Еще в самом начале 1918 года инженер-механик Русского императорского флота лейтенант Анатолий Георгиевич Герасимов, оставшийся впоследствии в СССР и умерший в 1949 году, предложил генералу от кавалерии Краснову идею создания Донской флотилии, призванной в глазах атамана стать полноценным флотом его горячо любимой области Всевеликого Войска Донского.

Генерал распорядился поставить во главе создаваемой флотилии, соответственно воинскому чину, капитана 1-го ранга Якова Ивановича Подгорного, погибшего уже после 1945 года в Москве, в Лефортовской тюрьме МГБ во время следствия.

Атаман назначил Подгорного в помощь контр-адмиралу Ивану Анатольевичу Кононову, сыну адмирала Кононова, прибывшему с ним на Дон. Он, как и контр-адмирал, Семен Семенович Фабрицкий, и капитан 1-го ранга, ставший впоследствии контр-адмиралом, Иван Иванович Степанов, по приезде на Дон вошли в распоряжение атамана Алексея Максимовича Каледина и сразу активно включились в работу, продолжавшуюся и после гибели атамана.

С разрешения Донского правительства в Таганроге было создано первое Управление портами Азовского моря под началом генерал-лейтенанта Николая Николаевича Оглоблинского и Управление морской тяжелой артиллерии под руководством капитана 1-го ранга Якова Ивановича Подгорного. В таганрогском порту кипела работа по созданию Азовской флотилии. Руководил ее созданием капитан 2-го ранга Владимир Иванович Собецкий, деятельный и созидательный офицер. Собецкий не только подготовил Азовскую флотилию, вооружив её суда 75-мм и 120-мм орудиями, но и после начавшегося весной 1919 года наступления большевиков на севере Дона создал новую речную флотилию — Нижне-Днепровскую.

В июне 1919 года Владимир Иванович Собецкий стал во главе отряда судов Азовской флотилии, а уже с января 1920 года возглавил всю морскую часть обороны Днепро-Бугского лимана По мере изменения оперативной обстановки на фронте Собецкого направляли то командовать отрядом Каркинитского залива, то 3-м отрядом судов Черноморского флота.

В мае 1919 года Азовская флотилия перешла на Днепр, где в то время формировались три новые флотилии — Верхне-, Средне- и Нижне-Днепровская, командовали которыми соответственно капитаны 1-го ранга Сергей Владимирович Лукомский, Григорий Иванович Бутаков и сам Собецкий. Необходимость в последующей переброске Нижне-Днепровской флотилии Собецкого на Черное море объяснялась рядом тактических побед большевиков.

Действиями Донской флотилии руководил контр-адмирал Семен Семенович Фабрицкий. Значение флота для Дона было трудно переоценить. Морские офицеры, поступившие на службу Всевеликого Войска Донского в его флотилию, к 1919 году победоносно дошли до верховьев Дона и умелыми действиями своих артиллеристов не раз помогали казакам в благородном деле изгнания большевиков со своей земли. Так, Анатолий Алексеевич Степанов, несмотря на свой возраст, организовал и возглавил экспедицию для захвата судов у большевиков в Ростове.

Имевшиеся у донских казаков большие пароходы быстро превращались в боевые корабли. На их бортах нашивалась броня, устанавливались трехдюймовые пушки и станковые пулеметы, а на некоторых судах — тяжелые морские шестидюймовые орудия. Попутно теми же орудиями моряки оснащали и бронепоезда Донской армии, часть из которых после находилась на вооружении Добровольческой армии.

Внеся свой посильный вклад в дело борьбы с красными, все они были благополучно эвакуированы из Крыма, а с оставлением белыми силами этого последнего рубежа обороны еще долго проживали в эмиграции — в Бельгии, Югославии, Франции.

«Национальные» флоты, появившиеся после распада Российской империи то здесь, то там, требовали опытных командиров и управленцев, и зачастую высокие должности и выгодные условия службы привлекали многих русских морских офицеров, затмевая на время главную цель, ради которой боролась и погибала Добровольческая армия — сохранение единства России, её территориальной целостности в прежних границах.

Одним из помощников Собецкого был старший лейтенант Александр Михайлович Шестаков, в чьи обязанности входила еще и сухопутная составляющая обороны — формирование отрядов танков, бронеавтомобилей и бронепоездов, ускоренными темпами производившиеся для нужд Донской армии на соответствующих заводах в Ростове-на-Дону и Таганроге.

В упорных боях с превосходящими силами противника особенно отличился «морской» бронепоезд «Адмирал Непенин» под командой капитана 2-го ранга Вячеслава Николаевича Маркова. В августе 1918 года этот поезд оказал большую поддержку у Армавира 2 тысячам дроздовцев отбиться почти от 30-тысячной армии командарма Сорокина. Через пару месяцев, 14 октября, бронепоезд на разъезде Базовая на Ставрополье попал в ловушку, приготовленную ему красными подрывниками и артиллеристами. В ту пору поездом командовал морской офицер-артиллерист с линкора «Иоанн Златоуст» старший лейтенант Анатолий Дмитриевич Макаров. Батарея дальнего боя, которой он командовал, долго сдерживала наступающего противника, не давая ему вплотную приблизиться к застывшему на путях бронепоезду, а когда снаряды иссякли, команда бронепоезда приняла последний бой с большевиками. В ходе жаркого боя был убит сам Макаров, его сослуживец по линкору лейтенант Николай Павлович Варгасов, а также двое мичманов — Николай Туцевич и Аркадий Николаевич Хрущев.

Вместе с офицерами в том бою погиб и гардемарин старших классов Иван Завадовский. Пока часть команды удерживала рвущихся к бронепоезду большевиков, старший лейтенант Макаров приказал снять замки с орудий и, немедленно покинув бронепоезд, пробираться к линиям окопов добровольцев. Гардемарин Поплавский и кадет Гусев под руководством старшего лейтенанта Николая Робертовича фон Вирена успешно выполнили задание командира, с тяжелым сердцем покидая сражающийся бронепоезд, но приказ есть приказ. Уход с орудийными замками по существу спас им жизни. Красные захватили бронепоезд и после короткой схватки внутри вагонов добили штыками остававшихся в живых защитников бронированной крепости.

Неподалеку от места трагедии шел другой бой. Тяжелый бронепоезд «Единая Россия» отбивался от противника. У его орудий стали гардемарины и морские офицеры. Без устали били пулеметы с перегретыми докрасна стволами от накала боя. Под плотным огнем красноармейцев команда добровольцев чудом растащила завалы на пути эшелона, и бронепоезд, отбиваясь из пулеметов и орудий, стал уходить прочь. Красные не решились преследовать уходивший состав, пустив лишь ему вдогонку несколько снарядов, упавших неподалеку от железнодорожного полотна, не причинивших вреда набиравшему ход бронепоезду.

Морские экипажи не раз еще прославили себя смелыми и решительными действиями. Так, в 1919 году при взятии Харькова отличились команды двух бронепоездов под началом отважных офицеров. Бронепоездом «Дмитрий Донской» руководил капитан 2-го ранга Борис Николаевич Бушен, возглавивший впоследствии одноименный вспомогательный крейсер Каспийской флотилии, а бронепоездом «Князь Пожарский» командовал капитан 1-го ранга Владимир Николаевич Потемкин.

После кровопролитных боев у Батайска славная Морская рота прекратила своё существование, и ее остатки влились в Сводно-Офицерский полк, в рядах которого большая часть моряков погибла еще в первом Кубанском походе.