На землю Иерусалимского королевства он пришел уже с шестидесятитысячным войском мамлюков и 1 июля 1187 года взял Тивериаду. А 5 июля под Тивериадой, между Тивериадским озером и Назаретом, крестоносцы были наголову разбиты армией Салах-ад-Дина: в плен попали иерусалимский король Ги де Лузиньян, великий магистр тамплиеров и множество рыцарей. После разгрома армии крестоносцев под Хиттином были казнены более 30 рыцарей, а Рене Шатильонскому Салах-ад-Дин лично отрубил голову. Разгром крестоносцев при Тивериаде имел катастрофические последствия для Иерусалимского королевства. Оно лишилось самой боеспособной части армии. Тем самым были открыты дороги на все замки, крепости, города, порты и сам Иерусалим. Само существование Иерусалимского королевства оказалось под угрозой.

Первым делом Салах-ад-Дин, чтобы отрезать Иерусалимское королевство от Европы, взял порты: Акру, Торон, Сидон, Бейрут, Назарет, Яффу и Аскалон. А в середине сентября 1187 года армия Салах-ад-Дина осадила Иерусалим. Оборонять город было бесполезно, и 2 октября, после нескольких переговоров, тот сдался. Покинуть город жители могли, только заплатив выкуп: 10 золотых динаров за мужчину, 5 — за женщину и 1 — за ребенка; тот, кто не смог этого сделать, становился рабом. Около 3 тыс. бедняков были отпущены просто так.

Однако крестоносцы со своим поражением не смирились. В их руках еще оставались Бельфор, Тир, Триполи, Крак де Шевалье, Маргат и Антиохия. В мае 1189 года начался Третий крестовый поход, который возглавили германский император Фридрих Барбаросса, французский король Филипп II Август и английский король Ричард Львиное Сердце. В походе участвовали иоаннитские рыцари. По дороге король Ричард взял отложившийся от Византии остров Кипр, королем которого стал бывший глава Иерусалимского королевства Ги де Лузиньян. Одиннадцатого июля 1191 года крестоносцы штурмом одолели Акру, где и расположилась главная резиденция ордена иоаннитов. Резиденции иоаннитов находились также в Тире и Маргате. Ричард Львиное Сердце хотел взять Иерусалим, но осадить город не смог: 2 сентября 1192 года с Салах-ад-Дином был заключен мир, по которому Иерусалим оставался у мамлюков, а за крестоносцами сохранилась только узкая прибрежная полоса от Тира до Яффы. К тому же у Ричарда появились неотложные дела в своем королевстве, в Англии, и он собирался поскорее туда отплыть. Столицу Иерусалимского королевства перенесли в Акру.

Приняли участие рыцари ордена и в Четвертом крестовом походе, объявленном в 1199 году. Войска под руководством итальянского маркграфа Бонифация Монферратского и Балдуина Фландрского на венецианских судах Энрико Дандоло подошли к Константинополю, сделав это по просьбе претендента на императорский престол, византийского принца Алексея Ангела, сына императора Исаака Ангела, которого к тому времени сверг с престола собственный брат. Иоанниты соблазнились огромными деньгами, которые Алексей обещал им заплатить, если с их помощью его отец снова будет возведен на трон. Исаак праздновал победу, но у него не было денег в достаточном количестве, чтобы заплатить рыцарям. Начались затяжные переговоры, в которых Исаак просил отсрочить выплату долга. Крестоносцы на это не соглашались: их ждала Святая земля.

Но на этом интрига, связанная с борьбой за престол, не закончилась. В Константинополе объявился один принц из рода Дуков, который стал проповедовать ненависть греков к крестоносцам и даже сделал вылазку против последних, которая и решила судьбу империи. Народ единогласно поддержал принца, и в соборе Святой Софии он был провозглашен императором. Наследника престола Алексея Ангела он, конечно же, заточил в темницу и там убил. Теперь ему нужно было избавиться от вождей крестоносцев, и он задумал заманить их в ловушку, пригласив на пир, но ему это не удалось. На следующий день сама византийская армия предприняла враждебные действия против крестоносцев, попытавшись поджечь их корабли. И началась война. Константинополь был осажден почти со всех сторон. После недолгой осады крестоносцы со второй попытки штурмом взяли город. Принц бежал. Невероятные богатства Константинополя были разграблены. По самым приблизительным оценкам их стоимость тогда составляла 1 млн 100 тыс. серебряных марок. Жителей города пощадили.

