В связи с упразднением ЦИК СССР 12 января 1938 года 16 апреля 1938 года было принято Постановление Президиума Верховного Совета СССР «О реорганизации аппарата президиума Верховного совета СССР», на основании которого Хозяйственное управление (ХОЗУ) ЦИК СССР было ликвидировано, а часть строящихся и уже имеющихся санаторно-курортных объектов перешла в ведение созданного Хозяйственного управления Президиума Верховного Совета СССР. Через месяц все эти объекты по акту сдачи из ведения Хозяйственного управления Президиума Верховного Совета СССР были переданы на баланс ХОЗУ Управления делами СНК СССР. На основании уже вышеназванных событий все санаторно-курортные объекты ХОЗУ ЦИК СССР, в том числе и санаторий № 5 имени М. И. Калинина, перешли на баланс ХОЗУ СНК СССР. С 29 июня 1938 года официальное название санатория № 5 имени М. И. Калинина было изменено на санаторий имени М. И. Калинина Управления делами СНК СССР. В августе 1941 года в здании санатория имени М. И. Калинина был открыт эвакогоспиталь № 1779 Главного военно-санитарного управления НКО СССР. Через год, 9 августа 1942 года, Ессентуки оккупировали немецко-фашистские войска Армейской группы «Руофф» и в здании бывшего санатория имени М. И. Калинина военная администрация вместе с Госпитальной службой вермахта организовала дом отдыха для старшего офицерского состава. Однако через полгода, в связи с поступлением большого количества раненых из Сталинграда, офицерский дом отдыха реорганизовали в тыловой стационарный эвакуационный госпиталь, а в ноябре, в связи с наступлением Красной армии, уже в полевой госпиталь. Тут стоит подчеркнуть, что с самого начала оккупации Северного Кавказа и региона Кавказские Минеральные Воды глава рейхс-комиссариата «Кавказ» рейхскомиссар Арно Шикеданц вместе с начальником СС группенфюрером СС Герретом Корземаном и главой военной администрации на Кавказе генералом Г. Кох-Арбахом имели свой, весьма оригинальный взляд на доставшееся им обширное советское санаторно-курортное хозяйство, практически не тронутое военными действиями.

Между тем Имперское министерство оккупированных восточных территорий, созданное для гражданского управления захваченными в ходе войны территориями СССР, издало директиву, на основании которой курортные местности с находящимися на них лечебно-оздоровительными учреждениями не подлежат разрушению, так как будут использованы по назначению, сначала вермахтом и ваффен СС, затем населением Германии. По понятным причинам рейхскомиссар Арно Шикеданц с чисто немецкой педантичностью отнесся к захваченным санаториям, пансионатам, домам отдыха и больницам в регионе Кавказские Минеральные Воды, отдав в середине сентября 1942 года приказ создать реестр лечебно-оздоровительных учреждений, определить их пропускную способность, установить их истинный медицинский профиль и организовать штатную структуру по обслуживанию доставшейся Третьему рейху огромной инфраструктуры Наркомздрава СССР. С конца августа 1942 года в санатории и госпитали Кавказских Минеральных Вод, в которых начинают отдыхать, лечиться и жить (часть санаториев и домов отдыха были использованы оккупантами под казармы) солдаты и офицеры вермахта, проводится срочный набор местного населения, ранее работавшего в данных учреждениях. Причем ландраты (органы оккупационной гражданской администрации Третьего рейха) тщательно переписывают врачей, медсестер и санитарок, ранее состоящих в штатах санаториев, и с немецкой аккуратностью, после проверки в гестапо, распределяют их по прежним местам работы. Во вновь начавшие работать госпитали, дома отдыха и санатории на Кавминводах, заполненные под завязку солдатами и офицерами вермахта, а также ваффен СС, завозится новое современное медицинское оборудование из Германии (рентгены, станции переливания крови, аппараты ЭКГ и др.), приезжают врачи-консультанты по бальнеотерапии из немецких курортов Бад-Эльстера, Бад-Хомбурга, Баден-Бадена и Бад-Киссингена для постановки новых технологий по лечению тяжелораненых и обмороженных. Бывший санаторий УД СНК СССР имени М. И. Калинина, ставший к тому времени домом отдыха 381-й учебной дивизии 17-й армии вермахта, в конце августа 1942 года, как, впрочем, и другие санаторно-курортные учреждения в Ессентуках, с инспекцией посетил генерал-полковник медицинской службы Зигфрид Хандлозер, являющийся руководителем санитарной службы Верховного командования вооруженных сил Германии. А в середине сентября 1942 года Кавказские Минеральные Воды для ознакомления с методами бальнеотерапии местными минеральными источниками посетила высокопоставленная делегация во главе с рейхскомиссаром санитарной службы и здравоохранения Третьего рейха, генералом медицинской службы Карлом Фридрихом Брандтом, профессором-хирургом Паулем Ростоком, группенфюрером СС Карлом Августом Генцкеном, начальником медико-санитарной службы ваффен СС, а также руководством санитарной службы люфтваффе.

