В мае со всей неприглядностью проявилось одно из последствий того факта, что Мария была прекрасной и незамужней правительницей. Нокс, имевший крайне эффективную сеть информаторов, получил известие о том, что Арран и Босуэлл сговорились прибыть со своими людьми в Фолкленд, где находилась Мария, захватить ее и убить врагов Нокса — Мара и Летингтона. Нокс был фанатиком, но не дураком, и он постарался предотвратить опасность, послав за Арраном. Тот сказал ему, что, когда королеву захватят, ее принудят заключить с ним, Арраном, брак. Арран также сказал Ноксу, будто бы знает, что Мария тайно влюблена в него. Нокс понял, что его собеседник не в себе, и посоветовал ему выждать; вместо этого Арран бежал в дом своего отца, герцога Шательро, в Киннейл, неподалеку от Бонесса, и признался отцу во всем. Раз в жизни проявив надлежащий здравый смысл, Шательро запер своего безумного сына в его комнате, однако не выставил надлежащую охрану, поэтому Арран сумел отправить Мару при помощи Рэндолфа письмо неизвестного содержания. Затем он сбежал традиционным способом — связав простыни и спустившись по ним в сад. Рэндолф получил письмо, когда катался верхом в Холируд-парке вместе с Марией; он немедленно дал знать Мару, что Арран и Босуэлл замышляют измену. Оба были быстро арестованы, хотя Босуэлл, как всегда, сумел бежать в свой замок Хэрмитедж. Аррана, теперь окончательно потерявшего рассудок, заперли в Эдинбургском замке, и он верил, что там Мария разделяет с ним постель. Его заковали в цепи, но он приказал принести пилу, чтобы отпилить себе ноги. Поскольку он больше не представлял ни для кого угрозы, его в конце концов препоручили заботам семьи, державшей его, вплоть до смерти в 1606 году, под довольно мягким домашним арестом. В данном случае Нокс поднял тревогу ради безопасности Марии.

Отдаленные раскаты грома донеслись и из Франции, где свобода отправления протестантского культа получила серьезный удар. В октябре 1561 года была произведена попытка примирить католиков и протестантов на коллоквиуме в Пуасси, но из этого не вышло практически ничего, не считая шаткого перемирия. Позднее, 1 марта 1562 года, в Васси, деревне гугенотов в провинции Шампань, герцог де Гиз застал жителей деревни во время протестантской службы, отправление которой противоречило достигнутому соглашению. По свидетельству одного источника — существует много версий произошедшего — он послал вооруженных слуг остановить то, что считал богохульством, столкновение переросло в вооруженный конфликт, закончившийся смертью тридцати гугенотов. Для гугенота Луи де Конде этой искры оказалось достаточно, чтобы разжечь первую из семи французских Религиозных войн. Шотландские добровольцы, желавшие сражаться за гугенотов, забросали Рэндолфа просьбами об охранных грамотах для проезда по территории Англии. Более тысячи шотландцев покинули королевство Марии, чтобы поднять оружие против ее дяди. Екатерина Медичи была вынуждена поддерживать гугенота Конде, чтобы не дать Гизам стать слишком могущественными; тем самым она поставила политику и семейные интересы выше интересов католической церкви. Это решение привело к опасным последствиям, когда Конде представил ее поддержку как призыв ко всем гугенотам взяться за оружие, и Екатерине пришлось быстро отказаться от своих слов.

Сама Мария оказалась в контакте с католической Европой в июле, когда в Эдинбург прибыл обещанный папский нунций — Никола де Гуда. Он путешествовал тайно, но сведения о его приезде просочились, и на улицах зазвучали призывы к истинным последователям реформистской церкви принести «благородную жертву Господу и омыть руки в его крови». Передвигаясь от одного безопасного дома до другого, де Гуда вошел в столицу пешком в компании шотландского священника Эдмунда Хея, и ему была дана аудиенция у Марии. По легенде, четыре Марии охраняли дверь, а сама встреча состоялась за час до того, как Нокс должен был начать проповедь в церкви Сент-Джайлс. Де Гуда говорил на латыни, который Мария, по собственному утверждению, понимала, но на самом деле ей приходилось почти полностью полагаться на перевод Хея. Де Гуда передал Марии призыв папы Пия IV, просившего ее все же принять письма, снова приглашавшие шотландских епископов приехать на Тридентский собор. По словам де Гуда, на протяжении всей встречи Мария нервничала, но уверила его, что скорее умрет, чем отречется от своей веры. Она также отказала нунцию в охранной грамоте и посоветовала ему «схорониться в тайном укрытии».

