Впоследствии поражение в Русско-японской войне стало одним из решающих факторов при решении руководства СССР взять реванш во время Второй мировой войны.

В течение Русско-японской войны, когда интересы российских граждан в Нагасаки представляли французские дипломаты, русские вновь оказались в этом городе, но уже не по своей воле. Японские власти, учитывая многолетнюю историю русского пребывания в Нагасаки, решили сделать его одним из центров размещения военнопленных. Инаса вновь вернулась к жизни: через нее прокатились волны русских солдат и моряков, попавших в плен. С каждым месяцем их становилось все больше и больше по мере того, как война катилась к бесславному для России концу. Вместо тюрем и лагерей русских воинов размещали в японских семьях, беспрецедентный случай в военной истории. Им разрешались передвижения по городу, а по вечерам местные торговцы устанавливали в саду у храма Госиндзи для их развлечения киоски и маленькие тиры. Нелегкую жизнь военнопленных скрашивали священники из 4-й Восточно-Сибирской дивизии из Порт-Артура, которые добровольно пошли в японский плен.

В период Русско-японской войны и первые послевоенные годы в ряде японских городов возникли новые центры русского издательского дела, и масштабы распространения печатной продукции на русском языке резко расширились. Десятки тысяч наших военнопленных получали книги, брошюры и периодические издания благодаря представителям православной церкви, русской общественности, царствующей династии (императрица Александра Федоровна), социал-демократам и социалистам-революционерам. Практически все очаги вольного русского слова в Японии были связаны с деятельностью Н. К. Русселя-Судзиловского. Он являлся основным организатором и инициатором выпуска и распространения бесцензурных русских изданий в Нагасаки, Кобе, лагере военнопленных Хамадера близ Осаки и других местах.

В свое время, опасаясь ареста за политическую деятельность и участие в террористических организациях России, Судзиловский вместе с женой эмигрировал в Сан-Франциско, а потом уехал на Гавайские острова, где тоже нашел поле для битвы: в Америке и России стали появляться его статьи, выражавшие протест против присоединения Гавайев к США. Его непримиримая позиция пришлась по душе гавайцам: они даже избрали Русселя президентом гавайского сената. Но бывший революционер оказался неважным политиком, его методы борьбы за установление демократического правления на Гавайских островах не нашли поддержки у соратников, и Руссель был вынужден уйти в отставку, а вскоре и покинуть на время Гавайи. Уехав в Шанхай, он решил организовать вооруженное нападение на сибирские тюрьмы, но этой авантюре помешала Русско-японская война. У Русселя же родился новый план: отправиться на театр военных действий для распространения революционной пропаганды среди русских солдат и моряков.

Вернувшись в Гонолулу, он выступил в зале городской оперы с докладом о войне Японии с Россией. Оказалось, что местных жителей очень волнует вопрос, за кем из воюющих сторон останется победа. Руссель писал: «Мало кто, однако, ожидал моего вывода: что победителем в этом столкновении явится маленькая Япония, рыцарски поднявшая презрительно брошенную перчатку. Мало кто ожидал, потому что отношения мощи гиганта и ребенка, Давида и Голиафа, были слишком очевидны. В самой России и по всему миру было немало людей, смотревших на дело под другим взглядом, так сказать нравственно-духовным углом зрения. Я был далеко не один. Мы базировались на будущем, а не прошедшем».

Успех лекции превзошел все ожидания. По подписным листам была собрана огромная сумма в 60 тыс. долларов для помощи Японии. Конечно, Руссель не задумывался над тем, что Япония выступала таким же агрессором в Китае, как и Россия. Не знал он и о том, что через несколько десятков лет японские летчики будут бомбить Пёрл-Харбор. Воодушевленный, он обратился к японскому консулу в Гонолулу с просьбой выдать визу для поездки в Нагасаки. Поводом послужило предложение американского журналиста Г. Кеннана заняться разъяснительной деятельностью среди русских военнопленных, разрешенной японским правительством.

В середине июня 1905 г. бывший президент гавайского сената приехал в Японию и поселился в Нагасаки, где продолжил борьбу против царизма. Весной 1906 г. кружком русских политических эмигрантов в Нагасаки было основано издательство «Воля». Его целью провозглашалось объединение русских, несмотря на различие политических взглядов, издание и распространение политической литературы, оказание материальной помощи эмигрантам. На страницах одноименной газеты публиковались сведения о политической обстановке, условиях жизни русской эмиграции в Финляндии, Англии, Соединенных Штатах, Японии и других странах. До сентября 1906 г. газета являлась внепартийным органом (редактор В. К. Вадецкий), а затем стала органом партии социалистов-революционеров с редактором Б. Д. Оржихом, который до эмиграции в Японию в 1905 г. жил на Сахалине и во Владивостоке.

К 1910 г. нагасакская группа революционеров почти распалась. Среди ее членов прошел слух о том, что русское правительство, наладившее хорошие отношения с Японией, хотело потребовать их выдачи. Да и Японии эти революционеры были уже не нужны. В Токио совсем не хотели, чтобы у ближайших соседей сменился строй, а тем более, чтобы «левые» пустили корни среди японцев. В Нагасаки же осталась навсегда Ольга Никаноров-на Дмитриева, скончавшись 3 августа 1907 г. На ее могиле в Инасе появилась эпитафия: «Первой политической эмигрантке в Нагасаки от товарищей». В этом же городе Руссель-Судзиловский похоронил жену Леокадию (Leocadie S. Russel) и дочь Марию (Mary Russel).

После окончания Русско-японской войны русская община Нагасаки вновь увеличилась. По утверждению консула З. М. Поляновского, в 1906 г. здесь проживали около 350 русских. Возобновился и заход сюда российских кораблей.

Время от времени море выбрасывало на японский берег тела русских моряков, погибших в мае 1905 г. Находя их, японцы бережно предавали земле. Так в разных местах стали появляться русские могилы. Только по официальным сведениям, таких стихийных захоронений было около ста. И это помимо кладбищ около Мацуямы и в других местах, где имелись лагеря русских военнопленных. Японское правительство обратилось к послу Н. А. Малевскому с предложением перенести прах моряков в одно место. Тот в свою очередь задал вопрос владыке Николаю, «нет ли со стороны Церкви препятствий к сему делу — разрытию могил и перенесений костей?» На это архиепископ ответил, что «препятствий к собранию костей моряков в одно место нет, что если могилы останутся на теперешних местах, то они скоро будут заброшены и забыты».

Военный агент полковник В. К. Самойлов объехал все военные русские захоронения в Японии и составил план переноса праха. Военные власти Японии везде принимали его с большой честью. Совместно с послом и японскими военными властями Владимир Константинович решил перенести останки русских воинов на три кладбища: в Нагасаки, Мацуяму и Хамадеру, около Осаки. Немаловажным обстоятельством было то, что везде имелись православные приходы. Основное погребение предполагалось сделать в Нагасаки, в общей могиле, каменном склепе. В Мацуяме к имевшимся захоронениям добавили четыре могилы, а в Хамадере — семь. На кладбище в Нагасаки по распоряжению морского министра было решено еще и установить памятник «морякам-героям».