При этом, как и представители любой династии, Даниловичи по-прежнему сталкивались с вызовами со стороны родственников. Османы решили эту проблему силовыми методами, которые с течением времени становились все более жесткими. С конца XIV века они перестали делить территорию государства между наследниками; Мехмед II (1451–1481) стал практиковать братоубийство с целью устранения соперников; для ослабления и изоляции последних служили отказ султанов от официальных браков и содержание гарема с многочисленными наложницами, а также система девширме – воспитание мальчиков, принудительно изъятых из христианских семей, с целью занятия ими придворных должностей. В Московском государстве такой жестокости не проявлялось. Братьям великих князей, родным и двоюродным, давались уделы, где они пользовались ограниченными суверенными правами; начиная с середины XIV века этот порядок закреплялся в договорах и завещаниях, где использовались термины «большой брат» и «меньший брат», причем последний обязан был проявлять личную преданность по отношению к первому.

Существовали и более жесткие практики, ограничивавшие возможность родственников по боковой линии вступать в брак, а следовательно, и производить наследников. Из шести сыновей Василия II один взошел на престол под именем Ивана III, один умер, не успев заключить брак, двум другим было отказано в праве на женитьбу, еще двое обзавелись супругами сравнительно поздно. Из двух последних один скончался бездетным, другой же был посажен Иваном III в тюрьму, где и умер. Заточение было распространенным средством династической борьбы, так как в этом случае соблюдалась заповедь «не убий», которую особенно важно было выполнять по отношению к родственникам. Многие родственники великих князей скончались в темнице, обвиненные в измене, но их смерть не связывали с правителем. Так, Андрей Большой, удельный князь Углицкий, о котором шла речь чуть выше, был схвачен и посажен под стражу вместе с двумя сыновьями в 1491 году, когда разразился политический кризис. Сам Андрей скончался в 1493 году, его старший сын – в 1522-м, младший – в 1540-м, будучи незадолго до этого выпущен из темницы в знак милосердия. Не менее жестокому обращению подверглись дядья Ивана IV – братья Василия III. Троим из четверых не было дозволено вступить в брак, а после смерти в 1533 году великого князя, оставившего наследником трехлетнего сына, бояре принялись действовать быстро, заточив в тюрьму старшего из них – Юрия Ивановича, удельного князя Дмитровского. В 1536 году Юрий скончался, и в следующем 1537 году в заключении оказался его младший брат Андрей Старицкий, также умерший в неволе; от него остался лишь один сын – малолетний Владимир. Остальные дядья Ивана IV не оставили наследников. Таким образом, у него осталась лишь одна боковая родственная ветвь – князья Старицкие, умерщвленные во время опричнины. После смерти Ивана IV у него осталось лишь двое родственников мужского пола, сыновья Федор и Дмитрий, что не предвещало ничего хорошего в будущем.

Нейтрализация родственников по боковой линии не означала прекращения борьбы за престолонаследие среди придворной знати, но в истории Московского государства такое встречалось редко. К примеру, в 1490-е годы на трон претендовали представители двух ветвей династии, образовавшихся в результате двух браков Ивана III – с Марией Борисовной Тверской (1452) и Софьей Палеолог (1472). Один из претендентов был венчан на великое княжение, причем церемония в целом соответствовала той, которую применяли в Византии для наследников престола. Затем верх взяли Василий III и его партия, трое из числа их противников (Патрикеевых) были насильно пострижены и один казнен. В годы несовершеннолетия Ивана IV (1530–1540-е) боярские группировки во главе с князьями Шуйскими, Бельскими и Мстиславскими вели борьбу друг с другом, стараясь навязать наследнику выбранных ими невест, что позволило бы данной партии занять первенствующее положение. Соперников отправляли в изгнание или в заточение, стараясь избежать излишнего насилия, но отдельные убийства все же имели место. Конфликт прекратился, когда было решено женить великого князя на невесте из рода Романовых, принадлежавшего к партии Бельских, но не игравшего значительной роли. Несмотря на победу Бельских и Романовых, равновесие сохранилось – Шуйским и Мстиславским были дарованы различные милости. В 1552 году вопрос о престолонаследии вновь обрел остроту – Иван IV тяжело заболел, и многие бояре отказались поддержать его малолетнего сына: кое-кто стал на сторону двоюродного брата царя, Владимира Старицкого, который уже достиг взрослого возраста. Однако Иван поправился. Существует мнение, что этот случай стал причиной его параноидальных выходок во время опричнины (1564–1572).

До царствования Ивана IV мало что делалось для легитимации престолонаследия через внутридинастическую передачу власти. Чин венчания на царство, присяга подданных, обращения, призванные подтвердить законность правления – все это появляется не ранее середины XVI века. Иван IV стал великим князем в трехлетнем возрасте (1533), без каких-либо легитимационных ритуалов или документов. Но когда он достиг совершеннолетия – после 20-летнего боярского правления – при дворе разработали сложный чин венчания на царство, причем впервые был употреблен титул «царь». Вместе с традиционной свадебной церемонией это свидетельствовало о том, что в придворных кругах установилась стабильность. Ритуал венчания на царство был разработан в соответствии с византийскими образцами, использовались регалии вроде тех, что описываются в «Сказании о князьях Владимирских». Важной частью обряда была проповедь митрополита Макария, напомнившего правителю о его высоком положении как главы империи и обязанности защищать Церковь, веру и свой народ. Как отмечает Сергей Богатырев, в 1550-е годы ритуал изменили, добавив миропомазание, чтобы еще сильнее подчеркнуть сакральность личности правителя.

Более откровенно легитимность демонстрировалась в ходе политических кризисов, которые происходили в период между прекращением династии Даниловичей (1598) и избранием новой династии (1613). Царь Федор Иоаннович скончался в 1598 году, не оставив наследников ни по прямой, ни по боковой линии – результат истребления великими князьями своих родственников в XVI столетии. Боярские группировки встали перед выбором: выбрать нового царя из своей среды или искать его за границей. На престол взошел Борис Годунов, шурин Федора Иоанновича и самый влиятельный человек во время его царствования (1584–1598). Это событие было легитимизировано посредством изощренного воскрешения традиции советов. Когда миновали 40 дней со дня смерти Федора Иоанновича и его сестра отказалась исполнять обязанности правительницы, в Москве был созван Земский собор в составе приблизительно 100 церковных иерархов, 50 бояр, 300 дворян и нескольких десятков горожан, представлявших тягловые сословия. Собор высказался в пользу Годунова и устроил шествие, чтобы упросить его взойти на престол. Лишь тогда Борис, чья власть теперь была легитимирована общественным консенсусом, согласился, подкрепив свою позицию тщательно продуманным ритуалом венчания на царство. Речь шла не о конституционных выборах, а о подтверждении факта путем традиционных для России совещаний. Однако после смерти Годунова (1605) боярские группировки отказались признать царем