Позднее она приняла письма, но Джон Синклер отказался встретиться с де Гуда, прокомментировавшего: Нос de illо! («Что с него взять!») После встречи с епископом Данкелдским, ради которой ему пришлось переодеться клерком банкира, де Гуда совсем отчаялся: «Et haec quidem de Episcopis!» («И это епископы!») О Марии нунций пренебрежительно заметил: «Она выросла в королевской роскоши, ей нет и двадцати… Хотя ей дорога вера, однако, как я уже сказал, она не может воплотить священные желания своего сердца, потому что одинока и почти совсем лишена человеческой помощи». Не нужно объяснять, что под «человеческой помощью» он подразумевал наставления в католической вере.

Желание Марии лично встретиться с Елизаветой теперь стало настойчивым. Она написала Елизавете 5 января 1562 года, предлагая заключить новый договор в пользу английской королевы «и ее законных наследников»: «Мы представим миру такую дружбу, какой еще никогда не видели». В тот же день ее письмо получило поддержку Летингтона, просившего Сесила «способствовать продвижению» плана, а 29 января он сообщал, что Мария «гораздо больше склоняется к нему, чем смеют предположить ее советники». В Шотландии протестанты радовались предстоящей встрече, католики беспокоились по ее поводу, а в Англии Тайный совет испытывал серьезные опасения. Летингтон отправился в Лондон, чтобы лично просить Елизавету о встрече, но она возражала на том основании, что такая дружба показалась бы союзом с племянницей лидеров антигугенотской партии. Позднее, 29 мая, Мария дала аудиенцию Рэндолфу, попытавшемуся еще раз отложить встречу королев, предложив организовать ее через год, потому что во время французского кризиса Елизавета не могла отъезжать далеко от Лондона. Мария, «по щекам которой текли слезы», поклялась, что скорее откажется от любви к дядям, чем потеряет «дружбу» своей сестры. В середине июня Елизавета написала Марии, в принципе согласившись на встречу. Мария была так счастлива, что послала Елизавете бриллиант в форме сердца и весьма мелодраматично показала Рэндолфу, что хранит письмо Елизаветы на груди. «Если бы я могла поместить его ближе к сердцу, я бы так и сделала».

Длинный меморандум Сесила указывал подходящее для встречи место между Йорком и рекой Трент в период между 20 августа и 20 сентября. Предварительным условием встречи была ратификация Марией Эдинбургского договора, а Елизавета не была обязана обсуждать неприятные для нее темы. Марии предстояло оплатить собственные расходы — Елизавета была осторожна с деньгами — и обменять шотландские деньги на английские в Берике, который она не могла проехать со свитой более чем 200 человек, хотя в целом могла привезти с собой 100 сопровождающих. Все их имена следовало сообщить Сесилу по крайней мере за десять дней до их отъезда из Шотландии. Марии разрешалось посещать мессу частным образом. Это был образец соглашения, в котором были расставлены все точки над «и». Елизавета послала Марии свой портрет, и последняя спрашивала Рэндолфа, похож ли он. Рэндолф ответил, что вскоре она сама сможет об этом судить. К 8 июля Сесил, скрипя зубами, подготовил охранную грамоту для Марии, которая готовила совет к путешествию на юг. Сесил даже приобрел слона, который должен был нести изображение, символизировавшее Мир, во время неизбежного торжественного представления. Шательро заявил, что у него больная рука и путешествовать он не может, а у Хантли, католическая подозрительность которого в отношении Елизаветы не знала границ, болела нога, так что ему тоже предстояло остаться дома. Рэндолф не поверил ни одному из этих оправданий, достойных школьников.