Византия лежала у ног рыцарей-иоаннитов, и 9 мая императором новой Латинской империи был избран граф Балдуин IX Фландрский. Крестоносцы захватили и поделили между собой земли Фракии, Македонии, Фессалии, Аттики, Беотии, Пелопонесса и острова Эгейского моря. Тогда же с участием иоаннитов на Пелопонесском полуострове было образовано Морейское княжество.

Дальнейшая судьба ордена связана с тем, что он постепенно становился крупным землевладельцем. Во-первых, он получал владения как в Палестине (на завоеванных землях), так и в Европе в награду за военные подвиги и услуги, оказанные монархам. Во-вторых, рыцари чести (или «рыцари по справедливости»), принимавшие все обеты (в том числе обет бедности), жертвовали свое имущество и недвижимость ордену. В-третьих, орден наследовал земли своих погибших рыцарей (в уставе Раймонда де Пюи отправляющемуся в путь рыцарю предписывалось «сделать духовное завещание или другое распоряжение», и достаточно часто рыцари объявляли своим наследником орден). Каждое отдельное владение ордена называлось командорством, и, по своему обыкновению, в каждом таком владении (как в Палестине, так и в Европе) орден устраивал госпиталь в честь святого Иоанна Иерусалимского. За время крестовых походов появились целые государства иоаннитов (последним из них стало государство со столицей в Акре).

Участие иоаннитов в Пятом крестовом походе 1217 и 1221 годов запомнилось неудачной осадой крепости Тавор, имевшей 77 башен, и взятием после долгой осады крепости Дамисты (Дамиетты) в мамлюкском Египте. А в 1230 году иоанниты завязали контакты с ассасинами — тайной мусульманской организацией-государством, образованной в конце XI века в Иране и имевшей крепости и замки в Сирии и Ливане.

Однако вскорости, в августе 1244 года, Иерусалим пал под натиском войск египетского султана ас-Салиха, а 17 октября 1244 года объединенное войско Иерусалимского королевства было разбито при Харбийи (Форбии) войсками египетского султана Бейбарса (Бибарса). Из 7 тыс. рыцарей в живых осталось только 33 тамплиера, 3 тевтонца и 27 иоаннитов; около 800 рыцарей были взяты в плен. В 1247 году египтяне захватили также часть Галилеи и город Аскалон, который защищали иоаннитские рыцари.

С 1265 по 1271 год рыцари потеряли также Кесарию, Арсуф, Яффу, Монфор, Крак де Шевалье и, что самое страшное, — Антиохию, одну из мощнейших крепостей на Ближнем Востоке. Эту крепость крестоносцы осаждали 7 месяцев и потеряли под ней половину своей армии.

Однако в 1270 году рыцари затевают еще один, последний крестовый поход — восьмой по счету. 17 июля войска крестоносцев под предводительством французского короля Людовика IX высадились в Тунисе. Но вскоре король умер от лихорадки. Поход завершился безрезультатно, был подписан мир, но крестоносцы не смогли переломить ситуацию в свою пользу. В 1285 году войска султана Бейбарса взяли Маргат, в 1287-м — Латакию, в апреле 1289-го — Триполи.

Хотя рыцари и прославились своими отвагой и мужеством, ни одно социальное объединение не вечно. В 1291 году, несмотря на героизм рыцарей Креста Красного (тамплиеров) и рыцарей Креста Белого (госпитальеров), сражавшихся бок о бок, на одного христианина приходилось 7 мусульман, битва продолжалась каждый день, и Акра (Птолемаида), продержавшаяся около двух недель, была потеряна перед лицом подавляющего численного превосходства мусульманских войск. Падение Акры имело огромное политическое и военное значение — это было уничтожение последнего оплота христиан и изгнание их со Святой земли. С падением Акры Иерусалимское королевство прекратило свое существование и закончилась история крестовых походов.