В июне 1903 г., когда напряженность в отношениях между Россией и Японией стала нарастать, Николай II послал в Японию военного министра А. Н. Куропаткина. Возвращаясь домой, министр остановился в Нагасаки и провел несколько дней в гостинице Мичинаги Ей. Возможно, ему требовалось сочувствие знаменитой женщины, чтобы сгладить впечатление от холодного приема в Токио. В это время в бухте Нагасаки почти не видно было русских флагов: военные корабли перестали приходить сюда на зимовку, и «Весна», и другие подобные заведения в Инасе стояли пустыми. Никто даже не убирал паутину с портретов русских моряков, украшавших стены. На страницах русских газет стали встречаться неприятные высказывания в адрес Японии и японцев. Популярным, например, в те годы было слово «макаки», хотя публикации, как правило, не содержали ничего, что унижало бы обитателей Страны восходящего солнца.

И тут случилось романтическое происшествие. 17-летняя дочь зеленщика, снабжавшая иностранные суда зеленью и говорившая на русском и английском языках, познакомилась с русским моряком. С первых же минут они полюбили друг друга. Моряк слышал, что нет ничего лучше японской жены, и обратился к своему знакомому, женатому на японке. Тот в свою очередь свел его с Оматсу-сан, которая частенько выступала в роли свахи, как и другие хозяйки гостиниц. Та, не откладывая дела в долгий ящик, пошла к зеленщику, но получила отказ: японец не хотел отдавать дочь на содержание. Согласие последовало только после того, как ему объяснили, что речь идет о настоящей женитьбе. Все шло строго по японским обычаям. До свадьбы будущие молодожены могли встречаться только изредка и ненадолго. Однажды из-за тайфуна девушка не пришла на свидание, и жених не находил себе места. По словам очевидцев, вид его вызывал смех и жалость одновременно. Когда на следующий день он увидел свою возлюбленную, то радости не было предела: их встреча походила на свидание людей, не видевших друг друга двадцать лет.

Наконец наступил день свадьбы. Так как дом Оматсу-сан был европейским, то его спешно переделали на японский лад: постелили татами, убрали мебель, положили подушки. На свадьбу были приглашены лучшие гейши Нагасаки. К семи часам вечера приехала и сама невеста, с замысловатой прической, наряженная в красивое кимоно с изысканным оби. Из европейских вещей на ней красовались брильянтовая брошь и сережки, которые держались на веревочках, так как уши девушки не были проколоты. Лицо ее светилось от любви и счастья. Гейши подавали кушанья. «Настал момент, когда жених должен был обменяться с невестой свадебной чашкой (сака-зуки). Жених немного покраснел, и невесте тоже стало жарче, и видно было, как невеста стала сильно обмахиваться веером, а жених стал ей помогать». Присутствующим женщинам это очень понравилось. До войны оставался один год…

Православие стало одним из мостиков взаимопонимания России и Японии. Первое знакомство японцев с этой религией происходило во время пребывания русских моряков в японских портах: на каждом крупном военном корабле имелся батюшка. Японцы с интересом приглядывались к православным обычаям и ритуалам. Огромное влияние оказала и миссионерская деятельность владыки Николая. Будущий первый православный святой Японии, как никто другой, смог познакомить японцев с религией и культурой своей страны.

Одним из важнейших культурных и религиозных центров Японии, динамично развивающейся после Реставрации Мейдзи, стал район Кансай, в который входят Киото, Осака и Кобе. Раньше других, в 1873 г., православная община возникла в Кобе, где некоторое время служил отец Сергий Судзуки. Владыка Николай в своих дневниках несколько раз писал о местном храме: «Церковь в Кобе оживлена, особенно христианки там усердны; делают христианские собрания, работают, чтобы составить маленький капитал на церковные нужды. Это, верно, благодаря Юлии Токухиро, единственной у нас диаконисы, там служащей в церкви». Токухиро изучала акушерское дело и получила диплом акушерки. После ее преждевременной смерти (она скончалась от туберкулеза в октябре 1897 г.) владыка Николай по разным причинам так и не смог найти постоянного батюшку для прихода в Кобе, и сюда стали посылать священников из Осаки.

Побывав в Кобе 27 июля/9 августа 1901 г., владыка Николай записал в дневнике: «Катихизаторская квартира и вместе молитвенный дом в очень хорошем месте города и чистенько содержится. Катихизатор — Яков Каяно, недавно овдовевший; при нем старушка-мать, племянница, недавно кончившая курс в Миссийской женской школе, и дочь-ученица сей школы. Во втором этаже — молитвенная комната, снабженная хорошим семисвечником и небольшим наперсным крестом, приобретенными усердием христиан. По метрической книжке значится двадцать девять крещений и шесть погребений. Христианских домов 16, христиан — взрослых и детей — 33. Только два христианина имеют свои дома; прочие — случайные жители Кобе. Старшин церковных (гиюу) два. На молитву собираются человек пять-шесть. Церковь совсем юная; первое крещение было всего пять лет тому назад».

Деятельными прихожанами были резчик печати Даниил Цуда, заполнивший один из углов своего дома иконами, как в России, и Петр Мигури. Самым богатым прихожанином считался Петр Иноуе, имевший собственную торговую лавку, дом и даже загородную дачу. Имеются сведения, что в 1913 г. в Кобе построили первый православный храм.

В Осаке православная деятельность началась в 1877 г., когда сюда приехали Павел Ниицума и Павел Тацибана.

Если первый после встреч с жителями вернулся в Токио с докладом для владыки Николая, то Тацибана остался в городе и занялся проповедью, открыв приход во имя целителя Пантелеймона. В октябре того же года ему на помощь был отправлен Яков Такая. 2 марта 1878 г. иеромонах Анатолий (в миру Александр Дмитриевич Тихай), приехавший из Хакодате, крестил здесь 33 человека, а через четыре года он открыл катихизаторское училище. В том же 1882 г. архимандрит приобрел для Осакского прихода участок земли в память «мученической кончины Царя-Освободителя», деньги на покупку которой собрал во время отпуска в России.

Проповедью занимались в четырех домах Осаки. «Народ осакский — безучастен к вере, — писал в 1882 г. владыка Николай. — Никто здесь не мешает проповедникам, но и не слушает их почти никто. Все знают имя Христово, но христианского учения знать не хотят. Гонений нет, но при гонении лучше было бы. Нравы у богатого купечества неподвижные; христианскому учению нелегко будет пробить себе дорогу в этой среде». Прихожанами осакской православной церкви были русские дипломаты и те немногие выходцы из России, кто поселился в этом районе. Несколько лучше было положение у католиков, имевших в Осаке больший храм на 500 человек и женскую школу. У протестантов имелось немало приходов, расположенных как в иностранном квартале, так и в городе, но общее число японских христиан Осаки не превышало 200 человек.