Массена, вступив в командование, не принял никаких мер против обнаглевших казнокрадов и всякого рода стяжателей, чем сразу же восстановил против себя войска. Теперь его алчность и лихоимство, которыми он уже давно грешил, впервые встретили отпор со стороны подчиненных. В то время, когда войска терпели неимоверные лишения, вороватые чиновники не жалели денег на сомнительные удовольствия, прожигая огромные суммы в городских притонах, а личные сундуки Массены ломились от награбленных ценностей. Это все прекрасно знали. Возмущение нарастало. И вот 23 февраля 1798 года офицеры римского гарнизона, собравшись на совещание, открыто потребовали от своего командующего прекратить казнокрадство чиновников и все творимые ими безобразия. В своем обращении к командующему они весьма прозрачно указывали на главного виновника сложившегося положения. Однако Массена отверг предъявленные обвинения и приказал вывести большую часть гарнизона из города. В ответ войска отказались ему повиноваться. Сложилась обстановка, близкая к бунту. Офицеры-заговорщики обратились напрямую к Директории, потребовав отстранить Массену от занимаемой должности. В своем обращении к правительству Республики они, в частности, заявляли «о вымогательствах и грабежах, совершаемых повсюду, где Массена командовал». В подтверждение приводился длинный список примеров, обличающих командующего. Перед угрозой открытого мятежа Директория была вынуждена отозвать скомпрометировавшего себя генерала. Сдав командование генералу К. Даллеманю, Массена уехал в Париж, где употребил все свое влияние, чтобы смягчить участь офицеров-заговорщиков.

Более года он оставался не у дел, пока в апреле 1799 года не был назначен командующим войсками в Швейцарии в связи с начавшейся войной со 2-й антифранцузской коалицией и первыми неудачами республиканских войск. Сразу же со вступлением в должность Массена решил действовать наступательно. Перейдя Рейн, возглавляемая им армия (свыше 70 тыс. человек) подступила к австрийской крепости Фельдкирх. Но штурм этой крепости окончился неудачей, и Массене пришлось отступить. После того, как Журдан на Рейне и Шерер в Италии потерпели поражения, положение Массены в Швейцарии сделалось угрожающим, и он тоже вынужден был начать отступление. К осени 1799 года положение на фронтах для Французской республики стало почти катастрофическим. Русско-австрийская армия А. В. Суворова, наголову разгромив французов, овладела почти всей Северной Италией и угрожала вторжением во Францию. На Рейне положение французских войск также было ненамного лучше.

В создавшейся обстановке Директория подчиняет Массене в оперативном отношении Рейнскую и Дунайскую армии (каждая из них имела численность не более 30—40 тыс. человек). К тому же эти малочисленные армии были растянуты на широком фронте. Австрийские войска, которыми командовал эрцгерцог Карл, имели значительное численное превосходство. Когда австрийцы двинулись на Рейн, оставив находившийся в Швейцарии русский корпус генерала А. М. Римского-Корсакова (24 тыс. человек) без должной поддержки, командующий французской Швейцарской армией Массена незамедлительно воспользовался этим и в 2-дневном сражении при Цюрихе (25—26 сентября 1799 года) разгромил его. Эта победа Массены окончательно устранила угрозу вторжения союзных войск во Францию. Затем Массена попытался разгромить пробивавшийся с боями через Альпы на соединение с войсками Римского-Корсакова русский корпус Суворова (свыше 20 тыс. человек), но потерпел неудачу. Изумленный беспримерным героизмом суворовских чудо-богатырей Массена тогда воскликнул, что отдал бы все свои победы только за один Швейцарский поход Суворова. Такова была оценка военного искусства русского полководца признанным во Франции мастером горной войны. И Массена прекрасно отдавал себе отчет в том, что он говорил. Положение Суворова, только что наголову разгромившего некогда победоносную Итальянскую армию, предводимую лучшими полководцами Французской республики Моро, Макдональдом и Жубером, было безвыходным, можно сказать, безнадежным. Оно создалось в результате эгоистичного, граничившего с предательством поведения тогдашних союзников России австрийцев. Получив из рук Суворова завоеванную им Италию, откуда их два года назад изгнал Наполеон Бонапарт, эти союзнички поспешили выпроводить русских из этой страны. По их плану Суворов с русскими войсками должен был перейти в Швейцарию, присоединить к себе находившийся там корпус Римского-Корсакова, а затем осуществить вторжение во Францию. Но после разгрома французами корпуса Римского-Корсакова находившийся в Альпийских горах Суворов оказался в ловушке, выход с гор ему был закрыт. Противник располагал многократным превосходством в силах. Выхода у Суворова не было, ему предоставлялось на выбор два варианта: гибель или плен. Но старый русский полководец, не потерпевший за всю свою долгую боевую жизнь ни одного поражения, не позволил врагу растоптать свою, добытую в бесчисленных сражениях боевую славу, и с блеском вышел, казалось бы, из безвыходного положения. Его чудо-богатыри штыками проложили себе дорогу вперед, разгромив превосходящего в силах противника.

