Обстановка в Туркестане особенно накалилась в начале 1919 года. Вожак басмачей Мадамин-бек прилагал отчаянные усилия, чтобы сохранить боеспособность своего вооруженного отряда и в целом укрепить басмаческое движение. Как председатель «Временного ферганского правительства» он проводил разные «реформы» на занятой территории.

Летом 1919 года в Туркестане были введены хлебная монополия и продовольственная разверстка. Добровольная «Крестьянская армия» Ферганы, образованная в конце 1918 года, командующим которой в мае 1919 году был избран К.И. Монстров, заключала перемирие с басмачами. Но после введения продразверстки «Крестьянская армия» выступила против советской власти. 22 августа военный совет «Крестьянской армии» выдвинул следующие требования: «Отстранение и пребывание всех Советов, исполкомов и комитетов — лиц администрации Туркестанской республики на основании всеобщего, равного, прямого и тайного голосования с предоставлением мусульманам половины мест. Предоставление всем без исключения гражданам свободы труда, свободы торговли и передвижения и всех прочих гражданских свобод… управление… Особого отдела, чрезвычайных комиссий по борьбе с контрреволюцией, политических комиссаров… Отмена хлебной монополии… Возвращение всех крестьян с политических фронтов в свои районы» и другие.

1 сентября 1919 года между вожаком басмачей Мадамин- беком и Монстровым был заключен договор о совместных действиях против советской власти. Мятежники заняли города Джамал-Абад, Ош, а 18 сентября их 20-тысячная армия осадила Андижан.

И.В. Сталин, характеризуя Туркестан 1919 года, писал: «Население востока России не представляет ни единообразия центральных губерний, облегчившего дело социалистического строительства, ни культурной зрелости западных и южных окраин, давших возможность быстро и безболезненно облечь Советскую власть в соответствующие национальные формы. В противоположность этим окраинам и центру России, восточные окраины, татары и башкиры, киргизы и узбеки, сарты и таджеиты, наконец, целый ряд других этнографических образований (коло 30 миллионов человек) представляют богатейшее разнообразие отсталых в культурном отношении народов, либо не вышедших еще из Средневековья, либо только недавно вступивших в область капиталистического развития».

Там же, где советские войска встречали более организованное сопротивление, они действовали более успешно. Противник же никак не мог объединить свои силы для совместной борьбы под единым командованием. Как правило, взаимодействие его частей и отрядов уже в первые часы боя нарушалось, и каждый действовал на свой страх и риск. Так, это стало одной из главных причин поражения «Крестьянской армии» Ферганы. 26 сентября советские войска взяли Ош, 30 сентября — Джалал-Абад.

8 сентября 1919 года ВЦИК и СНК РСФСР приняли постановление о создании Комиссии ВЦИК и СНК РСФСР по делам Туркестана (сокращено Турккомиссия) в составе Ш.З. Элиавы (председатель), М.В. Фрунзе, В.В. Куйбышева, Ф.И. Голощекина, ЯЗ. Рудзутака, Г.И. Бокия. Комиссия была уполномочена представлять ВЦИК и СНК в пределах Туркестана. Этой же комиссии ЦК РКП(б) поручил осуществлять «высший партийный контроль и руководство от имени ЦК».

Но вскоре внутри комиссии начались разногласия. М.В. Фрунзе не поддерживал действия многих членов комиссии и докладывал об этом В.И. Ленину. В частности, в одном из писем он сообщал: «…дело с Комиссией обстоит скверно и по личным моментам. Элиава определенно заявляет, что он в силу состояния здоровья не будет летом работать в Туркестане. Рудзутак стремится в Москву, заявляя, что его туда требует центр. Голощекин норовит туда же, оскорбляясь тем, что Туркестан не оценивает его талантов».

Командующему вновь создаваемого Туркестанского фронта М.В. Фрунзе было поручено в короткие сроки разгромить Южную армию Колчака, подавить контрреволюцию оренбургского и уральского белоказачества и присоединить этот край к Советской России.

18 августа Михаил Васильевич отдал приказ о своем вступлении в должность командующего Туркестанским фронтом. Членом Революционного военного совета фронта стал старый знакомый по совместной службе в Южной группе Восточного фронта Валериан Владимирович Куйбышев.

Военно-полевое управление войсками осуществлялось Реввоенсоветом Туркестанской республики и его главным штабом. До завершения операций в Оренбургской и Уральской областях управление Туркестанского фронта и сам М.В. Фрунзе оставались в Самаре. В Туркестан (в Ташкент) Михаил Васильевич послал состоявшего в его распоряжении Ф.Ф. Новицкого с небольшим числом сотрудников. В ноябре 1919 года РВС Туркестанской республики и главный штаб войск были преобразованы в РВС и штаб Турквойск. И только с приездом в Ташкент большей части органов управления Туркфронта штаб турквойск в апреле 1920 года был преобразован в штаб Туркестанского фронта. Вначале начальником штаба был назначен А.А. Балтийский, которого время от времени подменял Ф.Ф. Новицкий. С 18 марта 1920 года эту должность занимал А.К. Андерс, затем — П.В. Благовещенский.

В состав Туркестанского фронта вошли 1-я (Г.В. Зиновьев), и 4-я (Г.К. Восканов) армии, а также все войска, находившиеся на территории Туркестана. Практически это были разрозненные отряды, не подчиненные единому штабу и действовавшие в отдельных районах и на отдельных направлениях, сформированные из добровольцев, из мобилизованных рабочих, членов профсоюзов и отдельных частей Красной гвардии. Поэтому одним из главных вопросов для командования Туркестанского фронта в период его создания было строительство армии.

М.В. Фрунзе сразу же поставил вопрос о создании армии на регулярных началах. По его приказу все войска, действующие в Туркестане, были сведены в дивизии. Позже по этому плану было развернуто несколько стрелковых и кавалерийских дивизий. Но процесс формирования крупных воинских соединений завершить так и не удалось.

Так, Первая Туркестанская стрелковая дивизия начала формироваться в Самаре в конце октября 1919 года из частей 1-й армии, находившихся в Оренбурге и Актюбинске. В ноябре того же года в состав этой дивизии были введены войска так называемого Закаспийского фронта. И только в мае 1920 года начало функционировать штатное управлении этой дивизии. Но 13 июня оно было расформировано, а бригады переданы в непосредственное подчинение управления 1-й армии.

Первая Туркестанская кавалерийская дивизия начала формироваться с середины декабря 1919 года также в окрестностях Самары, а завершала формирование уже в конце мая 1920 года в районе Самарканда. Но использовалась она чаще всего отдельными отрядами, численностью от роты до батальона. Другие соединения также существовали только на бумаге.

Таким образом, М.В. Фрунзе начал свою работу в качестве командующего Туркестанским фронтом, практически не имея в своем распоряжении организованной системы войск. В то же время нужно признать, что перед ним не было и организованного противника. В то же время наличие на территории многих небольших отрядов противников советской власти, их умение и готовность вести партизанскую войну, условия этого края, граничившего с сопредельными государствами, и многое другое делали эту задачу достаточно сложной.

Будучи назначенным командующим Туркестанским фронтом, Михаил Васильевич столкнулся с новыми для себя проблемами. В их число входили проблемы политического, экономического, социального и даже дипломатического характера.