Но дороге к столице к войску примкнуло множество крестьян. Большинство из них настрадалось от помещиков. Они ненавидели власть, лишившую их права ухода от хозяев в Юрьев день. Как и казаки, крестьяне шли на Москву, чтобы посадить на трон «доброго царя». Но больше всего они хотели убивать бояр и дворян, жечь их усадьбы. Дворянам, пусть и бедным, которых вели Пашков и Ляпунов, с ними явно было не по пути.

В середине ноября 1606 г. полки рязанских дворян под командой Прокофия Ляпунова и Григория Сумбулова перешли на сторону Василия Шуйского. Дворянство начало понимать, как далеки его интересы от намерений холопов и крестьян, взявшихся за истребление господ. Только полк Истомы Пашкова остался под знаменем царя Дмитрия.

Хитроумный царь Василий захотел купить на знатный чин самого предводителя повстанцев. Но получил от Болотникова ответ: «Я дал душу свою Димитрию и сдержу клятву, буду на Москве не изменником, а победителем!»

Патриарх Гермоген в новой проповеди призвал добрых людей постоять за «воистину святого и праведного» царя Василия Ивановича. Святейший убеждал, что повстанцы, эти разбойники и воры, беглые холопы и вероотступные казаки, — опасны лишь своим «скопом». Города, которые им покорились, говорил патриарх, были «того же часу пограблены, и жены и девы осквернены, и всякое зло над ними совершилось». Они разоряют церкви, бесчестят иконы, «бесстыдно блудом срамят» жен и дев, жгут дома и убивают горожан. Эти-то пакостники покушаются на Москву, призывая голытьбу, холопов и всяких злодеев «на убиение и грабеж»! Разосланные по стране грамоты Гермогена сыграли свою роль. Москва устояла, силы уравновесились, затем чаша весов качнулась в пользу Шуйского.

Болотников не сдавался. Убедившись в неспособности войска взять Москву прямым ударом, он решил «замкнуть блокаду» столицы. Вождь переправил большую часть войска через Москву-реку и двинул в обход города с востока. У села Карачарово, у Рогожской слободы и на берегах Яузы развернулись жестокие бои с царскими полками, переброшенными сюда коротким путём через Москву.

Обе стороны понесли большие потери. Отряду восставших удалось форсировать Яузу. Истома Пашков занял Красное село, угрожая дороге на Ярославль и Вологду — главному пути снабжения столицы во время осады. В Москве и без того были «голод, тревога и великие раздоры». Народ волновался, требуя от царя не тянуть и решить дело в одном сражении. Сторонником решительных действий был и Скопин-Шуйский. Он ещё не знал, что такое «царский поход».

27 ноября Василий Шуйский выступил против Болотникова из Замоскворечья. Место боя, хорошо знакомое Михаилу Васильевичу, было выбрано верно. Однако царь долго молился. Затем суматошно формировались большие полки. Войско не скоро вышло за стены столицы. Болотников успел собрать рассеянные но округе отряды. С ратью в 20 тыс. воинов вождь встретил атаку тяжелой дворянской конницы. Гремя кольчугами и зерцалами, сверкая шлемами, дворянские полки, на девять десятых состоявшие из боевых холопов, смели восставших с поля. Мерно наступавшие полки московских стрельцов прикрывали атакующих частыми залпами из пищалей.

Крестьяне врассыпную бежали. Привычные к военным невзгодам казаки отступали отрядами. Восставших можно было разгромить, бросив конницу в преследование. Но Василий Шуйский побоялся отпускать полки, сосредоточенные вокруг его особы. Болотников смог собрать свою рассыпавшуюся армию и отвёл её к селу Коломенскому.

Однако пока превратности гражданской войны служили царю. Устрашенный вестями о сражении Истома Пашков в Красном селе испугался, приняв небольшой отряд двинских стрельцов за непобедимое воинство. Он последовал примеру Ляпунова и перешёл с полком на сторону царя. Это предательство нанесло удар по боевому духу восставших. А на помощь Шуйскому подошли полки опытных в боях смоленских и ржевских дворян.

