Морской и военный министры Японии предложили провести перезахоронения за японский счет, но Николай II, поблагодарив, принял решение произвести все работы за счет России. Тем не менее японские власти не отказались от участия в перезахоронении и взяли на себя организацию всей процедуры, осуществив ее с соответствующими почестями. «До слез трогательно», — отметил полковник В. К. Самойлов. Основное перезахоронение произвели на Русском кладбище в Нагасаки, оставив на прежнем месте только плиты с именами. Так в братской могиле оказались останки 160 человек, скончавшихся в 1905 г. По разным причинам имена 79 воинов оказались неизвестными.

Многие жители Нагасаки приняли участие в торжественном освящении братской могилы и открытии памятника на Русском кладбище в Инасе. Они даже обратились к консулу Н. А. Распопову с предложением совершить буддийское богослужение. Вопреки прогнозу, дни 14–17 сентября 1909 г. выдались солнечными. Из-за недостатка времени — на 10 часов уже была назначена встреча на кладбище — не удалось совершить богослужение в церквушке около русского консульства. В Инасу отправились на небольшом пароходике, буксировавшем лодку с двумя роскошными букетами — один от Николая II, другой от посла России в Японии. Хотя путь был недолгим, случилось маленькое происшествие: из-за неожиданной волны лодка чуть не затонула. Все обошлось, но венки с лентами немного подмокли.

Перед входом на кладбище выставили почетный караул из военных моряков и солдат. Здесь собралась огромная толпа японских офицеров и чиновников во главе с губернатором Нагасаки. Очень красиво выглядели японки в парадных кимоно. Кучкой стояли русские жители Нагасаки, чуть в стороне от них — православные японцы. По прибытии посла началось богослужение, его вели архиепископ Николай, настоятель посольской церкви протоиерей Петр Булгаков, нагасакский священник отец Антоний Такай, дьякон Д. Львовский и осакский иподьякон Моисей Кавамура. Окропление святой водой при пении «Спаси Господи, люди Твоя» совершил владыка Николай. Потом торжественно прошло отпевание. Очень хорошо пели Булгаков, Львовский и Зозуля, житель Нагасаки, имевший мощный и хорошо поставленный бас. В руках всех присутствующих, как христиан, так и иноверцев, горели свечи, розданные заранее. После прочтения Евангелия владыка Николай выступил с небольшой надгробной речью, назвав в ней имена погибших. На словах «вечная память героям» раздался троекратный ружейный салют.

По окончании богослужения стали возлагать венки. Первым на могилу легли цветы от российского государя, затем — от посла, японских Военного и Морского министерств, адмирала Гото и огромное количество венков от других высших и гражданских чинов Японии. Цветами буквально завалили весь памятник. После этого посол и все японцы отправились в храм Госиндзи, где прошло торжественное буддийское богослужение, устроенное членами Общества мира (Вагокаи). Для его проведения собрались настоятели большинства буддистских храмов Нагасаки. Позднее протоиерей Петр Булгаков опубликовал полный текст этого богослужения.

В час дня Российское консульство в Нагасаки дало торжественный обед, на который собрались 65 человек. Архиепископ Николай успел до обеда посетить А. А. Сигу, к которому отправился сразу же с кладбища. После обеда он нанес еще несколько визитов русским нагасакцам. Владыка помолился вместе с небольшой группой христиан, собравшихся у отца Антония Такая, и произнес небольшую речь. В семь часов вечера консул Н. А. Распопов пригласил гостей в свою резиденцию. Особенно Николай Александрович обхаживал владыку Николая: он никак не мог развестись со своей женой и очень просил архиепископа ускорить развод. Представил он ему и свою 26-летнею невесту Машу. Поздно вечером владыка Николай уезжал в Токио. Провожающие заполнили весь вокзал. Особенно трогательно выглядел Александр Алексеевич Сига, который плакал, провожая своего учителя. Это был последний приезд архиепископа Николая в Нагасаки. Больше они никогда не увидятся…

Перезахоронения на Русское кладбище в Инасе продолжались и в дальнейшем. В 1911 г. сюда перенесли две русские могилы нижних чинов с городского кладбища в Тоёхаси, затем останки офицера из Сидзуоки. Панихиду провел отец Антоний Такай. Возможно, были и другие случаи, оставшиеся незафиксированными. Не считая перезахоронений, после Русско-японской войны на Русском кладбище хоронили в основном гражданских лиц. 21-летняя Ульяна Коваленко скончалась 9 октября 1906 г. В 1907 г. появились могилы служащего Торгового дома Ушакова Ивана Просветова, служащего КВЖД со станции Бухеду Ивана Зелинского, корейца Николая Цая, девочки Таси Абрамович. В 1909 г. на кладбище в Инасе похоронили двоих: члена экипажа парохода «Тамбов» Григория Хлебко и Клавдия Таратина. Старший матрос парохода «Орел» Арсентий Штукун ушел из жизни 28 января 1910 г. Третьего помощника парохода «Киев» Федора Толкоча похоронили 12 декабря 1911 г. Через несколько месяцев навсегда остался в Нагасаки командир парохода «Охотск» Вильгельм Кактин, а чуть позже здесь появилась могила Таисии Солянниковой. В 1913 г. состоялись похороны Сергея Звайкова и Андрея Соловьева. 17 марта 1915 г. ушел из жизни еще один представитель русской общины, Арнольд Розенмонн. Последним захоронением стала могила двухлетней дочери нагасакского священника Антония Такая Екатерины, которая скончалась 13 июля 1918 г. Выходцев из России хоронили и на других кладбищах, в частности, на Еврейском участке Международного кладбища Сакамото.

По мере обустройства Владивостока и укрепления его судоремонтной базы русские корабли все реже и реже заходили в Нагасаки.

До революции в России русская эмиграция в Японию была немногочисленной и не превышала нескольких сотен человек. Ситуация заметно изменилась уже в 1918 г. Именно тогда в Токио была основана одна из первых эмигрантских организаций — Русское общество в Японии. Его председателем избрали военного агента полковника Н. В. Осипова, а секретарем — А. В. Серапинина. В основном Русское общество занималось благотворительностью, помогая нуждавшимся. Так, к лету 1920 г. членами общества было роздано 20 тысяч иен.

В этой стране у русских эмигрантов не возникало серьезных проблем с властями, как это нередко случалось в других государствах. Близость к российским берегам, схожесть климата также способствовали тому, что часть беженцев предпочла осесть именно здесь.

В начале 1920-х гг. в Токио продолжало работать бывшее посольство Российской империи, которое возглавлял Д. И. Абрикосов. Если во время Гражданской войны российские дипломаты в основном занимались взаимоотношениями Страны восходящего солнца и правительства адмирала А. В. Колчака, для которого покупали оружие и снабжение, то с окончанием войны их основной задачей стало обустройство русских эмигрантов, в том числе и колчаковцев, массовой волной перебравшихся в Японию в 1920 г. Одним сотрудники консульства помогали уехать в Китай или Америку, другим находили кров в Японии. Через некоторое время стали покидать Японию и сами дипломаты.