Ноллис пришел к убеждению, что Марию необходимо перевезти дальше на юг, и выбрал для этой цели принадлежавший Скроупу замок Болтон в Йоркшире. Мария отказалась дать согласие на переезд, однако обрадовалась возвращению своей придворной дамы Мэри Сетон, ведь «теперь каждые два дня она делала новую прическу совершенно бесплатно, и это приносит ей великую радость».

Но радовалась Мария недолго: 5 июля Ноллис официально объявил ей, что ее переводят в замок Болтон. Мария отказалась переезжать. Ноллис сказал ей, что замок гораздо удобнее и комфортнее, чем «это шумное и нездоровое место», но она продолжала отказываться сделать «хотя бы один шаг» из Карлайла без прямого приказа Елизаветы, если только ее не принудят к этому силой. Ноллис возразил, что если Мария отказывается переехать в замок, находящийся всего в двух или трех днях пути от места, где пребывает Елизавета, тогда речь явно идет «о некоем тайном умысле». Мария, проливая потоки слез, ответила: ему не стоит опасаться, что она «ускользнет», и вновь написала Елизавете длинное и довольно драматическое письмо, соглашаясь перебраться в Болтон «под принуждением», но прося о возвращении ей лорда Херриса. Повторила она и просьбу о личной встрече: «Если бы Цезарь не пренебрег прочтением предостерегающих писем или прочел жалобу советника, он бы не умер жалкой смертью… Я не обладаю натурой василиска… И даже если бы я была такой опасной и несла на себе проклятие, как говорят люди, Вы достаточно вооружены силой, удачливостью и справедливостью». Мария понимала, что проигрывает сражение, а после того, как получила три сундука с одеждой от Морея, ее печаль усилилась: в них, помимо седел и «прочих вещиц», было только одно целое платье. Большая часть ее туалетов по-прежнему находилась в замке Лохливен.

В качестве посла Марии в середине июля Херрис встретился с Мидштмором в Лондоне и, если верить письму Миддлмора Сесилу, полностью отрекся от Марии, резко переменив свои взгляды. По утверждению Мидштмора, Херрис предложил, чтобы Елизавета правила Шотландией, французов вышвырнули вон, а Мария никогда не возвращалась бы домой. Так как Херрис постоянно оказывал поддержку Марии, это письмо выглядит полной клеветой. Бестактность Миддлмора привела к его полному провалу в роли посланника к Марии, хотя, как мы увидим, он достиг большего успеха у Морея. Возможно, при помощи этой довольно неуклюжей уловки он пытался вернуть расположение Сесила.

Первая стадия перемещения недовольной Марии в Болтон — в сопровождении сэра Джорджа Боуэса и сорока вооруженных всадников, которые якобы должны были защищать ее от врагов, — привела королеву в дом Доутера в Уортоне, в двадцати милях от Карлайла. Здесь Ноллис нашел Марию более сговорчивой. В конце концов, все было решено без нее, а у нее не было никаких средств к сопротивлению, хотя прямых приказов от Елизаветы Ноллис до сих пор не получил. Мария добилась права отправлять и принимать посланцев от своих сторонников в Шотландии; она также сказала Ноллису, что пожаловала управление страной на время своего отсутствия герцогу Шательро.

Королевский кортеж прибыл, наконец, в Болтон 15 июля, когда уже стемнело. Мария была «тихой, сговорчивой и не создавала никаких неприятностей». Ее свита выросла до 51 человека, 21 из которых были «простолюдинами». Их было больше, чем ожидал Ноллис, поэтому ему «пришлось нанять 4 маленькие повозки, 20 тяжеловозов и 23 верховых лошади для ее слуг — все это к большому ее удовлетворению». Марию поселили на третьем этаже северо-западной башни, в просторной комнате с камином и прекрасным видом на долины Йоркшира. Рядом была ее спальня, так что здесь королева располагала большими удобствами, нежели в Карлайле.

Строительство замка Болтон было завершено в 1399 году, он представлял собой великолепный пример соединения дворца и крепости. Ноллис сообщал: «Этот дом хорошо укреплен, красив и величествен. Он выдержан в старинном стиле и является самым высоким укрепленным дворцом, какой я видел; у него всего один вход. Его можно защищать с половиной солдат карлайлского гарнизона… Там [в Карлайле] покои королевы выходили в сторону Шотландии, и если подпилить оконную решетку, она смогла бы выбраться, а между замком и Шотландией лежит равнина».

Теперь Шотландия находилась на расстоянии 150 миль, и Мария была вне досягаемости шотландских налетчиков, которых так опасались в Карлайле. Более того, были предприняты особые меры по усилению защиты Болтона. Пять дней спустя после прибытия Марии из Лохл и вена доставили «5 небольших повозок и 4 тюка одежды». Сэр Джордж Боуэс прислал Марии ковры и гобелены, а граф Нортумберленд регулярно поставлял к ее столу дичь. Наконец прибыли и ее парчовые занавеси. Теперь двор Марии обустроился на новом месте; кроме того, определился ее статус в Англии — хотя Мария и не хотела этого признавать, но она была здесь пленницей.

Через несколько дней, 24 июля, к Марии явился Херрис с предложением от Елизаветы. Та не должна была председательствовать на суде над Марией, поскольку Марию, как помазанную королеву, нельзя было предать суду. Вместо этого Елизавета вызвала бы Морея, чтобы он объяснил свои действия. Если бы его объяснение оказалось удовлетворительным, в чем Елизавета сомневалась, Мария вернулась бы в Шотландию, но ее статус еще следовало определить, а лорды сохранили бы свои привилегии. Однако если бы объяснения оказались неудовлетворительными, Елизавета восстановила бы Марию на престоле силой, но на определенных условиях: Мария должна отказаться от всяких претензий на английский престол, от союза с Францией, отречься от мессы и принять Книгу общих молитв. Это предложение на самом деле было не чем иным, как способом заставить Марию согласиться на судебный процесс. Более того, от нее требовали отречься от своей религии и стать отступницей. Мария ни в коем случае не приняла бы это предложение, но, вместо того чтобы впасть в ярость, услышав это, королева, по сообщению Ноллиса, «отправилась на охоту и приятно провела время».

Елизавета оказалась в состоянии сделать Марии такое предложение потому, что неделей ранее Миддлмор вернулся со встречи с Мореем и сообщил, что лорды шотландского Тайного совета имеют в своем распоряжении письма, «убедительно, по нашему мнению, доказывающие, что она [Мария] выразила согласие на убийство короля, ее законного мужа». Механизм подготовки к судебному процессу был уже запущен, и Сесил с Елизаветой уверились, что смогут доказать вину Марии. Мария не знала, что Морей уже уверил Елизавету: «шотландские лорды не стали бы обвинять Марию без веских на то оснований».

К удивлению Ноллиса, Мария согласилась на все предложения Елизаветы, в том числе на принятие Книги общих молитв. Мария даже включила в состав своей свиты капеллана, принадлежавшего англиканской церкви, и посещала службы, хотя Ноллис сомневался в ее искренности. Он завершил свой доклад Сесилу очередной просьбой о деньгах, но Сесил обычно игнорировал такие просьбы.

Всего три недели спустя, 16 августа, Морей созвал парламент. Пока тот заседал, он продал часть драгоценностей Марии, чтобы расплатиться с армией. Парламент также объявил всю семью Хэмилтонов вне закона. Несмотря на это, Мария не отдала приказ о возмездии, к ярости Херриса: его земли также были конфискованы вместе с имуществом других сторонников королевы. Он обвинял Елизавету в том, что та задерживала восстановление Марии на престоле, тем самым запутывая шотландские дела.