Сначала ей необходимо было решить семейные дела во Франции, поэтому она отправилась на восток, в Нанси, где жила ее золовка Клод, герцогиня Лотарингская. Здесь вновь засверкали огни празднеств — семейных крестин и помолвок, сопровождавшихся банкетами, балами и, конечно, охотой, а также «всевозможными благородными развлечениями во дворце». Несмотря на все забавы, Мария заболела «трехдневной лихорадкой». То была распространенная форма малярии, при которой приступы лихорадки возвращались каждые три дня на протяжении всего периода болезни. Во время передышек между приступами она смогла добраться до Жуанвилля, где за ней в ожидании ее запланированного возвращения в Реймс на коронацию Карла IX ухаживала ее бабушка Антуанетта де Гиз.

Коронация состоялась в Реймском соборе 15 мая 1561 года в отсутствие Марии, остававшейся в Жуанвилле. Карл IX был еще слабее, чем его покойный брат, а кардинал Гиз и его братья блистали на фоне Екатерины, присутствовавшей на церемонии лишь по просьбе папы. Сам обряд был гораздо менее пышным, нежели тот, что состоялся на восемнадцать месяцев раньше.

Мария вернулась в Париж 10 июня, и ее встретили герцог Орлеанский, король Наваррский, принц Конде и герцог де Гиз. Эта компания гугенотов и католиков ясно указывает на борьбу за власть при дворе Карла; однако все они подобающим образом объединились, образовав свиту Марии, и сопроводили ее в Сен-Жерменский дворец, где она некогда впервые предстала перед королевским двором. Там ее приветствовали Карл IX и Екатерина. 24 июля 1561 года начались торжественные проводы, длившиеся четыре дня и напомнившие Марии о счастливых годах. В ходе торжеств ее восхвалял Ронсар:

28 июня 1561 года Мария покончила со слухами относительно своего будущего, написав в Летингтон своему главному секретарю:

«Если Вы посвятите себя моей службе и покажете мне добрую волю, в которой уверяете меня, Вам не нужно будет опасаться клеветников и сплетников, ибо я не слушаю их. Прежде чем поверить тому, что мне говорят, я смотрю на результаты… Ничто не происходит в кругу нашей знати без того, чтобы Вы об этом узнали или дали свой совет. Не скрою от Вас, что, если после того, как я облеку Вас своим доверием, что-то пойдет не так, Вы будете первым, кого я обвиню. Я желаю впредь жить в дружбе с королевой Англии и вот-вот вернусь в свое королевство. По прибытии мне понадобятся деньги для моей свиты и на прочие расходы. От моего монетного двора должны остаться доходы за прошлый год…»

Мария описывала свои намерения столь отчетливо, как если бы эти инструкции вышли из-под пера самой Елизаветы, и она явно ставила Летингтона на место своего Сесила. Летингтон понял это, когда приказал сделать с письма копию и отослал ее Сесилу.

Нет сомнений в том, что весть о намерении Марии покинуть Францию была воспринята всеми с глубоким облегчением. Облегченно вздохнул и Трокмортон, которому не удалось встретиться с Марией во время ее странствий; Елизавета приказала ему не возвращаться в Англию до тех пор, пока Мария не ратифицирует Эдинбургский договор. Он знал, что Мария не собирается давать ему ответ до тех пор, пока не переговорит с советниками в Шотландии. Хотя Мария сказала ему, что отплывет из Кале, до него дошел слух о том, что она намеревается отплыть из Нанта и высадиться в шотландском порту Дамбартон, из которого она ребенком отправилась во Францию. Мария сыграла на руку Елизавете, отправив послом в Англию д’Уазеля; тот должен был попросить английскую королеву об охранной грамоте на случай непредвиденной высадки в Англии, а также и о гарантии возможности спокойно организовать дальнейший переезд по суше. Елизавета пришла в ярость, так как сочла это великим нахальством, однако уверила д’Уазеля, что с радостью на все согласится, как только Мария ратифицирует договор. Послу был дан недопускающий возражений приказ вернуться за документом во Францию. Елизавета также обошла главное оправдание Марии, лично написав шотландским лордам и прямо спросив их о том, каков будет их совет Марии, причем ее письма к ним содержали угрозы и обещания в равной мере. Прежде чем от них пришел ответ, Мария сообщила Трокмортону, что ей не нужна охранная грамота, так как она может спокойно добраться до Шотландии по морю. Она не станет ратифицировать договор до встречи со своими советниками, а что до использования английского герба, то это была идея ее свекра Генриха II и она отказалась от нее после смерти мужа. На следующий день, вероятно 20 июля, Трокмортон вновь попросил об аудиенции и услышал явно заготовленную заранее речь:

«Господин посол, если бы мои приготовления к отъезду не зашли так далеко, возможно, нелюбезность Вашей королевы и предотвратила бы мое путешествие. Теперь же я решилась пуститься в него, чем бы оно ни обернулось. Надеюсь, что ветер окажется благоприятным и мне не понадобится высаживаться на английском берегу. Если мне придется это сделать, господин посол, тогда я окажусь в руках Вашей госпожи и она сможет делать со мной все, что захочет. А если она будет столь бессердечной, что захочет покончить со мной, она сможет сделать это и принести меня в жертву. Возможно, для меня так будет лучше, чем жить дальше. Да исполнится Господня воля».

Несмотря на то, чтб Мария сказала Трокмортону, она, конечно, продолжала использовать создававшие столько сложностей английские гербы и с детским легкомыслием отмахивалась от этой проблемы, однако последние фразы ее обращения к Трокмортону не слишком-то легкомысленны. Уже не в первый раз она высказывала убеждение в том, что лучше умереть, нежели принять решение, к которому ее теперь принуждали. Она возвращалась в Шотландию без всякой радости в сердце и без всякого желания управлять этой страной как королева.

Теперь Мария отправилась в Лувр, чтобы надзирать за отправкой мебели и гардероба в Руан и Ньюхейвен, а затем опять уехала в Сен-Жермен. 25 июля она официально попрощалась с Карлом IX, Екатериной Медичи и королевским двором. Затем вместе с шестью дядями Гизами, стремившимися удостовериться, что она не забыла то, что обсуждалось в Жуанвилле, и в сопровождении большой свиты она направилась к Ла-Маншу. Ее точный маршрут и порт отправки хранились в большом секрете. 7 августа она достигла Абвиля, где дала Трокмортону последнюю аудиенцию. С последней просьбой об охранной грамоте к Елизавете были отправлены лорд Сент-Кольма и некий Артур Эрскин, хотя даже если бы Елизавета даровала его, документ не успел бы прибыть до отъезда Марии. Это просто был способ расставить все дипломатические точки над «и».

За день до отплытия Мария послала Трокмортону два серебряных таза, два кувшина, две солонки и кубок, всего 368 унций позолоченного серебра, в качестве традиционного подарка, выражавшего благодарность за службу. Мария и ее свита отплыли 14 августа; вместе с ней были Рене де Гиз, маркиз д’Эльбёф, Клод де Гиз, герцог Омальский, великий приор Франсуа де Гиз, поэты Брантом и Шательро, ее четыре Марии, доктор теологии и два врача. Две галеры со знатными пассажирами находились под командованием того самого Вильгеньона, который тринадцать лет назад командовал эскадрой, доставившей Марию Стюарт во Францию. За ними следовала внушительная флотилия грузовых судов, перевозивших ее мебель, посуду, наряды и драгоценности, а также 200 лошадей и мулов. Окончательные распоряжения относительно грузов были сделаны великим адмиралом Шотландии Джеймсом Хёпберном, графом Босуэллом, чей отец был фаворитом матери Марии в первые годы ее вдовства. Мария уже познакомилась с Босуэллом во Франции, куда он бежал не только от кредиторов, но также и от необдуманной помолвки с норвежской любовницей Анной Тронсден. Трокмортон считал Босуэлла «блестящим, опрометчивым и опасным молодым человеком» и был совершенно прав.