Сибирская военная флотилия перешла на сторону Белого движения после выступления Чехословацкого корпуса в июле 1918 года, в ходе которого были захвачены суда флотилии. Командовали флотилией в разное время контр-адмирал С.Н. Тимирев, контр-адмирал М.И. Федорович, контр-адмирал М.А. Беренс, контр-адмирал Г.К. Старк. После образования Дальневосточной республики в 1920—1921 годах флотилия вошла в состав ее Народно-революционного флота, но после переворота во Владивостоке 26.05.1921 года вновь перешла в состав Белого флота. В ходе боевых действий провела ряд десантных операций. В октябре 1922 года после поражения белых один отряд кораблей флотилии эвакуировал из Владивостока 10 тысяч беженцев. Этот отряд под командованием адмирала Старка Г.К. взял курс на Филиппины и прибыл туда лишь в январе 1923 года. По пути часть кораблей затонула. Прибывшие на Филиппины корабли затем были проданы. Остальные корабли остались во Владивостоке и в конечном счете перешли в состав РККФ.

После захвата войсками Антанты в августе 1918 года флотилия Северного Ледовитого океана была включена в состав вооруженных сил Верховного управления Северной области, а затем Временного правительства Северной области. Флотилии Северного Ледовитого океана подчинялись гидрографические экспедиции Белого моря и Северного Ледовитого океана, а также ряд речных и озерных флотилий (Печорская, Северо-Двинская, Онежская), а также порты Архангельска и Мурманска.

Флотилия Северного Ледовитого океана в основном занималась проводкой судов с грузами для армий Колчака и гидрографическим обеспечением флотилии. Командовали флотилией контр-адмирал Н.Э. Викорст, а затем контр-адмирал Л.Л. Иванов; гидрографическим обеспечением руководил контр-адмирал Б.А. Вилькицкий. После взятия Красной армией 21 февраля 1920 года Архангельска и 7 марта 1920 года Мурманска корабли флотилии были включены в состав РККФ.

Весной 1919 года была сформирована Каспийская флотилия. Флотилия входила в состав ВСЮР, командовали флотилией капитан 1-го ранга, а затем контр-адмирал А.И. Сергеев, затем капитан 1-го ранга Б.М. Бушен. Каспийская флотилия вела активные боевые действия против красных: сражалась с кораблями Волжско-Каспийской флотилии РККФ в районе дельты реки Волга, вокруг Астрахани поставила минное заграждение из двухсот мин, обеспечив тем самым морскую блокаду города, оказывала существенную поддержку войскам белых на приморском фланге. В связи с успешным наступлением Красной армии, захватившей основные пункты базирования Каспийской флотилии в Гурьеве и Красноводске, вынуждена была в апреле 1920 года перебазироваться в Баку, а из Баку в находившийся под контролем союзной Великобритании иранский порт Энзели. В Энзели флотилия была фактически интернирована англичанами. 17—18 мая 1920 года после успешной Энзелийской операции красных 23 корабля флотилии и 4 гидросамолета были отбиты у англичан, возвращены в Советскую Россию и включены в состав РККФ.

Кроме указанных флотских структур в составе Белого флота еще были речные и озерные флотилии: Речной боевой флот Поволжской народной армии, Северо-Двинская речная флотилия, Чудская озерная флотилия, Онежская озерная флотилия, Печорская флотилия, Волжская военная флотилия, Донская флотилия, Среднеднепровская флотилия, Нижнеднепровская флотилия, Байкальская флотилия, Енисейская речная боевая флотилия, Обь-Иртышская речная боевая флотилия. Указанные флотилии белых вели боевые действия на перечисленных реках и озерах против аналогичных флотилий красных, участвовали в высадке десантов и в поддержке действий сухопутных войск.

