Мария направлялась в Абердин с большой свитой и по пути дважды устраивала заседания Тайного совета — 14 и 15 августа в Перте. Одним из не слишком довольных членов ее свиты был Рэндолф: «Путешествие тяжелое, мучительное и очень долгое, погода отвратительная, очень холодно, а все продукты очень дороги». Хантли остался в своем доме в трех милях от города и отказался выехать навстречу королеве Марии, отправив вместо себя графиню с эскортом из слуг. Мария подобным же образом отказалась посетить графа. Графиня молила ее оказать милость ее сыну, но Мария отказала и ей. Тогда Джон собрал тысячу всадников, чтобы напасть на королевский конвой по дороге на Инвернесс. Рэндолф был уверен, что сэр Джон поднял превратившее его в изменника восстание по прямому совету отца.

Еще одним камнем преткновения было то обстоятельство, что с 1549 года Хантли без королевской на то санкции именовал себя графом Мореем. Когда Мария даровала лорду Джеймсу титул графа Мара, она забыла, что то был наследственный титул Эрскинов. Поэтому ей пришлось передать титул лорду Эрскину, а лорд Джеймс, к ярости Хантли, стал графом Мореем.

11 сентября Мария добралась до Инвернесса и, поскольку то был королевский замок, потребовала его сдачи. Комендант замка Александр Гордон отказался это сделать, но местные жители поднялись на защиту Марии. В результате замок, гарнизон которого насчитывал только двенадцать или четырнадцать человек, был взят. Рэндолф сообщал: «Капитана повесили, а его отрубленную голову поместили на башне замка; еще нескольких приговорили к пожизненному тюремному заключению, а остальные получили помилование».

Мария провела в Инвернессе пять дней, принимая лояльных горцев, которых считала довольно странными, но милыми созданиями, говорившими на гэльском и носившими килты и плащи. Они были столь же забавны, сколь и горцы, выходившие на сцену во время театральных представлений в Шамборе, и Мария пришла от них в восторг. 18 сентября Рэндолф сообщал Сесилу:

«Уверяю Вашу честь, что никогда не видел ее счастливее, чем в ходе этих приключений. Я никогда не думал, что найду в ней столько силы характера! Когда лорды и прочие в Инвернессе по утрам возвращаются с постов, она ни о чем не жалеет больше, чем о том, что она — не мужчина, и не знает, что значит проводить ночь в полях или же идти по крепостной стене в кольчуге и шлеме, со щитом и мечом в руке».

Юная задорная Мария наслаждалась всем происходящим. Окруженная многочисленной личной охраной, она делала вид, что ведет вооруженных людей на войну; она была королевой-воительницей; она была героиней романов, и она была далека от хитроумных маневров политиков. Это было самое приятное актерство.

По возвращении в Абердин она и в самом деле едва не угодила в стычку: сэр Джон организовал засаду, когда она переправлялась через реку Спей, но армия Марии теперь увеличилась за счет верных ей горцев, а сторонники сэра Джона попрятались в лесах. Мария послала трубачей призвать две крепости Гордонов к сдаче, но оба гарнизона ответили отказом, поэтому королева обрадовалась теплому приему в Абердине, где ей подарили посеребренный кубок с пятьюстами кронами. К сожалению, город не был готов к появлению столь многочисленной королевской свиты, поэтому растущее удовольствие Рэндолфа от кампании было подпорчено тем, что ему пришлось делить постель с Летингтоном.

События теперь неизбежно вели к решающему столкновению с Хантли, которому 25 сентября было приказано вернуть пушку, которой он владел от имени королевы. Капитан Хэй вернулся из замка Хантли, расположенного в Стратбоги, с поразительными известиями: Хантли утверждал, что возмущен поведением сына, и «с обильными слезами и рыданиями» заверял Хэя, что пушка будет возвращена в течение сорока восьми часов; графиня же отвела Хэя в свою часовню, где «все украшения и облачения священника для мессы лежали на алтаре рядом с крестом и свечами», и поведала ему, что Хантли преследуют дурные советники Марии за его преданность Риму. Когда об этом уведомили Марию и совет, она заявила, что не верит ни одному слову и что все они просто «хорошо провели время».

