Большое место описанию того, как Багиров насаждал беззаконие в Азербайджане, уделил в своей речи и защитник Маркаряна Г.С. Семеновский. Особо остановился на том, как Багиров подбирал нужных ему людей. Указал, что Маркарян с 15-летнего возраста работал по найму, служил в армии, с 1921 г. работал в органах ВЧК-ОГПУ-НКВД-МВД. До 1936 г. он был рядовым работником, никакой преступной связи с Берией и Багировым не имел, но не мог противопоставить себя Багирову, под руководством которого во всех сферах жизни активно насаждалось беззаконие. Да, Маркарян участвовал в оформлении документов на арест, в арестах и ведении следствия по делам колхозников Али-Байрамлинского района, но он не был инициатором и организатором массовых арестов. Не оспаривал адвокат и того, что Маркарян «в отдельных, случаях стал применять к арестованным недозволенные методы и таким способом добивался их признания в совершенных якобы преступлениях». Всё это, по мнению защитника, было обусловлено общей обстановкой, создавшейся в то время в стране. Маркарян оказался втянутым в массовую расправу над лучшими людьми Азербайджана, Но по сравнению с другими на его совести меньше жертв беззакония.

Семеновский не оспаривал и того, что Маркарян стал своеобразным начальником штаба оперативных групп, от которых к нему поступали все сведения о ходе арестов и результатах следствия. Он же готовил материалы к рассмотрению их на заседаниях «тройки», в состав которой входили первый секретарь ЦК КП/б/ Азербайджана Багиров, народный комиссар внутренних дел и прокурор республики. Следовательно, указывал в своей речи защитник, один Маркарян не может нести ответственность за деятельность этой «тройки».

Не оспаривалось в речи защитника и то, что в бытность Маркаряна с ноября 1938 г. временно исполняющим обязанности наркома внутренних дел республики, а с марта 1939 г. — заместителем наркома, террористические расправы над невиновными продолжались, и к этому самое непосредственное отношение имел Маркарян. В то же время защитник утверждал, что Маркарян был слепым орудием в руках Багирова.

Адвокат Семеновский оспаривал обоснованность квалификации действий Маркаряна как измену Родине и участие в заговорщицкой изменнической группе, просил исключить такую квалификацию содеянного Маркаряном и признать его виновным только в участии в террористических расправах над «многими честными советскими гражданами». Он просил не применять к Маркаряну высшую меру наказания.

Защитник Атакишиева К.Н. Апраксин в своей речи проанализировал причины, приведшие Атакишиева на скамью подсудимых. В этой связи он остановился на том, как подбирал себе Багиров нужных ему людей. Он стремился найти людей с «помарками» в автобиографиях, а Атакишиев был именно таким человеком. Как уже говорилось, он в 1929 г. был судим. Из-под стражи его освободили по распоряжению Багирова. За это Атакишиев был благодарен Багирову, но это и был первый шаг на скамью подсудимых. Атакишиев беспрекословно выполнял все распоряжения Багирова, не задумываясь об их правомерности. Кроме того, сложившаяся к тому времени обстановка позволяла органам НКВД, его сотрудникам совершенно пренебрегать требованиями закона, поскольку считалось, что они во всех случаях имеют дело с врагами народа. Поэтому Атакишиев, указывал защитник, боясь Багирова и «дрожа за своё место и положение», не задумываясь, подписывал справки на арест, обвинительные заключения и другие документы. К тому же, указания на арест ответственных работников давались только Багировым. Хотя Атакишиев имел отношение ко многим делам, но полностью он не провёл ни одного дела, документы, подписанные им, не предрешали исход дел.

Адвокат не оспаривал того, что действия Атакишиева объективно способствовали осуществлению вражеских планов, но, по его мнению, не была доказана общность замыслов Берии и Багирова, с одной стороны, и Атакишиева — с другой. Он не был посвящен в их планы. С учетом сказанного Апраксин просил исключить обвинение Атакишиева в измене Родине, учесть общую обстановку, сложившуюся в стране в 1937–1938 гг., и даровать своему подзащитному жизнь.

Последним выступал М.М. Гринёв, защищавший Емельянова. В своей речи он указал, что Емельянов совершил тяжкие преступления, но его фактическое участие в них, по сравнению с другими подсудимыми, всё же значительно меньше. Требование государственного обвинителя о применении к Емельянову высшей меры наказания едва ли является правильным.

Далее защитник остановился на биографических данных Емельянова: до 1939 г. в органах НКВД не работал, был рабочим, окончил Азербайджанский индустриальный институт, после чего работал на железной дороге. В 1938 г. перешел на партийную работу — был избран первым секретарём Дзержинского райкома г. Баку, а 28 марта 1939г. был назначен народным комиссаром внутренних дел Азербайджанской ССР. Емельянов фактически не имел опыта ни партийной, ни чекистской работы. Он слепо верил Багирову и полагался на тех, кого Багиров оставил в аппарате АзНКВД. Не выполнять преступные приказы Багирова у Емельянова не хватило гражданского мужества. Он боялся попасть в положение тех, с кем Багиров расправлялся, примиренчески относился к творившимся беззаконию и произволу, сжился с этим и сам в «последующем допустил ряд преступлений», сказал защитник. Тем не менее, Гринёв считал, что Емельянову необоснованно вменено обвинение в измене Родине, поскольку его подзащитный в изменнической группе не состоял, умысла на совершение этого преступления у него не было.

Защитник просил также учесть, что агентурная разработка в отношении жены Г.К. Орджоникидзе — З.Г. Орджоникидзе, или «Своенравной», как она была обозначена в этой разработке, осуществлялась не по инициативе Емельянова, а по указанию, полученному из Москвы. Он просил принять во внимание и следующие обстоятельства: у Емельянова не было цели истреблять советские и партийные кадры — он лишь выполнял волю и распоряжения Багирова; его помощники были недобросовестными работниками; по делам, к которым имел отношение Емельянов, не наступило столь тяжких последствий, как по другим делам, исследованным в ходе судебного разбирательства. С учётом всех этих обстоятельств адвокат просил не лишать Емельянова жизни.

Адвокатам, защищавшим подсудимых, нелегко было найти какие-то обстоятельства, смягчающие ответственность их подзащитных. Все они, и к этому имелись все основания, обращали внимание суда на ту обстановку в стране, которая сложилась в 1937–1938 гг., с чем каждый из подсудимых не мог не считаться. Оспаривая частично квалификацию содеянного подсудимыми, защитники, вместе с тем, не отрицали того, что их подзащитные имели самое непосредственное отношение к уничтожению не только неугодных Багирову людей, но и многих тех, кто никогда, никакого отношения непосредственно к Багирову не имел. Это оспаривать действительно было невозможно.

Но вместе с тем прозвучало неубедительно утверждение государственного обвинителя, что подсудимые изменили Родине.

После окончания судебных прений председательствующий предоставил подсудимым последнее слово. Первым его произнёс Багиров. Заключительные фразы его последнего слова произвели определённое впечатление на присутствовавших в зале судебного заседания. Он заявил: «[…] Я ещё раз заявляю, что несу полную ответственность за всё, что было совершено в Азербайджане, за уничтожение невиновных людей, за невинно пролитую кровь. За эти преступления меня мало расстрелять, меня следует четвертовать».