Значит, в то время считалось, что органы НКВД предназначены лишь, для арестов «врагов народа» и не для чего другого. Фактически так и было. Сотрудники НКВД обязаны были выявлять «врагов народа», которые были повсюду. Поэтому, как это следовало из выступления Емельянова, эффективность работы органов НКВД определялась количеством арестованных и осужденных этих самых «врагов». На основе подобных показателей делался вывод о соответствии того или иного должностного лица занимаемой им должности в органах НКВД.

Допрошенный по делу С. Асланов показал, что на проводившихся оперативных совещаниях Емельянов требовал от начальников районных отделений НКВД как можно больше арестовывать людей. Когда же он возразил, что к этому нет оснований, Емельянов обозвал его бездельником.

Об этом же показал и другой сотрудник НКВД — К. Романский, пояснивший, что Емельянов требовал производить как можно больше арестов. Чем больше их было, тем выше оценивалась работа того или иного сотрудника, заявил свидетель.

Как следует из показаний Емельянова, он по указанию Багирова направил 5 января 1940 г. письмо Берии с просьбой оставить Григоряна, который, согласно заключению комиссии НКВД СССР, должен был быть снят с оперативной работы за нарушения законности в органах НКВД. Он писал, что Григорян — «не потерянный для органов НКВД человек и при надлежащем партийном руководстве и влиянии будет ещё лучше работать». Как уже сказано ранее, Григорян остался работать в АзНКВД. Следовательно, и Емельянов с самого начала работы в должности наркома внутренних дел республики принимал активные меры к сохранению нужных Багирову кадров.

Допрошенные по делу свидетели показали, что Емельянов ориентировал начальников райотделений НКВД на то, что они не подотчетны ни советским, ни партийным органам.

Емельянову было известно, что военный трибунал Закавказского военного округа вернул на дополнительное расследование дело по обвинению Гасана Рахманова и ещё 24-х работников Каспийского пароходства, поскольку все подсудимые заявили о незаконных методах ведения предварительного следствия. Однако он ничего не сделал для проверки всех обстоятельств дела и обоснованности заявлений подсудимых. Признав себя виновным в этой части, Емельянов показал, что следственную работу передоверил своему заместителю Керимову.

Кроме того, в мае 1940 г. Военная коллегия Верховного Суда СССР своим определением предложила объединить дело Рахманова и других с делом Курилова, Зенина и других, поскольку показания последних являлись основанием, для обвинения Рахманова. Это определение не было выполнено.

Как показал Керимов, после доклада указанного определения Багирову, было решено определение Военной коллегии Верховного Суда СССР не выполнять, посчитав, что доследовать нечего, и дело небольшими группами обвиняемых и поодиночке направить на рассмотрение Особого совещания.

Емельянов же пояснил, что указанное решение было принято после доклада Керимова о невозможности выполнить названное определение, поскольку все арестованные по делу Г. Рахманова и других отказались от своих показаний.

Кроме того, Емельянов показал: «Тогда была общая для всех органов установка, что нельзя прекращать ни одного дела, начатого в 1937 году, если арестованный обвинялся в контрреволюционном преступлении, без санкции первого секретаря ЦК партии республики. Когда же мы доложили, в соответствии с установкой, дела работников Каспара (Каспийского пароходства — Н.С.) Багирову, то он сказал, что все арестованные виноваты, и их надо судить. Когда же ему сказали, что в суд дела направлять нельзя, так как есть уже определения Военного трибунала Закавказского военного округа и Военной коллегии, то Багиров дал указание направлять дела на Особое совещание». Эти объяснения Емельянова весьма показательны. Они чётко освещают сложившуюся в то время систему бесконтрольности в деятельности не только органов НКВД, но и представителей партократии, для которых никакие законы не существовали. По любым дедам решения они принимали фактически единолично, а потом эти решения оформлялись либо приговором суда, либо постановлениями «тройки» или Особого совещания.

Емельянов не выполнил и определения военного трибунала о дополнительном расследовании дела директора завода им. Закфедерации Пильщика, отказавшегося в суде от своих показаний и заявившего о незаконных методах ведения следствия по его делу. Дело Пильщика было направлено Емельяновым на рассмотрение Особого совещания при НКВД СССР. В письме в НКВД СССР он указал, что свидетели по делу Пильщика не могут быть вызваны в суд, так как они отказались от своих показаний, в которых признавали себя виновными. Однако в обвинительном заключении по делу Пильщика, утвержденном Емельяновым, указывалось, что Пильщик в совершении вмененных ему преступлений изобличается показаниями Усейнова, Курилова и Зенина, хотя эти лица задолго до этого отказались от своих показаний.

Получается, что обвинительное заключение по делу Пильщика было сфальсифицировано. Емельянов не отрицал этого.

В бытность Емельянова наркомом внутренних дел республики были арестованы бывший главный геолог объединения «Азнефтедобыча» Машкович, главные и старшие геологи Михура, Оганов, Лаврентьев, Цатуров и другие. Первые трое были расстреляны, а остальные приговорены к лишению свободы на длительные сроки. По этому делу Емельянов проводил очные ставки между Машковичем и Билибиным, Машковичем и Огановым.

Судом было установлено, что Емельянов бездушно отнесся к судьбе члена партии с 1905 г. Г.И. Попова, обвинявшегося в шпионаже. Емельянов, не вникнув в материалы дела, не побеседовав с Поповым, утвердил обвинительное заключение по этому делу. Из тюрьмы Попов писал много жалоб, в которых приводил убедительные доводы в обоснование своей невиновности, взывал о помощи. Все осталось без внимания. Попов умер в местах лишения свободы.

В ходе исследования доказательств виновности Емельянова был установлен такой факт.

Дела Мамедова, Арутюнова и Долунца неоднократно возвращались на дополнительное расследование. Когда это произошло в последний раз, Керимов доложил Емельянову, что к осуждению названных лиц действительно нет никаких данных. По предложению Емельянова, были подготовлены постановления о прекращении дел в отношении Мамедова, Арутюнова и Долунца. Прокурор согласился с этими постановлениями и дал санкцию на их освобождение. Но по заведённому порядку до того, как освободить их, поехали к Багирову для согласования указанного решения. Багиров, как показал Емельянов, разрешил прекратить дела в отношении Арутюнова и Долунца, а в отношении Мамедова распорядился дело направить на рассмотрение Особого совещания, постановлением которого Мамедов был лишен свободы на пять лет, а затем направлен в ссылку.

Хотя Емельянов и утверждал, что он не вмешивался в упоминавшееся дело Новруза Ризаева, оправданного военным трибуналом и арестованного после этого в Баку 6 января 1940 г., однако именно Емельянов составил на Ризаева справку, в которой указывалось, что он «Шпион английской разведки. К шпионской работе привлечен в 1923 г. Мирзояном Левоном Исаевичем (осужден к ВМН […]. Передавал на протяжении 1925–1929гг. Мирзояну шпионские материалы о нефтепромышленности, экономике и хлопке». В то время Емельянов почему-то не подумал о том, что этими сведениями Мирзоян, являвшийся секретарем ЦК АКП/б/, мог располагать без получения их от кого-либо в конфиденциальном порядке. Емельянов согласился, что это было абсурдное обвинение. Тем не менее, обвиняемый был расстрелян.