Другие участники судебного разбирательства, в том числе Багиров, Атакишиев и Емельянов, судебное следствие ничем не дополнили.

После окончания судебного следствия суд перешел к судебным прениям. Первым, как это предусмотрено законом, выступил государственный обвинитель — Генеральный прокурор Союза ССР Р.А. Руденко.

В своей речи он обратил внимание на то что в настоящем деле много общего с делом Рухадзе, Рапавы и других, рассмотренным в сентябре 1955 г. в Тбилиси, поскольку эти дела и привлеченные по ним к уголовной ответственности лица были тесно связаны с преступной деятельностью Берии и его сообщников. Вместе с тем, государственный обвинитель отметил и особенность данного дела, заключавшуюся в особом положении Багирова, которое он занимал среди других участников преступной группы Берии. Это обусловливалось их тесной связью, установившейся между ними ещё” в начале 1920-х гг., когда Багиров был председателем АзЧК, а Берия — его заместителем.

Государственный обвинитель подчеркнул, что на высокие руководящие посты в партии и государстве Багиров мог пробраться только вследствие процветавшего беззакония, обусловленного культом личности и связанными с ним нарушениями норм государственной и партийной жизни.

Далее были проанализированы доказательства, подтверждающие далеко не светлое прошлое Багирова, отмечено, как он беспощадно и жестоко расправлялся с неугодными ему людьми, как подбирал в своё окружение тех, кто был готов беспрекословно исполнять любые его указания.

Была дана характеристика и другим подсудимым, на совести и руках которых кровь многих и многих ни в чём не повинных советских граждан.

В своей речи Руденко проанализировал обстоятельства фальсификации больших групповых дел, по которым были необоснованно репрессированы сотни граждан, большинство из которых расстреляны. Имелись в виду так называемые «шемахинское», «али-байрамлинское», «исмаиллинское» дела, дела на работников Каспийского пароходства, на партийных и комсомольских работников, на работников нефтяной промышленности республики, на работников электростанции «Красная Звезда» и многих другие, исследованные в ходе судебного разбирательства. Государственный обвинитель остановился на роли каждого подсудимого в фальсификации этих дел, указал на организующую и руководящую роль в этом Багирова, отметил, как по требованию последнего другие подсудимые фальсифицировали дела на видных партийных и советских работников, на старых членов партии, которые выступали или могли выступить против Багирова, против его интриг в отношении честных работников, против насаждавшегося им беззакония.

Был также дан краткий анализ причин роста по службе других подсудимых. Отмечено, Багиров возглавлял преступную деятельность всех подсудимых, однако это ни в коей мере не уменьшает степень ответственности каждого из них, преступная деятельность которых была достаточно полно исследована в ходе судебного разбирательства. Их преступная деятельность была направлена не только против отдельных граждан, но и против основ законности в стране, подрывала веру в советский закон и справедливость советского правосудия.

В заключение своей обстоятельной речи Генеральный прокурор СССР обосновал квалификацию содеянного подсудимыми как измену Родине, совершение террористических актов и участие в контрреволюционной организации. В обоснование своих выводов государственный обвинитель сослался на те же доводы, которые приводились им годом ранее в обвинительной речи по делу Рапавы, Рухадзе и других.

Государственный обвинитель не усмотрел наличия обстоятельств, смягчающих ответственность подсудимых, и закончил свою речь словами: «Я требую расстрела всем подсудимым, всем до единого».

Затем выступили защитники подсудимых. Все они оспаривали обоснованность обвинения своих подзащитных в измене Родине, приводя доводы, аналогичные тем, на которые ссылалась защита в судебном процессе по делу Рапавы, Рухадзе и других.