Предполагаемое деление Третьим рейхом территории СССР на Кавказе. Регион Кавказские Минеральные Воды был назван Генеральным комиссариатом «Терек»

Как мы видим, немецкие оккупанты чувствовали себя в регионе Кавказские Минеральные Воды весьма вольготно, а в недрах Санитарной службы вермахта с сентября 1942 года, по личному приказу ее главы генерала 3. Хандлозера и под чутким руководством генерала К.Ф. Брандта, началось создание поэтапного научно-практического плана использования региона Кавказские Минеральные Воды в качестве лечебно-оздоровительной базы для раненых и выздоравливающих солдат Германии, а также ее союзников. Всем этим значительным «мероприятиям» помешало наступление Красной армии.

12 января 1943 года части Северной группы войск Закавказского фронта под командованием генерал-лейтенанта И. И. Масленникова освободили Ессентуки от немецко-фашистских войск. Учитывая хаотический характер отступления немецкой Группы армий «А» в регионе Кавказские Минеральные Воды, оккупанты оставляли не только эшелоны с топливом, транспорт и продовольствие, но также и почти не тронутые боевыми действиями здания лечебно-санаторных учреждений, в которых располагались их стационарные и полевые госпитали. Любопытно, что, обладая несомненным превосходством в количественном и качественном насыщении диагностическим медицинским оборудованием и чрезвычайно широкой номенклатурой лекарственных препаратов для лечения сложных заболеваний и тяжелых ранений, Санитарная служба вермахта на оккупированной советской территории методично оснащала занимаемые помещения домов отдыха и санаториев, переоборудованных под стационарные госпитали всем необходимым, по единому стандарту, принятому в Германии. В результате Красной армии при освобождении региона Кавминводы досталось немало немецких госпиталей с современным диагностическим оборудованием и большим запасом лекарственных средств.

6 апреля 1945 года Ставропольский крайком ВКП(б) и исполком краевого Совета депутатов трудящихся направили письмо заместителю председателя Совета народных комиссаров СССР (СНК СССР) В. М. Молотову и секретарю ЦК ВКП(б) Г. М. Маленкову с просьбой оказать помощь в восстановлении курортов Кавказских Минеральных Вод. СНК СССР 29 июня 1945 года вынес специальное постановление «О восстановлении санаторно-курортных учреждений на Кавказских Минеральных Водах», которое явилось генеральным планом работы краевых властей на второе полугодие 1945 года. В принятом постановлении говорилось, что первоочередными объектами, подлежащими восстановлению, должны быть здания санаториев и лечебных учреждений, городские общественные и административные здания, коммунальные предприятия, водопроводная и канализационная сеть, жилые дома, надземные и подземные сооружения гидроминеральной базы курортов, парки, оранжереи, парниковое хозяйство, дороги и мосты. С марта 1943 до 29 июля 1945 года в здании санатория имени Калинина был размещен эвакогоспиталь № 5420 второго формирования по реабилитации тяжелораненых солдат и офицеров (после оккупации всем госпиталям второго формирования ГВС НКО СССР присваивался новый номер, поэтому № 1779 сменили на № 5420), а в начале августа в здании уже началась подготовка к капитальному ремонту для приема ответсотрудников центрального аппарата СНК и Президиума Верховного Совета СССР.