Обе стороны неоднократно устраивали стычки, и 17 октября Хантли был поставлен вне закона, его имущество было объявлено конфискованным, а сам он получил королевский приказ отдаться «на милость королевы». Когда люди Марии подошли к Стратбоги, Хантли — без сапог и меча — перелез через стену, окружавшую сад позади дома, оставив в доме графиню и нескольких слуг. Теперь Хантли перешел к прямым действиям и выступил к Абердину, имея под своим командованием 700 воинов. 28 октября против него более чем с двумя тысячами воинов, включая аркебузиров, вышли лорд Джеймс, графы Атолл и Мортон. То было сражение при Корричи, закончившееся через несколько минут. Два сына Хантли — провинившийся сэр Джон и его младший брат Кеннет — были взяты в плен, а самого Хантли захватили, когда он пытался бежать. Его посадили на лошадь, «и внезапно, без всякого удара или толчка… он упал с седла мертвым». «Хроника ежедневных событий» утверждала, что «он весь распух», однако наиболее вероятной причиной смерти являлся сердечный приступ. Тело Хантли было доставлено в Толбут в Абердине, там его набальзамировали и отправили в Эдинбург: в случае измены государю тело должно было предстать перед судом.

Сумасбродный сэр Джон был осужден в Абердине и быстро казнен, молодой Кеннет получил прощение благодаря своему возрасту, так же как и следующий сын Хантли — Джордж, который был помещен под домашний арест в Данбаре. По словам Бьюкенена, сэр Джон был «красивым мужчиной в расцвете юности, достойный того, чтобы разделить королевскую постель, а не того, чтобы его ввели в обман, предложив ее». Его казнь была страшной и грязной, поскольку палач не справился с делом и потребовалось несколько ударов, чтобы отделить голову от тела. Все это время сэр Джон провозглашал свою любовь к Марии. Поскольку его казнили за измену короне, Мария была обязана присутствовать на казни, но упала в обморок и ее унесли в ее покои. Позднее Марии пришлось присутствовать на не менее страшном суде над уже разлагавшимся телом Хантли, состоявшемся в Эдинбурге 18 мая 1563 года, когда напротив ее трона был поставлен открытый фоб. Мертвого Хантли признали виновным, титул графа Хантли, как и прочие его титулы, официально перешел к лорду Джеймсу как графу Морею. Как ни странно, но результатом поездки католической королевы стало падение самой могущественной католической семьи в Шотландии.

По возвращении в Эдинбург Марию ждали добрые известия из Франции.

Семья Гизов усиливала свои позиции в ходе конфликта, ставшего известным как французские Религиозные войны. 26 октября 1563 года после долгой и тяжелой осады армия Гизов оккупировала Руан. Отряды Елизаветы, поддерживавшие гугенотов, были оттеснены в Гавр. В Холируде Мария отпраздновала победу своей семьи серией балов, ставших прелюдией к великолепному рождественскому празднеству. Нокс, возмущенный тем, что смерть протестантов превратили в торжество, отметил: «Пляски здесь становятся жарче».

Марии следовало бы понять, что в протестантской стране празднование победы ее родственников-католиков над гугенотами станет крайне провокационным. И Нокс немедленно начал атаку на нее страстной проповедью в церкви Сент-Джайлс. В середине декабря он проповедовал на текст «Внемлите, цари, и постигайте, вы, кто судит на земле», сосредоточившись на том, что Мария «танцевала ночи напролет». Эту проповедь слышали некоторые придворные и тотчас же доложили об этом королеве. Она могла бы проигнорировать этот всплеск негодования, но решила прихлопнуть муху, и за Ноксом было послано.