Красный флот. Большевики предприняли ряд чрезвычайных и самых энергичных мер для спасения завоеваний революции и создания Рабоче-крестьянской Красной армии, 11 февраля 1918 года был принят декрет о создании Рабоче-крестьянского Красного флота (РККФ). Большинство матросов императорского российского флота после революции остались служить на Красном флоте. Среди старых офицеров тоже были такие, которые с первого дня революции безоговорочно перешли на сторону новой власти. Первыми среди них стали вице-адмиралы Ставицкий и Векман. Впоследствии некоторые офицеры пошли служить в Белый флот или подались в эмиграцию. Другие стали честно служить в Красном флоте. Важная особенность Красного флота была в том, что вся тяжесть разъяснительной, воспитательной, организаторской, а иногда и командной работы ложилась на судовые комитеты. В свою очередь ими руководили бригадные или дивизионные комитеты, и, наконец, во главе матросских масс стоял Центробалт. Несмотря на то, что не весь состав его был большевистским, решающим влиянием в нем пользовались большевики.

В декрете ВЦИК и СНК о создании Рабоче-крестьянского Красного флота военнослужащие флота были названы «Красные военные моряки». Это наименование мгновенно было переиначено в «красвоенмор». Значительная часть матросов и унтер-офицеров Балтийского флота ушла на сушу воевать в Красную армию, другая часть воевала в армии на стороне Белого движения, незначительная часть оставалась на кораблях, пытаясь их сохранить.

РККФ состоял из флотов, морских и речных военных флотилий. В период Гражданской войны корабли флота не играли существенной роли в развернувшейся вооруженной борьбе. Но РККФ участвовал в боевых действиях на морях, реках и озерах, нарушал коммуникации противника и обеспечивал свои перевозки и переправы через водные рубежи, а также содействовал приморским (приозерным, приречным) флангам сухопутных войск огнем своей судовой артиллерии и высадкой десантов в тылу белых войск.

Флот подчинялся главкому всеми Вооруженными силами Республики. В годы Гражданской войны Постановлением СНК РСФСР от 22 февраля 1918 года был учрежден Народный комиссариат по морским делам, а Верховная морская коллегия переименована в Коллегию Народного комиссариата по морским делам. Командующими Красным флотом в тот период были: Дыбенко Павел Ефимович (1917—1918), Иванов Модест Васильевич (1918), Альтфатер Василий Михайлович (1918—1919), Беренс Евгений Андреевич (1919—1920), Немитц Александр Васильевич (1920—1921), Панцержанский Эдуард Самуилович (1921—1924).

Рабочее-крестьянский Красный флот – это официальное наименование Военно-морского флота СССР сохранялось со времени его создания до 1946 года.

Да, в истории России (1917—1922 годов) военные моряки прочно связали себя с анархистским движением. И в глазах многих россиян того времени, к сожалению, понятия «анархия» и «матрос» часто воспринимались в единстве. И для этого было немало оснований. Например. В ночь с 6 на 7 января 1918 года революционными матросами в порядке самосуда были убиты депутаты Учредительного собрания от партии кадетов А.И. Шингарев и Ф.Ф. Кокошкин. 9 марта 1918 года анархически настроенные матросы под предлогом опасности немецкого наступления настойчиво не пропускали правительственный поезд по пути из Петрограда в Москву, куда эвакуировался Совнарком. И Ленина в той ситуации спасли только латышские стрелки. Таких примеров анархического поведения военных моряков в те годы было немало.

Увы, военные моряки (в основном, матросы) под влиянием анархизма совершали ультрареволюционные деяния, стихийные авнтюрные и безумные действия, самосуды над офицерами, государственными и политическими деятелями, акты неоправданного насилия над людьми, участвовали в налетах и грабежах, были часто привержены к крайним взглядам и мерам. На фоне реальной большой революционной деятельности военных моряков в период революции и Гражданской войны в России, что, безусловно, делает им честь, они временами становились на путь безудержного анархизма и даже экстремизма, что подрывало их авторитет в глазах народа, а также приводило к конфликтам с действующей властью.