В апреле — мае 1942 г. Отдельный Донской отряд кораблей Азовской флотилии, оперативно подчиненный Южному фронту, оказывал огневую поддержку 56-й армии, осуществлял переправу войск и боевой техники у Таганрога и в устье Дона.

21 апреля 1942 г. АВФ была включена в состав сил СевероКавказского направления, а 19 мая подчинена Северо-Кавказскому фронту. 17 июля командование фронта поставило перед флотилией следующие задачи: силами Отдельного Донского отряда оборонять устье Дона, заблокировать его гирло, оставив фарватеры для прохода кораблей флотилии, оказывающих огневую поддержку Ростовскому укрепленному району, содействовать войскам 56-й армии на таганрогском направлении. В устье Дона в районе Азова были сконцентрированы силы флотилии в составе 3 канонерских лодок, одного монитора, 4 бронекатеров, 2 дивизионов сторожевых катеров, бронепоезда № 10 «За Родину!». Силы флотилии через несколько дней оказались в центре интенсивных боевых действий, так как противник, развивая наступление, 21 июля вышел к Дону, а через два дня прорвал фронт 56-й армии. В эти дни 3 бронекатера и 4 сторожевых корабля флотилии обеспечивали переправу советских войск у станицы Константиновской и уход гражданских судов из Северского Донца, прикрывали переправу войск Южного фронта на левый берег Дона. Морские пехотинцы при поддержке кораблей Отдельного Донского отряда вели бои за населенные пункты на берегах Дона и Малого Дона. Бронекатера отряда совместно с частями 12-й армии вели оборонительные бои.

После оставления станции Манычанской и Сальска экипажи взорвали свои катера и убыли в Краснодар[547].

После оставления Азова 28 июля корабли Отдельного Донского отряда перебазировались в Ейск. 2 августа личный состав Отдельного Донского отряда прибыл в Краснодар и влился в Отдельный Кубанский отряд.

В сентябре 1942 г. Азовская военная флотилия была расформирована, а ее корабли и части включены в состав Новороссийского оборонительного района.

В феврале 1943 г. Азовская военная флотилия была сформирована вновь. Ее корабли нарушали морские коммуникации противника, высаживали десанты.

Силы Азовской военной флотилии участвовали в Керченско-Эльтигенской десантной операции, проведенной 31 октября — 11 декабря 1943 г. войсками Северо-Кавказского фронта (56-я армия, 18-я армия, 4-я воздушная армия) и силами Черноморского флота (вице-адмирал Л.А. Владимирский) с целью овладеть восточной частью Керченского полуострова и создать условия для освобождения Крыма. В операции участвовало 278 кораблей и судов. Высадка вспомогательного десанта (318-я сд и 255-я бригада морской пехоты) проводилась в районе Эльтигена в штормовую погоду. Плацдарм у Эльтигена был блокирован основными силами противника, но удерживался советскими войсками до 7 декабря, что позволило главным силам десанта успешно высадиться северо-восточнее Керчи и овладеть важным плацдармом, который удерживался до начала Крымской операции (8 апреля — 12 мая 1944 г.), в которой также участвовали силы Азовской военной флотилии.

В апреле 1944 г. на основе Азовской военной флотилии была создана Дунайская военная флотилия[548].

В течение всей Великой Отечественной войны на Дальнем Востоке несла боевую службу Краснознаменная Амурская военная флотилия (КАВФ)[549]. К началу войны с Японией в 1945 г. флотилия имела в своем составе 8 мониторов, 11 канонерских лодок, 52 бронекатера, 12 тральщиков, 36 катеров-тральщиков и 7 минных катеров[550].

Флотилия с момента вероломного нападения Германии на Советский Союз выполняла задачи по обеспечению безопасности советских дальневосточных рубежей в связи с активизацией попыток агрессии со стороны Японии.

В начальный период Великой Отечественной войны часть личного состава Амурской военной флотилии была направлена на Запад для укомплектования действующих флотов и флотилий, а также морских стрелковых бригад.

С началом Великой Отечественной войны Особый отдел НКВД флотилии принял меры по контрразведывательному обеспечению деятельности уязвимых объектов (штаба флотилии, штабов соединений, шифрпостов, постов СНИС, складов боеприпасов и вооружения). Поскольку флотилия интенсивно пополнялась отмобилизованными судами Амурского речного пароходства, перед контрразведчиками была поставлена задача проверки состояния этих плавсредств. В связи с направлением части личного состава флотилии в действующую армию и флот были приняты меры по пресечению фактов дезертирства и членовредительства военнослужащих во избежание отправки на фронт. Наибольшее количество случаев дезертирства и членовредительства приходится на 1942–1943 гг., когда было проведено 35 арестов.

Работа контрразведчиков на этом направлении осуществлялась путем выявления (в том числе и с использованием методов оперативно-розыскной работы) лиц, высказывающих такие намерения, а также обстоятельств и причин, способствующих дезертирству.

Контрразведчики флотилии выявляли и брали в оперативную разработку лиц, высказывающих террористические намерения. Под террористическими угрозами понимались и угрозы, возникавшие во флотилии на почве искривления дисциплинарной практики, бездушного и формального отношения к нуждам личного состава со стороны отдельных командиров. По таким случаям контрразведчики флотилии информировали командование частей и соединений для принятия упреждающих мер. Если же при детальном и глубоком изучении вскрывался действительный факт подготовки террористических действий, то подозреваемый арестовывался и в отношении его проводились следственные действия[551].

Для того чтобы командование частей флотилии своевременно реагировало на информацию, поступавшую из органов контрразведки, особенно о негативных настроениях военнослужащих и вольнонаемного состава, предпосылках к возникновению чрезвычайных происшествий, по данным фактам систематически информировался Военный совет КАВФ.