Благодаря победам Массены (после победы при Цюрихе его войска нанесли ряд поражений и австрийцам) положение Французской республики значительно улучшилось. Франция как бы негласно признала его «спасителем Отечества» (после измены генерала Ш. Пишегрю это звание никому больше во Франции официально не присваивалось). Так его назвал и возвратившийся в это время из Египта Наполеон Бонапарт. В кампании 1799 года во всей полноте раскрылся полководческий талант Массены.

Известие о перевороте 18 брюмера (9 ноября 1799 года), в результате которого к власти во Франции пришел Наполеон Бонапарт, Массена встретил без энтузиазма. Он не забыл довольно с ложные отношения со своим бывшим главнокомандующим и ничего хорошего лично для себя от него нового возвышения не ожидал. Но как человек расчетливый и достаточно осторожный в вопросах политики, и к тому же занимавший должность командующего одной из армий Республики, он проявил сдержанную лояльность к этому событию. Вместе с другими командующими армиями Массена, вероятно, скрепя сердце, приветствовал переворот 18 брюмера и приход Бонапарта к власти. И интуиция не подвела старого солдата. 23 ноября 1799 года Первый консул Республики генерал Наполеон Бонапарт назначил Массену командующим Итальянской армией. Однако это назначение последний принимает без особого восторга. Дело в том, что разгромленная союзниками в 1799 году Итальянская армия находилась в крайне незавидном положении, удерживая в районе Генуи последний клочок итальянской земли. Саму Геную оборонял небольшой гарнизон, лишенный самых необходимых запасов. Перед тем как согласиться на перевод в Италию Массена поставил перед главой государства условие: он не возглавит армию, обреченную на оборонительные действия, и недвусмысленно заявил о своих претензиях на главное командование. Бонапарт удовлетворяет его требование. Массена получает права главнокомандующего, в том числе и по части тех реквизиций, которые он сочтет необходимыми для нужд армии. Но, прибыв в армию (январь 1800 года) и увидев все своими глазами, Массене пришлось распрощаться со своими честолюбивыми намерениями. Противник имел более чем двойное превосходство в силах, побережье блокировал английский флот, армия находилась в ужасающем состоянии, госпитали были переполнены больными и ранеными, моральный дух войск приближался к критической отметке, целые батальоны превратились в неуправляемые банды, промышлявшие грабежами и разбоями. Но не таков был Массена, чтобы пасовать перед трудностями, какими бы непреодолимыми они ни были. Первым делом он энергично взялся за наведение порядка в войсках. Второе, что предпринял новый командующий, — отвел все войска в Геную, решив обороняться в ней до последней возможности. Вскоре австрийцы обложили Геную со всех сторон и в начале апреля приступили к ее осаде. Австрийский главнокомандующий генерал М. Мелас, прекрасно осведомленный о положении французов в Генуе, полагал, что овладеть ею не составит особого труда. Несмотря на то, что гарнизон испытывал огромные лишения, Массена действовал активно. Французы оборонялись упорно, часто совершали смелые вылазки, нанося противнику большой урон. Всего за время осады Генуи австрийцы потеряли убитыми и ранеными до 15 тыс. человек, то есть почти столько же, сколько насчитывал ее гарнизон. Но голод делал свое дело: он для защитников Генуи был страшнее врага. В мае суточный рацион солдат составлял 100 г конины и 100 г того, что едва ли можно было назвать хлебом. Только железная воля Массены и его начальника штаба генерала Н. Удино позволяла продолжать оборону. Жесткие меры, предпринятые Массеной против населения города, также испытывавшего огромные лишения, позволили удержать его в повиновении. В завершение ко всем несчастьям в городе вспыхнула эпидемия тифа. Но на все предложения противника о сдаче Массена отвечал неизменным отказом. Когда он узнал о появлении в Италии Наполеона с новой армией, то предпринял попытку прорваться на соединение с ним. Однако эта попытка закончилась неудачей: его голодные и обессилившие солдаты не были способны сражаться в наступлении. Бонапарт же вместо того, чтобы идти на выручку осажденной Генуе, повернул на Милан. К началу июня все возможности обороны Генуи были исчерпаны: скудные запасы продовольствия и боеприпасы полностью израсходованы. Массене не оставалось ничего иного, как сложить оружие. Однако, несмотря на абсолютную безнадежность своего положения, он все же сумел выговорить себе почетные условия капитуляции. При этом в конвенции о сдаче города австрийцам слово «капитуляция» вообще не упоминалась. Согласно ее условиям остатки французского гарнизона (8 тыс. человек, остававшихся в строю) покидали город с оружием в руках и уходили во Францию, взяв на себя обязательство не участвовать в боевых действиях против австрийцев до окончания войны.