В 1790 году Ганеман перевел с английского сочинение «Materia medica» врача из Эдинбурга Куллена, фармакологические объяснения которого привели его в сомнение. Самуил был поражен резкими противоречиями врачебного действия коры хинного дерева. Принимает решения испытать на себе это средство. Эти эксперименты привели его к убеждению, что лекарственные вещества вызывают в организме такие же явления, как и болезни, против которых эти лекарства действуют специфически, и что – главное! – малые дозы медикаментов действуют иначе, а иногда и значительно сильнее, чем большие. Установив теоретически «закон подобия» в действии лекарств и болезненных агентов и создав цельное учение о «гомеопатическом» действии лекарств, Ганеман вновь принялся за практику.

Ганеман в медицине своего времени попытался совершить переворот. Откроем книгу Натальи Владимировны Архангельской «Ганеман и его гомеопатия». В предваряющем книгу предисловии Светланы Петровны Песониной можно прочесть следующее:

«Во времена Ганемана врачебная практика была весьма агрессивной и строжайше регламентированной. В ходу были кровопускания, клистиры, огромные дозы ртути и других ядов, многочисленные лекарственные смеси, включавшие, порой, до 60 и более компонентов, назначение которых приводило к серьезным побочным эффектам, искусственные абсцессы для оттока «дурных соков» и прочие манипуляции, вызывающие недоумение у современного врача.

Гомеопатия, возникшая на этом фоне, выглядела революционно. Ганеман – этот энциклопедически образованный и успешный врач, признанный переводчик и комментатор трудов по медицине, фармакологии, аптечному делу, химии, не только категорически отверг изжившие формы и методы терапии. Он предложил совершенно новый взгляд на больного, болезни и их лечение: индивидуальный, не на словах, а по сути, подход к лечению каждого больного, принцип подбора необходимого лечебного средства, новый метод приготовления и дозирования лекарств. Предложенный метод выглядел неординарно. Не удивительно, что новое гомеопатическое учение с воодушевлением приняли лишь единицы. Напротив, медицинское сообщество встретило его достаточно враждебно. Началась борьба нового со старым…»

Есть мнение, что Ганеман эксплуатировал научные идеи английского врача Гунтера и, скрыв источник, откуда они заимствованы, выдавал за свои. Таинственность и оригинальность нового метода лечения привлекали пациентов, но все-таки Ганеману прочно обосноваться в каком-либо городе никак не удавалось. Только в 1812 году, поселившись снова в Лейпциге, он, наконец, устроился при университете и открыл курс лекций о «рациональной медицине», как он сам называл свое учение.

Основы этого учения подробно изложены автором в сочинении «Органон врачебного искусства», изданном в 1810 году и ставшем затем катехизисом гомеопатии. В Лейпциге Ганеман оставался до 1820 года, когда ему было королевским указом запрещено приготавливать самому препараты для раздачи больным, и он переселился в Кётен, где практика его приняла обширные размеры.

В кётенский период жизни (1821–1835) Христиан Ганеман выпускает четвёртое и пятое издания Organon. Вскоре явились у Ганемана многочисленные последователи и стали образовываться в разных концах Германии гомеопатические общества. Не довольствуясь приобретенной известностью в отечестве, Ганеман отправился для распространения своего учения во Францию, где оно постепенно прививалось. В 1835 году Ганеман поселился в Париже и успешно практиковал. Погребён на парижском кладбище Пер-Лашез.

Натерпевшись наговоров, хулы, критиканства, угроз и гонений, Самуил Ганеман однажды написал о себе так: «При жизни я не искал всеобщего признания за то, что бескорыстно насаждал благотворную истину. Все, что я сделал для человечества, я сделал из высших побуждений». Non inutilis vixi (жил не напрасно, латынь). А вот еще его другая мысль: «Истина… может быть скрытой от человека, но наступает предопределенный Провидением срок, и тогда ее лучи беспрепятственно проникают сквозь тучи невежества и предубеждений, и наступает рассвет…»