Скопин-Шуйский получил под команду отдельное войско. Оставив за спиной беспорядочное воинство царя Василия, он выдвинулся в Данилов монастырь, стоявший на полпути от Москвы к Коломенскому. Отсюда князь пошел в решительное наступление. По дороге к нему присоединились смоленские ратники, выступившие из Новодевичьего монастыря.

Блестяще проведенный Скопиным маневр мог оказаться роковым для царских полков. Болотников не стал дожидаться нападения в Коломенском. Получив вести о выступлении князя, вождь бросился ему навстречу. Противники встретились у деревни Котлы, ровно на середине пути, разделявшем войска ночью. Ещё немного, и Болотников успел бы разгромить части войска Михаила Васильевича поодиночке. Встретив соединенные царские полки, крестьяне и холопы бились отчаянно, но были вновь смяты тяжёлой конницей.

Скопин-Шуйский приложил все силы, чтобы не дать противнику отступить. Дворянская конница упорно преследовала врага. Повстанцы понесли крупные потери. Множество их попало в плен. Войско Болотникова было деморализовано. Но холоп-полководец сумел отвести часть сил в Коломенское. Михаил Васильевич окружил село, однако предусмотрительно не бросил войска на штурм.

Укрепления повстанцев с виду не впечатляли. Но они могли вызвать заминку среди наступающих, способную обернуться паникой, а значит и разгромом. Скопин-Шуйский потребовал прислать из Москвы артиллерию. Болотников её прибытие предусмотрел. Его люди, работая день и ночь, прикрыли деревянные надолбы земляными валами и построили укрытия от навесного огня.

Три дня мощные пушки и мортиры перелопачивали землю, стараясь поджечь и разрушить самодельный Коломенский острог. По словам очевидца, зажигательные ядра и разрывные бомбы «разбить острога не могли, потому что в земле учинён крепко». Повстанцы «от верхового бою огненного укрывались под землей, ядра же огненные удушали кожами сырыми воловьими».

Скопин-Шуйский понял причины малой эффективности огня. Он применил техническую новинку — сочетание зажигательного ядра с разрывной бомбой. Защитники Коломенского «гасить их не смогли, самих же стало зло убивать, и острог их огненными ядрами зажгли». Этого было достаточно, чтобы восставшие в панике бежали из села под сабли дворянской конницы.

Несмотря на разгром, Болотников увел в Калугу 10 тыс. воинов с огнестрельным оружием. Другая часть восставших укрылась в Туле. Они смогли оторваться от преследования потому, что их товарищи продолжали держаться в деревне Заборье, занятой в самом начале московской осады. Царские воеводы не рискнули оставить этот отряд в своем тылу. Под Заборьем армия Василия Шуйского остановилась.

Хитроумные казаки не желали утруждать себя тяжким по зимнему времени строительством земляных укреплений. Они поставили вокруг деревни друг на друга двое и трое набитых соломой саней и залили их водой. За этой ледяной стеной они крепко оборонялись. Скопин-Шуйский предложил им сдаться и дал слово всех пощадить. Отчаявшись получить помощь, казаки сдались. Князь привёл их в Москву, выговорил им прощение царя и принял на службу.

Возвращаясь в Москву, Михаил Васильевич наблюдал последствия своих побед. Напуганные крестьянской армией дворяне зверствовали. Они вырезали население целых сел, не щадя людей, искавших спасения в храмах. Каратели творили то, в чём патриарх Гермоген справедливо обличал повстанцев, называя их «ворами и хищниками», сатанинскими учениками. Но — не отлучая от Церкви. Святитель не мог отлучать людей, верных присяге царю Дмитрию, которую нарушили те, кто служил царю Василию. К тому же зверствами новый царь превзошёл кровожадную толпу повстанцев.