На другой день Святейший отправился к блаженной Ксении, отслужил молебен у её могилы на Смоленском кладбище. 16 июня — ещё одно важное событие: молебен в Казанском соборе пред мощами Зосимы и Савватия Соловецких, только что возвращёнными Церкви. В тот же день мощи были перенесены в Свято-Троицкий собор Александро-Невской лавры, где Святейший совершил при них всенощное бдение, а в августе 1992 года они отправятся на Соловки.

В те июньские дни решался весьма важный вопрос о том, кого оставить преемником на Ленинградской кафедре. Выбор Святейшего пал на одного из консервативных архиереев, принадлежащих к правому патриотическому крылу епископата. С ним его связывало единство во многих взглядах и убеждениях. Роднило и общее увлечение трудами и биографией святителя Филарета (Дроздова). Архиепископ Куйбышевский и Сызранский Иоанн был на полтора года старше Святейшего Патриарха Алексия II. В миру его имя было Иван Матвеевич Снычев. Ещё с шестидесятых годов он начал писать своё фундаментальное исследование «Жизнь и деятельность Филарета митрополита Московского». Встречаясь с ним, владыка Алексий любил поговорить о Филарете, расспросить о том, какие новые замечательные факты открылись исследователю. Так что архиепископ Иоанн давно уже был у него на примете. Одно только настораживало в нём — излишняя прямолинейность, неумение маневрировать в общении с откровенными неприятелями Церкви. Но по некотором размышлении Святейший всё же остановил свой выбор именно на нём.

Накануне в Ленинграде появился новый властный руководитель — Анатолий Собчак. Он стал председателем Ленсовета, а через год сделается мэром города. Именно с его нелёгкой руки возник миф о сапёрных лопатках, которыми звероподобные русские солдафоны убивали в Тбилиси утончённых грузинских красавиц.

20 июля 1990 года архиепископ Иоанн станет митрополитом Ленинградским и первым делом вступит в борьбу за возвращение городу исторического названия Санкт-Петербург. Собчак будет яростно сопротивляться уговорам владыки, но когда большинство жителей города проголосуют за переименование, Анатолий Александрович с ловкостью переменится и присвоит себе заслугу возвращения исторического имени Петербургу.

Вернувшись в Москву, Святейший начал обживать Патриаршую резиденцию в Чистом переулке.

В этом великолепном московском особняке Патриархия разместилась в сентябре 1943 года. Вопрос о резиденции Патриарха встал ещё во время знаменитой встречи Сталина с митрополитами Сергием (Страгородским), Алексием (Симанским) и Николаем (Ярушевичем). Архиереи просили «вождя народов» передать им игуменский корпус Новодевичьего монастыря, но Сталин сказал, что это здание уже было осмотрено, но найдено неблагоустроенным, ибо в нём сыро, холодно и темно.

— Вам завтра правительство предоставит благоустроенное и подготовленное помещение — трёхэтажный особняк в Чистом переулке, который раньше занимал бывший немецкий посол Шуленбург, — заявил руководитель страны.

Когда-то, до Петра, у Патриархов в самом Кремле имелся свой Патриарший двор рядом с царским дворцом и Успенским собором. Здесь скончался последний досинодальный Патриарх Адриан. Великолепное белокаменное здание сохранилось, но разместить в нём резиденцию Патриарха Сергия Сталин не захотел.

После восстановления Патриаршества в 1917 году Святейший Тихон жил сначала в архиерейском доме на подворье Свято-Троицкой Сергиевой лавры, а потом под домашним арестом в стенах Донского монастыря. Местоблюстители Пётр (Полянский) и Сергий (Страгородский) жили в обычных московских квартирах. На Троице-Сергиевом подворье разместились учреждения, митрополичий дом в Сокольниках взяли себе кожно-венерологический институт и больница имени Короленко.

И вот, согласно указу Сталина, в 1943 году Патриаршая и Синодальная резиденция разместилась в доме 5 по Чистому переулку. Домовладение здесь в XVIII веке основал капитан Артемий Алексеевич Обухов. По его фамилии переулок до 1922 года именовался Обуховым. В XIX веке участком городской территории владели дворяне Офросимовы, в частности — генеральша Анастасия Дмитриевна Офросимова, выведенная Грибоедовым в «Горе от ума» под именем Хлестовой, этакий Фамусов в женском обличье: «Пора, мой друг, тебе перебеситься!» Здание строилось и перестраивалось и в своём нынешнем виде оформилось уже к концу XIX столетия.

В начале XX века было произведено описание усадьбы, согласно которому на первом этаже насчитывалось тринадцать светлых комнат, четыре тёмных чулана и коридор; деревянная лестница вела в мезонин, в котором имелись три светлые комнаты и одна тёмная, балкон. В каменном подвальном этаже находились помещения людской, кухни, столовой и поварской. За главным зданием располагались небольшой сад и хозяйственный двор с двумя каменными амбарами и служебными постройками — конюшнями, погребами, кладовыми, сторожками и дворницкими. Правый деревянный флигель состоял из шести комнат на первом этаже, двух светлых комнат в мезонине и четырёх в антресолях. Дом был оснащён печным отоплением, водопроводом и канализацией.

Накануне революции дом уже значился как усадьба Протопоповых, в 1918 году он был реквизирован, в нём разместились различные учреждения. Кстати, здесь же, в Обуховом, жил персонаж повести Булгакова «Собачье сердце» профессор Преображенский. В 1922 году по неизвестным причинам переулок переименовали в Чистый, а дом 5 передали в ведение Наркоминдела для сдачи в аренду главе дипломатической миссии Германии в Москве. Здесь стали жить германские послы Ульрих фон Брокдорф-Ранцау, затем Герберт фон Дирксен, а с 1934 года — граф Фридрих Вернер Эрдманн Маттиас Иоганн Бернхард Эрих фон дер Шуленбург. Этот человек любил Россию, не хотел войны и даже сообщал о готовящемся нападении... Когда же 22 июня Шуленбург вручил Молотову телеграмму с нотой об объявлении войны, то сказал, что считает решение Гитлера безумием. Вскоре его и всё германское посольство вывезли из Москвы и на советско-турецкой границе обменяли на наше посольство в Берлине. В 1944 году граф Шуленбург оказался причастен к покушению на Гитлера, и его повесили.

Дом в Чистом переулке с 1941 по 1943 год оставался опечатанным вместе со всей мебелью. И в таком виде достался Церкви. Любопытно, что на фасаде дома красовался вензель, оставленный последней владелицей дома купчихой Марией Протопоповой — «МП», и теперь его можно было читать иначе: «Московская Патриархия».

8 сентября 1943 года именно здесь состоялся Архиерейский Собор, избравший митрополита Сергия (Страгородского) двенадцатым Патриархом Московским и всея Руси. В тот же день состоялось освящение храма в честь Владимирской иконы Божией Матери, устроенного в главном доме усадьбы. Затем были обустроены Красный зал заседаний Синода и другие представительские помещения, рабочие комнаты персонала учреждений Московской Патриархии и личные покои Святейшего Патриарха Сергия. Московское епархиальное управление, синодальные отделы и хозяйственные подразделения поселились в одноэтажном дворовом корпусе.

Ранним утром 15 мая 1944 года в доме 5 от кровоизлияния в мозг на почве атеросклероза скончался Патриарх