь, устроил Меншикову по этому поводу сильный разнос и взял камердинера обратно. Через некоторое время Петр стребовал со светлейшего князя 5 тысяч «червонных» и опять попытался подарить их сестре. А Меншиков снова отнял их у великой княжны Натальи. Но на сей раз император на компромисс не пошел и с этого момента уже не захотел видеть своего опекуна и общаться с ним.

Ситуация накалилась до предела, но Меншиков не представлял, насколько в действительности плохи его дела. Умный и хитрый Остерман усыпил его бдительность дружескими письмами, в которых передавал светлейшему поклоны от императора и его сестры, при которых неотлучно находился во время загородных прогулок, пикников и охотничьих забав.

Гром над головой Меншикова грянул 26 августа 1727 года. В этот день в загородной императорской резиденции Петергофе праздновали именины великой княжны Натальи Алексеевны. Раньше Меншикову не требовалось особого приглашения на домашние праздники царской семьи, и он, как обычно, сам явился в петергофский дворец. Но тут светлейший сделал неожиданное и неприятное для себя открытие: отношение к нему юного императора изменилось кардинально. Петр даже не ответил на его приветствие. Когда Меншиков пытался заговаривать с царем, тот демонстративно поворачивался к нему спиной. Так же он вел себя и с невестой — дочерью светлейшего. Когда Петр увидел, что Меншиков пытается возмущаться его отношением к княжне Марии Александровне, то сказал своим приближенным достаточно громко, чтобы светлейший и его дочь услышали эти слова: «Разве не довольно, что я люблю ее в сердце; ласки излишни; что касается до свадьбы, то Меншиков знает, что я не намерен жениться ранее 25 лет».

Но и после этого конфуза Меншиков еще сохранял свое прежнее влияние в политических делах и, как раньше, наравне с императором распоряжался казенными финансами. Уже через неделю, 3 сентября, он попытался восстановить отношения. Поводом послужило намеченное на этот день освящение новой церкви в его загородном имении Ораниенбауме. Меншиков униженно просил императора присутствовать на этом торжестве. И Петр сначала согласился. Но, как предполагал С. М. Соловьев, светлейший то ли забыл, то ли не захотел пригласить царевну Елизавету Петровну, без которой Петр не хотел нигде бывать. Этот опрометчивый поступок дорого обошелся Меншикову. В самый день торжества император известил Александра Даниловича, что не сможет приехать в Ораниенбаум.

На другой день после незадавшегося праздника Меншиков бросился в Петергоф, где готовились к именинам царевны Елизаветы. Ему удалось поздно вечером увидеться с императором, но объясниться с ним не получилось. Петр не хотел мириться с опекуном; чтобы не встречаться с ним, он даже пренебрег именинами своей любимой тетки Елизаветы. 5 сентября рано утром император уехал на охоту. Меншиков пытался перехватить хотя бы великую княжну Наталью и дежурил у дверей ее покоев, но Наталья Алексеевна вылезла из окна своей спальни и ускакала вслед за братом на охотничьи угодья. Меншикову ничего не оставалось, как плакаться царевне Елизавете, которую он так неосторожно обидел накануне. Елизавета крайне холодно отнеслась к жалобам светлейшего и его угрозам уехать на Украину и принять там командование войсками. Видя, что ничего в Петергофе не добьется, Меншиков забрал свое семейство и уехал в Петербург. Но и туда он опоздал. В его отсутствие Верховный тайный совет передал царскому интенданту Мошкову приказ императора подготовить в течение трех дней Зимний и летний дворцы и забрать из дома Меншикова все принадлежащее царю и его сестре имущество. Петр решительно освобождался от контроля своего теперь уже бывшего опекуна.

