За период войны 1941–1945 гг. Военному совету КАВФ было направлено 109 специальных сообщений по вопросам политикоморального состояния личного состава флотилии, о фактах извращения дисциплинарной практики, недочетах в боевой подготовке, нарушениях приказов НКВМФ по ведению секретного делопроизводства, а также о фактах разглашении военной тайны.

По таким фактам, как потеря бдительности, халатное отношение к хранению документов, создание предпосылок к их утрате и разглашению военной тайны, Военный совет КАВФ провел расширенное заседание, на которое приглашались командиры частей и соединений флотилии. По его результатам командующий Амурской военной флотилией издал приказ о наложении дисциплинарных взысканий на ряд командиров, допустивших нарушения, а прямые виновники были отданы под суд военного трибунала[552].

В 1943 г., по мере поступления в части флотилии нового пополнения из числа призванных с ранее оккупированных территорий СССР, этот контингент брался на особый учет и в разработку с целью выявления вражеской агентуры, предателей и пособников.

К началу войны с Японией в 1945 г. Амурская Краснознаменная военная флотилия имела в своем составе 8 мониторов, 11 канонерских лодок, 52 бронекатера, 12 тральщиков, 36 катеров-тральщиков и 7 минных катеров[553].

Начав боевые действия в ночь на 9 августа, корабли флотилии обеспечивали оперативные перевозки, высадку десантов, форсирование Амура, Уссури и Сунгари. Вместе с частями 1-го и 2-го Дальневосточных фронтов силы Амурской военной флотилии участвовали в боевых действиях по овладению городами Айгунь, Фу цзинь, Харбин. Сотрудники подразделений контрразведки «Смерш» флотилии принимали участие в боевых действиях, осуществляли контрразведывательное обеспечение боевых действий кораблей и частей КАВФ. В процессе ведения контрразведывательной работы учитывалось, что на территории и в военно-морских базах Маньчжурии японская разведка создала широко разветвленную агентурную сеть, которая имела задания разведывательно-диверсионного характера.

По мере продвижения частей и кораблей флотилии в речные базы японцев на территории Маньчжурии вместе с передовыми частями направлялись сформированные оперативные группы ОКР «Смерш» КАВФ, которые располагали материалами и документами о деятельности японской разведки.

Исходя из обстановки и известных опергруппам данных о деятельности японских разведывательных и контрразведывательных органов в этих базах, оперативники флотилии имели задачи задерживать и арестовывать лиц, причастных к японской разведке. Кроме того, в задачи опергрупп входило выявление и арест активных деятелей и руководителей эмигрантских организаций, изменников Родины, а также розыск и изъятие представляющих оперативный интерес документов и архивов[554].

В речной базе Цзямусы[555] опергруппой упор делался на задержание сотрудников местной японской военной миссии (ЯВМ). В результате проведенных оперативных мероприятий, в том числе с использованием агентуры из местных жителей, арестовано 12 человек, причастных к японским разведорганам. Кроме того, было четверо задержанных из числа перевербованной японцами закордонной агентуры УНКГБ Хабаровского края, переброшенной для оседания в Маньчжурию в 1940–1944 гг.[556]

На основании данных, полученных от задержанных, оперативники составили списки лиц, причастных к органам разведки и контрразведки Японии, для ориентировки по дальнейшему их розыску и задержанию.

В этих же целях опергруппа стала использовать в качестве агентов-опознавателей некоторых задержанных и с их помощью арестовала ряд японских агентов, уточнила возможные места пребывания в Харбине бежавших из Цзямусы других лиц, проходивших по показаниям. Часть агентов-опознавателей была направлена в опергруппу флотилии, действующую в Харбине, для использования по розыску.

Харбинской опергруппой ОКР «Смерш» КАФ с помощью присланного агента-опознавателя был задержан один из активистов «Российского фашистского союза», являвшийся сотрудником Главной японской военной миссии. Используя его показания, удалось задержать по горячим следам еще несколько сотрудников миссии.

Благодаря принятым мерам и использованию агентов-опознавателей, а также данным, полученным после ознакомления с захваченными документами, в Харбине было выявлено и арестовано 50 агентов и официальных сотрудников японской разведки.

Кроме того, опергруппой на станции «Сунгари-2» был арестован весь руководящий состав так называемого «Русского воинского отряда» и изъят его архив.

Контрразведчикам удалось задержать 15 изменников Родины из числа бывших военнослужащих РККА и погранвойск, а также двух человек, бежавших в Маньчжурию из мест заключения на территории СССР[557].

В связи с поступившими данными о том, что японцы экстренно уничтожают архивы, были приняты меры к захвату представляющих интерес документов.

После окончания Великой Отечественной войны в ОКР «Смерш» Амурской военной флотилии был составлен отчет о проделанной работе. В отчете отмечалось, что в процессе оперативно-розыскной работы был обнаружен и изъят архив японского советника Сунгарийской речной флотилии. Часть этих материалов была обработана и использована в процессе оперативного розыска. Благодаря названным материалам удалось задержать сотрудников разведки и контрразведки Сунгарийской флотилии, заместителя начальника отдела и одного из его предшественников. Используя показания задержанных, а также переведенные материалы архива о деятельности разведки и контрразведки Сунгарийской флотилии, были получены заслуживающие внимания данные.

В процессе изучения и анализа частично сохранившейся переписки японской военной миссии удалось обнаружить запись инструктивного указания 2-го отдела штаба Квантунской армии начальнику ЯВМ о характере разведоперации против СССР.

На основе показаний задержанных агентов японских разведорганов, а также изменников Родины из числа советских граждан, анализа содержания обнаруженных делопроизводственных и архивных документов японской разведки был подготовлен обзор деятельности японских военных миссий в Маньчжурии.

В процессе детального осмотра помещения, занимавшегося представительством японской военно-морской миссии в Харбине, были обнаружены куски копировальной бумаги с оттиском текстов и несколько визитных карточек. Анализ восстановленных текстов дал возможность составить список офицерского состава представительства миссии, а также восстановить тексты двух донесений агентов японской военной миссии, в которых сообщалось о политическом положении и настроениях населения Харбина в связи с наступлением частей Красной армии.