Храм был переполнен. Рассчитанный на пятьсот человек, он в этот день вместил далеко за шестьсот. Кроме православных на освящение собралось много представителей других религий. Приглашены были и городские власти, начиная с губернатора Киото. Те японцы, кому не досталось места в храме, теснились у церкви, прислушиваясь к пению, доносившемуся из открытых дверей и окон. По подсчетам владыки Николая, всего на освящение собралось свыше тысячи человек.

Вскоре после этого события в Японию приехала 38-летняя журналистка Прасковья Наумовна Ариан, известная своей пропагандой эмансипации женщин и изданием «Первого женского календаря». Объехав большую часть Японии, она остановилась в Киото, где местный священник попросил ее прочитать лекцию о русской женщине и о женском движении в России. Лекция прошла прямо в церкви, а отец Мии выступил в роли переводчика. Слушатели, в основном ученицы женской школы, остались очень довольны, чего нельзя сказать о владыке Николае: «Ну можно ли допускать такую профанацию церкви? Она исключительно для богослужений и христианской проповеди».

К концу XIX века отношения Японии и России оставались внешне нормальными. Более пессимистично к ним относились на кораблях Российского военно-морского флота, где замечали: ситуация меняется как положение маятника. Память о действиях Давыдова и Хвостова, о неоднократных, почти навязчивых попытках России завязать официальные отношения настраивала японцев против русских. В то же время моряки ежегодно оставляли в Японии немало денег. О Хакодате, в частности, говорили, что город «стал поправляться на русских деньгах». Отец Николай провел огромную работу по просвещению японцев, и свидетельством его успехов стал собор в центре Токио. В ходе контактов японцы многому научились у своих соседей, что также оставляло положительные эмоции.

После японо-китайской войны сильное влияние на японцев стало ощущаться со стороны англичан, американцев, французов и немцев. Их инструкторы работали в сфере финансов, торговли, народного образования, в судах и армии. Усваивая европейскую культуру, японцы воспринимали с ней и мнение о России как отсталом государстве, население которого прозябает в невежестве. Маятник доброжелательства вновь закачался. Неприязнь стала особенно заметной с появлением собственной японской прессы.

4 декабря 1894 г. газета «Владивосток» опубликовала большую статью «Японо-Китайская война и русские интересы на Дальнем Востоке», в которой писали: «Японские журналы и газеты изобилуют нападками на Россию и повторяют те же мрачные картины и те же обвинения, которые распространены и в прессе английской, немецкой, австрийской, итальянской и т. д. Но к этому присоединяются еще и некоторые специально-японские взгляды, объясняемые прогрессом японского национального самосознания и стремлением японской интеллигенции уяснить роль своей нации в истории азиатского Востока. Сознавая свое родство с племенами восточной и северной Азии и видя в себе наиболее культурную и прогрессивную нацию современного востока, передовые японцы проникнуты мыслью, что их народу предстоит великая роль внесения общечеловеческой культуры в инертную массу его континентальных сородичей и руководство этой массой в ее направлении по пути прогресса. Корея, Маньчжурия, части Китая — все это должно быть исторической ареной деятельности японцев, которые по своему географическому и этнографическому положению имеют большее право на эти области, чем какой-либо другой народ, а тем более народ пришлый, чуждый восточной Азии, как все народы европейские. В числе этих народов — русский, который, с точки зрения японских шовинистов, является имеющим всего менее прав на владычество в восточной Азии; а между тем владения России придвинулись к самой Корее, на берегу Японского моря возник русский порт, и строящаяся Сибирская железная дорога указывает на стремление России связать теснее эту огромную окраину с центрами государства и усилить русское влияние и торговлю в китайско-японской области. Но такое стремление идет вразрез с видами и планами японцев, а потому мечтают японские политики — Империя Восходящего солнца должна принять меры, пока не поздно, чтобы обеспечить себе преобладание в ближайших частях восточно-азиатского континента и усилить свое положение по отношению к России. Как скоро это удастся, будет уже, — как думают они, — нетрудным заявить себя более решительно и против агрессивных стремлений России, даже отнять от нее Уссурийский край и выбросить ее из Восточной Сибири. Азия должна принадлежать азиатским народам, а естественная граница России — Уральский хребет».

Этим устремлениям способствовала большая плотность населения в Японии. Отношение к иностранцам стало значительно ухудшаться. Японская газета «Хоци-симбун» писала: «Дальнейшее направление политики в дальневосточном вопросе определили русские, которые бросили вызов нашему правительству. Как?! Выгнать нас из Ляо-дуна с тем, чтобы затем без всяких выстрелов и без всяких жертв со своей стороны присоединить его к своим владениям! Вот почему, когда ставится вопрос, какой дальнейшей политики следует нам держаться, мы говорим, что для Японии нет более выбора: она должна примкнуть ко всякой коалиции, направленной против ненасытной России, должна поставить себе вперед — систематическое противодействие росту этой державы на Дальнем Востоке!»

В это время полномочным представителем России в Японии являлся Дмитрий Егорович Шевич, который пробыл на этом посту шесть лет: с 1890 по 1895 г. На долю Шевича выпало немало трудностей: ему, первому из российских официальных лиц, пришлось столкнуться с открытой вспышкой агрессии местного населения, когда в ноябре 1890 г., накануне открытия первой сессии японского парламента, разъяренная толпа, бросая камни, пыталась взять штурмом здание российского посольства.

Всего полгода спустя произошел инцидент, превзошедший ноябрьские события: с наследником российского престола будущим императором Николаем II.

Владыка Николай оставил в своем дневнике 28 мая / 9 июня 1895 г. следующую запись: «Офицеры с «Крейсера», бывшие ныне в Соборе и потом заходившие ко мне, говорили, что война совсем была близка: уже отдано было нашей эскадре приказание — в случае отказа японцев возвратить Китаю полуостров Лао-тан, идти из Чефу в Талиенван и напасть на японские транспортные и военные суда. Слава Богу, гроза миновала!»

Ухудшение отношений с Японией вызывало опасения и среди русских, особенно оно беспокоило дальневосточников.

Редакционная статья газеты «Владивосток» от 25 августа 1902 г. предлагала учредить в Японии газету, которая бы способствовала сближению народов. До газеты дело не дошло, но 26 сентября 1902 г. в токийском «Доки-клуб» собрались инициаторы создания «Японо-российской ассоциации» под председательством виконта Иномото. «Несмотря на то, что нас отделяет от России незначительное пространство, соседственные отношения обеих наций еще недостаточно развиты. Вот почему, учреждая настоящую ассоциацию, мы надеемся содействовать развитию взаимных сношений Японии и России, их обоюдным интересам и установлению добрых отношений, с полной уверенностью, что общество, как в Японии, так и в России, не оставит нашей мысли без внимания». «Дай Бог, — писала порт-артуровская газета «Новый край», — чтобы это симпатичное учреждение не заглохло, подобно многим другим, и чтобы и русское общество со своей стороны обратило на него внимание, приняло меры к более близкому знакомству японцев с русскими, что наверное освободит японцев от предубеждения к нам, послужит к более тесному сердечному общению двух наций, в руках коих в настоящее время судьба всего Востока, а вместе с тем поведет к экономическому и культурному прогрессу».