7 сентября, вернувшись из охотничьих угодий в Стрельне, Петр II поселился у себя, в летнем дворце в Петербурге. Современники слышали, как он несколько раз говорил своим придворным: «Я покажу, кто император, я или Меншиков». На этот раз все: и великая княжна Наталья, и царевна Елизавета, и Остерман, и новые императорские фавориты Долгорукие — были против светлейшего князя. Он остался в одиночестве. В тот же день император отдал приказ гвардейским полкам не подчиняться никому, кроме него самого. Все распоряжения императора могли передаваться гвардии только через двух доверенных офицеров — Юсупова и Салтыкова. Таким образом, генералиссимус Меншиков полностью лишался своего влияния на гвардию. Семья светлейшего князя попыталась воспользоваться последним шансом. Вечером в летний дворец прибыли невеста императора Мария Меншикова с сестрой, чтобы поздравить Петра с возвращением в столицу. Но обе были приняты столь демонстративно холодно, что вынуждены были немедленно покинуть двор.

На следующее утро, в пятницу 8 сентября — праздничный день Рождества Богородицы — в дом Меншикова явился майор гвардии генерал-лейтенант Семен Салтыков и объявил, что отныне светлейший находится под домашним арестом и не может покидать пределов своей городской усадьбы. От этого известия Александр Данилович потерял сознание, и домашний лекарь вынужден был пустить ему кровь. Жена и сын Меншикова, а также его всеми уважаемая невестка Варвара Арсеньева немедленно отправились во дворец. Там они на коленях ждали императора, но Петр, возвращавшийся из церкви после праздничной обедни, сделал вид, что не видит их. Попытки заговорить с великой княгиней Натальей и царевной Елизаветой также закончились безуспешно. Обе девицы молчали и отворачивались от просителей. Меншиковы бросились к Остерману. Княгиня Меншикова около часа стояла на коленях перед врагом своего мужа, но тот отказался ей помочь. Судьба светлейшего князя была уже решена.

9 сентября Меншикова лишили всех чинов и наград и сослали с семьей в крепость Ранненбург под Воронежем. У него также конфисковали большую часть имущества и даже отобрали личный перстень с большим яхонтом. Он должен был покинуть Петербург в тот же день после обеда. Семейство бывшего «полудержавного властелина» выехало из столицы в четыре часа пополудни. Впереди огромного обоза двигались четыре кареты с членами семьи Меншиковых: самим светлейшим князем, его женой, свояченицей и деверем, сыном и двумя дочерьми. Все были одеты в простые черные наряды, подчеркивавшие скорбные обстоятельства отъезда. Имущество Меншиковых везли на 100 подводах. Ссыльных сопровождал отряд солдат из 120 человек во главе с гвардейским капитаном.

По дороге к месту ссылки светлейшего князя и его семью ждало еще одно унижение. Их поезд догнал курьер, которому было приказано вернуть Марии Меншиковой ее кольцо и забрать у нее кольцо императора. Так Петр II давал понять, что его помолвка с княжной расторгнута окончательно и бесповоротно. Священникам в храмах дано было распоряжение больше не поминать Марию Александровну как великую княжну и царскую невесту.

В ранненбургской ссылке у Меншикова еще оставалась надежда, пусть и весьма призрачная, на возможное возвращение милости императора. Но весной 1728 года последовал новый указ Петра II, в котором Александр Данилович обвинялся в государственных преступлениях, достойных смертной казни. По милости императора казнь заменялась новой ссылкой — в городок Березов Тюменской области, место по тем временам гиблое и безнадежное. Там Меншиков потерял любимую жену и дочь Марию, которую в мечтах видел русской императрицей. Там он и сам скончался 12 ноября 1729 года. «Полудержавный властелин», бывший генералиссимус и адмирал, ближайший друг и сподвижник Петра Великого и всесильный регент-фаворит его внука, несостоявшийся тесть императора был похоронен тихо, без всяких почестей возле скромной деревянной церкви, которую срубил своими руками в последние годы жизни. Возможно, орудуя топором на ее постройке, всеми забытый и покинутый герой Полтавы и Гангута вспоминал, как когда-то со своим царственным товарищем и покровителем учился плотницкому делу в Саардаме, а потом строил первые русские боевые корабли и походные крепости.