Первым произнёс речь в защиту Багирова адвокат В.Н. Гаврилов. В своей речи, фактические оспаривая доказанность преступных деяний, вменённых в вину Багирову, он остановился на обстоятельствах, которые, по его мнению, следует учесть, принимая решение о сохранении жизни Багирову. Защитник указал, что Багиров «с самого начала встал на сторону Октябрьской революции» и немало сделал для достижения её целей в Азербайджане. В дальнейшем же контроль за деятельностью Багирова ослаб. В результате этого из Багирова выработался руководитель с большим самомнением, зазнайством и верой в свою непогрешимость. Выработке таких качеств у Багирова способствовало и то, что отсутствовало коллективное руководство как в республике, так и во всей стране, молчаливое согласие большинства других руководителей со всем, что делалось Багировым и по его указанию. Что же касается разгула репрессий в 1937–1938 гг., то ведь это было характерно для всей страны. Значит, сделал вывод защитник, обвинение в этой части должно пасть не только на Багирова. Объясняя и оценивая события 1937–1938 гг., нельзя отвлекаться от условий, в которых находилось всё наше общество в то время, считал адвокат.

Вместе с тем, адвокат Гаврилов указал, что было бы неправильным объяснять действия других подсудимых только тем, что они выполняли распоряжения Багирова. Он также отрицал, что Багиров находился в дружеских отношениях с Берией, что они были политическими единомышленниками. По его мнению, их отношения следует рассматривать только как служебные. (Забегая вперёд, отмечу, что в своём последнем слове Багиров опроверг эти утверждения своего защитника). Кроме того, указал адвокат, нельзя не учитывать и того, что Берия был неуязвим в своей преступной деятельности. Именно поэтому Багиров передал Берии документы о его службе в мусаватистской контрразведке.

В заключение защитник высказал мнение, что на фоне успехов, достигнутых страной, нет необходимости уничтожать Багирова — человека, к этому времени нравственно опустошенного, уничтоженного и разбитого.

Защитник Борщева Я.М. Нутенко в своей речи много внимания уделил роли Багирова в развертывании беззакония в Азербайджане, в создании в республике обстановки страха и неуверенности в завтрашнем дне у всех граждан республики. С учетом всего этого, не отрицая вины Борщева в совершении им конкретных преступлений, адвокат просил учесть обстановку, в которой пришлось работать Борщеву, выполняя приказы своих непосредственных начальников. Он не оспаривал, что в бытность Борщева с ноября 1937 г. заместителем наркома внутренних дел Азербайджанской ССР от него «в этот период, возможно, и могли исходить […] какие-нибудь указания другим подсудимым в части незаконных арестов или применения незаконных методов допроса». В основном же такие указания исходили от наркома внутренних дел республики Сумбатова.

Защитник также считал, что обвинение Борщева в измене Родине и в том, что он добивался осуждения невиновных людей является необоснованным — лишь одно дело по распоряжению Борщева было направлено на рассмотрение «тройки». Защитник просил сохранить жизнь Борщеву.

Защитник Григоряна П.Я. Богачев в своей речи тоже уделил большое внимание роли Багирова в совершении преступлений, которые были вменены в вину не только Багирову, но и Григоряну, верившему Багирову — первому секретарю ЦК КП/б/ Азербайджана и выполнявшему все его распоряжения. Григорян также выполнял и указания своих непосредственных начальников наркомов внутренних дел республики Сумбатова и Раева. По мнению адвоката Богачева, Багиров в судьбе Григоряна сыграл роковую роль — он «слепо подчинялся приказам Багирова». Что же касается тесной связи Григоряна с Берией, то этого в действительности не было, считал защитник. Получив от Берии подложную справку, что он в марте 1918 г. якобы состоял в красногвардейском отряде, которым командовал Берия, Григорян в некоторых случаях говорил о своей близости к Берии. Но это было не более, чем бахвальство. Выдача же указанной справки скорее нужна была Берии, чтобы как-то прикрыть своё прошлое. Нет оснований считать, что Григорян находился в близких отношениях и с Багировым, указывал Богачев. Хотя Григррян и совершил тяжкие преступления, однако участником контрреволюционной организации не был, Родине не изменял, утверждал защитник в своей речи. Он не отрицал того, что на совести Григоряна жизнь многих несчастных людей, но просил учесть, что Григорян был исполнителем чужой воли. «Он преступник, но не организатор преступлений», — такую оценку действиям Григоряна дал адвокат, и просил признать Григоряна виновным лишь в том, что вместе с Багировым и другими подсудимыми участвовал в террористической расправе с невиновными людьми. С учетом того, что с момента совершения преступлений прошло много времени, он просил сохранить жизнь своему подзащитному.