Елизавета и Сесил рассматривали работу комиссии как прекрасную возможность разрешить старую проблему и считали, что могут положиться на ее членов. Норфолк был единственным английским герцогом и недавно овдовел в третий раз. Официально он был протестантом, однако имел множество родственников-католиков и нуждался в разрешении Елизаветы на новый брак; таким образом, на него можно было положиться. Сэдлер, который двадцать шесть лет назад видел Марию младенцем, был, как и граф Сассекс, придворным до мозга костей, и королева могла рассчитывать, что он выполнит волю монарха без особых размышлений. Марии пришлось бы полагаться на доклады, которые доставляли бы ей в Болтон из Йорка. Ее жизнь подверглась бы публичному рассмотрению, однако она смогла бы отвечать лишь через доверенных лиц.

29 сентября Мария отправила членам своей комиссии документ, который должен был стать для них единственным правовым основанием выступать от ее имени, поскольку ее личная печать осталась в Шотландии. В документе она перечислила все преступления лордов: захват ее после Карберри и заключение под стражу в замке Лохливен, настаивала на том, что ее отречение было незаконным, так как совершилось под влиянием угроз и было ратифицировано парламентом, который она не созывала. Подобным же образом коронация Якова без ее разрешения являлась недействительной. Затем, ступив на тонкий лед, она отвергла обвинения в том, что знала о готовившемся убийстве Дарнли, и заявила, что «следовала совету шотландской знати». Мария явно знала о существовании тайных «писем из ларца», она настаивала на том, что, если эти письма попытаются использовать в качестве улик против нее, ей должны позволить взглянуть на оригиналы «и дать на них ответ». Она также указала, что в Шотландии есть люди, которые могут подделать ее почерк и копировать ее стиль письма. Она не просила отомстить Морею, но обещала принять суждение Елизаветы, признать свободу протестантов и уверяла ее, что вопрос о наследовании престола согласован. Здесь не было нелепых угроз иностранного вторжения, а обвинения в адрес мятежных лордов были изложены разумно и спокойно. Мария была уверена, что ее оправдают и восстановят на престоле.

Пятью днями раньше, 24 сентября, Мария написала длинное письмо подруге детства — испанской королеве Елизавете. Она заверила ее в том, что окружена обожающими ее католиками, более того, Елизавета Английская завидует крепости ее, Марии, веры, которая поможет ей вернуть утраченное, несмотря на возводимые на нее несправедливые обвинения. Мария рассказала Елизавете о своих планах женить Якова на испанской принцессе, однако не знала, что Елизавета умрет родами прежде, чем ее найдет письмо подруги прежних дней, делившей с ней давние развлечения — турниры в Шамборе и детскую в Сент-Жермене. Мария Стюарт выдавала желаемое за действительное, и Сесил, перехватывавший ее корреспонденцию, был хорошо об этом осведомлен. Он также знал о том, что его католическое величество Филипп II Испанский был теперь свободен и мог вступить в новый брак. Получив удовлетворительный вердикт из Йорка, Сесил смог бы увязать все концы этой истории, которые пока что напоминали разъяренных змей.

7 октября в Йорке встретились три комиссии; их члены поклялись говорить только правду, и каждая сторона продемонстрировала глубокое недоверие к двум другим. В первый день, 8 октября, представители Марии официально изложили дело, а два дня спустя Морей потребовал гарантии того, что, если Марию признают виновной, ее «передадут в наши руки», заявив, что без такой гарантии не может продолжать участвовать в разбирательстве. Пока Норфолк размышлял об этой странной просьбе, от Леннокса прибыло обвинительное заключение. Оно объединяло в себе фантазии Бьюкенена и измышления самого Леннокса. Как пишет Джон Хосак в своем труде «Мария, королева Шотландии, и ее обвинители», «английские представители не слишком впечатлялись тирадами Леннокса; им требовались более убедительные улики, и они их получили».

11 октября Летингтон, Бьюкенен и Джеймс Макгилл встретились с членами комиссии, не известив об этом представителей Марии. Макгилл был клерком, заведовавшим регистром Тайного совета, его описывали как «искусного крючкотвора и толкователя закона». Эта группа представила комиссии разнообразные подписанные ими соглашения, «очищавшие» Босуэлла от обвинения в убийстве, соглашение из Таверны Айнсли об оказании ему поддержки, а также документ, выражавший согласие лордов на его брак с королевой. Они утверждали, что все эти соглашения были заключены под угрозой применения силы со стороны Босуэлла и его двухсот аркебузиров. Поскольку Босуэлл был «очищен» от обвинения в измене в связи с похищением королевы, они утверждали, что по закону он также оправдался и в отношении меньших преступлений, включая убийство Дарнли. Этот фантастический пример юридической игры с логикой — «политика, подобающая отвратительному факту [убийства]» — получил продолжение, когда шотландская сторона открыла свою козырную карту: представители показали членам елизаветинской комиссии «письма из ларца».

Этот акт был недействительным в глазах закона, и ни один суд не допустил бы письма к рассмотрению в качестве улик.

Письма находились «в небольшой шкатулке из позолоченного серебра, подаренной ею Босуэллу», но не было никаких доказательств, связывавших их с Марией или с Босуэллом. Членам комиссии не предложили никакого способа верифицировать письма. Их не видели ни Мария, ни ее представители; у них не было возможности ни подтвердить, ни опровергнуть ее авторство. Не было проведено сравнения с известными образцами ее почерка. Норфолк, устанавливавший правила работы комиссии по ходу дела, прочел письма и пришел в ужас, обнаружив «незаконную страсть между ней и Босуэллом, а также то, что она испытывала отвращение к мужу, который затем был убит, и гнушалась им». Затем письма были снова заперты в шкатулку.

Столь ужаснувшие Норфолка «письма из ларца» являлись объектом многолетних споров и темой ряда книг. Они включают в себя письма и прочие документы, которые Мария предположительно послала Босуэллу, и он держал их в знаменитом серебряном ларце, попавшем в руки Мортона 19 июня 1567 года. Впоследствии они находились в собственности Морея. Оригиналов больше не существует, они исчезли в 1584 году, а улики, основанные на переведенных с французского копиях, весьма сомнительны.

В первом письме, известном как короткое письмо из Глазго и, как все прочие документы, недатированном и неподписанном, автор, предположительно Мария, сообщает Босуэллу, что везет Дарнли в Крейгмиллар. Это теплое и подробное письмо, в котором она делится хорошими новостями о здоровье младенца Якова, но жалуется на боль в боку. Мария, должно быть, написала его в Стирлинге, а приписка в конце документа: «Глазго, утро субботы» — представляет собой позднейшее добавление, призванное придать правдоподобие тому, что почти точно было подлинным документом.

Однако второе письмо — длинное письмо из Глазго — совсем другое дело. Оно повествует о визите, нанесенном Марией Дарнли в январе 1567 года, перед тем как он поехал в Крейгмиллар, и стиль его варьируется от прозаического: «Я думала, вонь из его рта убьет меня» до влюбленного: «Да простит меня Господь, и да соединит он нас навсегда». Хотя такое разнообразие допустимо для влюбленной корреспондентки, прочие письма Марии обычно коротки и деловиты, насколько это возможно. Документ выглядит как подлинное письмо Марии, «пересыпанное» интерполяциями со страстными признаниями, чтобы создать впечатление ее виновности. Она предстает разочарованной в Дарнли и влюбленной в Босуэлла, но в этом нет свидетельства ни самого прелюбодеяния, ни даже намерения его совершить. Это письмо — явная подделка, причем в качестве связующих звеньев использовались подлинные фрагменты.