Мария де Гиз прожила несчастливую жизнь. Протестант Джордж Бьюкенен в своей «Истории» писал: «Она обладала редкими талантами и умом, склонным к справедливости, однако находилась под сильным влиянием клана Гизов, определивших Шотландию в частную собственность их семьи». С ее смертью гражданская война в Шотландии практически закончилась, и Елизавета теперь могла продиктовать условия вывода своих войск. Эти условия превратились в Эдинбургский договор.

Эдинбургский договор был подписан 6 июля 1560 года после месячного торга. Мария поняла, что дяди и в самом деле погубили ее, хотя французский посол в Шотландии Шарль, сеньор де Рандан, умолял Екатерину Медичи заключить мир прежде, чем стоимость французских гарнизонов «полностью разорит и опустошит Францию». По условиям договора французские войска должны были покинуть Шотландию, укрепления Лита надлежало разрушить, долги французских войск полагалось выплатить. Елизавета признавалась истинной правительницей Англии, Франциск II и Мария должны были отказаться от всех претензий на английский престол, а Шотландией в отсутствие Марии отныне полагалось управлять совету знати; советникам полагалось «отправить нескольких лиц хорошего происхождения к королям, чтобы принять решение» о религии. Наконец, «французский король и королева согласно особому пункту обязуются перед королевой Англии соблюдать этот договор с шотландцами». Мария и Франциск II должны были ратифицировать договор в течение шестидесяти дней. Другими словами, Мария и Франциск обязаны были делать то, чего хотела Елизавета, в противном случае последняя имела право вторгнуться в Шотландию. Это был полный отказ от политики Гизов, отрицание всех претензий, выдвинутых Генрихом II и поддерживавшихся Екатериной.

Трокмортон был принят Марией 9 августа, и она впервые попросила его говорить на нижнешотландском наречии, чего не делала на публике уже много лет. Возможно, помимо желания поставить посла в замешательство — любимое развлечение королевских особ — Мария решила попрактиковаться в родном языке на случай возможного возвращения в Шотландию. 22 августа Мария приняла Трокмортона снова, на этот раз наедине. Мария сидела под балдахином, а Трокмортону подали низкий стул. Она уверила его в том, что подчинится решению мужа, «ибо его воля — моя воля». Эти две встречи показывают Марию в роли правящей королевы, полностью руководящей своим политическим курсом. Унизительные условия договора уязвили ее гордость и заставили обращаться с Трокмортоном как с незначительным посланником второстепенного двора. К его чести, Трокмортона это только позабавило, однако детская выходка Марии не понравилась Сесилу, которому было вовсе не до смеха.

Вновь возник слух о том, что Мария беременна, но Трокмортон решил, что причиной является menstruum retention[35] Со своим обычным скептическим отношением к придворным сплетням он писал: «Забавно смотреть, как разыгрывают этот фарс». Дата утверждения договора прошла, но посол получил только успокаивающие уверения, что, пока шотландские сословия не выразят своей воли и не пришлют послов, от Марии и Франциска II не стоит ожидать формального подписания договора.

Юная чета столкнулась с более серьезными проблемами, когда 16 ноября Франциск II рано вернулся с охоты в окрестностях Орлеана из-за головокружения и звона в правом ухе. В воскресенье он упал в обморок в церкви, головная боль стала постоянной, а из уха несколько раз вытекала жидкость. Франциск II всегда страдал от экземы, причем на его лице появлялись красные пятна, а также от респираторных заболеваний, из-за которых у него шел дурной запах изо рта. Все это ослабило его организм, который больше не мог сопротивляться болезни. Новое воспаление проявилось опухолью «размером с орех», а когда врачи осмотрели его левое ухо, то обнаружили открытый свищ, из которого вытекал гной. Было очевидно — король умирает. В письме от 4 декабря Екатерина признала этот ужасный факт, указав при этом, что у Франции нет недостатка в законных наследниках престола — «и все они мои дети». Однако брату Франциска II Карлу было всего десять лет, поэтому необходимо было решить проблему регентства. Екатерина блестяще справилась с этой задачей, вызвав к себе Антуана де Бурбона, короля Наваррского, ставшего к тому времени гугенотом, но являвшегося старшим принцем крови. Она немедленно обвинила его в измене. Зная, что его брат Конде уже получил смертный приговор, а также будучи «от природы покладистым и уступчивым», король Наваррский предложил Екатерине регентство при условии, что она пощадит его, и она тут же согласилась. Екатерина заставила братьев Гизов обнять Антуана в знак прощения и приказала освободить Конде, нейтрализовав тем самым своих врагов и ничего не потеряв.

Этот ловкий ход знаменовал конец власти Гизов. Екатерина мудро отошла в сторону перед тем, что справедливо сочла необоримой силой братьев Гизов, подкрепленной влиянием Марии на Франциска II, однако теперь у нее появился шанс, и она за него ухватилась. Девочкой она читала не «Амадиса Галльского», а «Государя» Макиавелли и «Придворного» Кастильоне, где могла встретить следующие строки: «Обязанностью хорошего придворного является знать натуру и склонности государя, так что в зависимости от обстоятельств он легко сможет обрести его благоволение». Екатерина взялась за дело с энтузиазмом. Позднее английский посол говорил о ней: «Правда в том, что она любит и ненавидит в зависимости от собственной выгоды… Эта женщина извлекает выгоду из любого случая и стремится добиться своего невзирая на добро и зло». Другими словами, она была настоящим прагматиком по сравнению с романтичной Марией.

Кардинал приказал служить искупительные мессы, и по всей Франции молились за короля. Доктора сделали в ухе Франциска И прокол, что привело к временному облегчению. Мария постоянно ухаживала за ним. 3 декабря во внутреннем ухе короля образовался абсцесс, распространившийся на мозговые оболочки, 5 декабря он уже был без сознания. В тот же день он «отдал Богу душу», и королем Франции стал десятилетний Карл IX. В присутствии Карла и его матери кардинал Лотарингский сломал печати Франциска И. Через четыре дня после своего восемнадцатого дня рождения Мария стала вдовой короля.

Череп покойного короля вскрыли; доктора утверждали, что весь его мозг сгнил и вылечить его было невозможно. Мария находилась в полной прострации, напоминавшей состояние Екатерины после смерти Генриха II. Она соблюдала полный траур, не выходила из комнаты, стены которой были затянуты черным крепом, и беспрестанно плакала. «Она была исполнена скорби, подобающей жене, и у нее на то была справедливая причина, ведь она ухаживала за ним во время его болезни, усердно выполняя все тягостные обязанности… Она чувствует себя нехорошо, но вне опасности». 8 декабря Джованни Суриан описал ее состояние в письме своему господину, венецианскому дожу:

«Постепенно все забудут о смерти покойного короля, все, кроме его молодой жены, а теперь вдовы. Ведь она столь же благородна, сколь красива и изящна. Мысли о столь раннем вдовстве, о потере супруга, великого короля, так любившего ее, а также и о том, что она лишилась французской короны и не имеет большой надежды вновь обрести корону Шотландии, ее единственного достояния и приданого, столь угнетают ее, что она не может утешиться. Постоянно обращенная мыслями к своим несчастьям, вся в слезах, страстно и горестно сетующая, она внушает всем великую жалость».