Десятая статья налагала на инквизиторов обязанность объявлять в их акте примирения время, когда примиренный впал в ересь, чтобы знать, какая часть его имущества принадлежит конфискации.

Одиннадцатая статья гласила, что если содержащийся в секретной тюрьме трибунала еретик, движимый истинным раскаянием, попросит отпущения, то ему можно его даровать, наложив на него в виде епитимьи кару пожизненного заключения.

Двенадцатой статьей утверждалось, что, если инквизиторы подумают, что в случае, указанном в предыдущей статье, признание кающегося притворно, они должны отказать ему в отпущении и объявить его лжекающимся.

Тринадцатой статьей было постановлено, что, если человек, получивший отпущение после своего добровольного сознания, будет хвастать, что скрыл разные преступления, или из собранных сведений станет ясно, что он совершил их большее количество, чем то, в котором он покаялся, его следует арестовать и судить как лжекающегося.

Четырнадцатая статья гласила, что если уличенный обвиняемый упорствует в своих отрицаниях даже после оглашения свидетельских показаний, то он должен быть осужден как нераскаявшийся.

На основании пятнадцатой статьи, когда против отрицающего свое преступление обвиняемого существовала полуулика, он должен был подвергнуться пытке. Если во время пытки он признает себя виновным и затем подтвердит свое признание, то его наказывали как уличенного; если он отказывался от подтверждения, его подвергали вторично той же пытке или присуждали к чрезвычайному наказанию.

Шестнадцатой статьей было запрещено показывать обвиняемым полную копию свидетельских показаний; можно было только давать им понятие о том, что на них было донесено, оставляя их в неведении об обстоятельствах, которые могли бы им помочь узнать свидетелей.

Семнадцатая статья предписывала инквизиторам лично допрашивать свидетелей, когда это для них не невозможно (эта статья была трудновыполнима, так как свидетели и судьи почти всегда находились в разных местах государства).

Восемнадцатая статья велела одному или двум инквизиторам присутствовать при пытке, которой должен подвергнуться подсудимый, кроме случая, когда, будучи заняты в другом месте, они должны обращаться к комиссару для получения показаний, если пытка все-таки должна быть применена.

На основании девятнадцатой статьи, если после вызова в суд согласно предписанным формам обвиняемый не явится, он должен быть осужден как уличенный еретик.

Двадцатая статья гласила, что, если доказано книгами или поведением умершего человека, что он был еретиком, он должен быть судим и осужден как таковой; его труп должен быть вырыт из земли, все его имущество конфисковано в пользу государства, в ущерб его законным наследникам.

Двадцать первой статьей инквизиторам было приказано распространить свою юрисдикцию на сеньориальных вассалов. Если сеньоры откажутся ее признать, то к ним следовало применить церковные кары и другие наказания.

В двадцать второй статье было сказано, что если человек, присужденный к выдаче в руки светского суда, оставляет несовершеннолетних детей, то им даруется государством, в виде милостыни, небольшая часть конфискованного имущества их отца и что инквизиторы обязаны доверить надежным лицам заботу о их воспитании и христианском просвещении.

На основании двадцать третьей статьи, если еретик, примиренный в течение льготного срока, без конфискации имущества, имел собственность, происходящую от лица, которое было присуждено к этой каре, то эта собственность не должна была включаться в закон прощения.

Двадцать четвертая статья обязывала давать свободу христианским рабам примиренного, когда не было конфискации, ввиду того, что король даровал свою милость только на этом условии.

Двадцать пятой статьей запрещалось инквизиторам и другим лицам, причастным к трибуналу, получать подарки под страхом верховного отлучения и лишения должности, присуждения к возврату и к штрафу в размере двойной стоимости полученных вещей.

Двадцать шестая статья предлагала должностным лицам инквизиции жить друг с другом в мире, без стремления к превосходству, даже со стороны того, кто облечен властью епархиального епископа; в случае какого-либо раздора главному инквизитору поручалось прекращать его без огласки.

Двадцать седьмой статьей инквизиторам было рекомендовано старательно следить за своими подчиненными, чтобы они были точными в исполнении своих обязанностей.

Двадцать восьмая статья предоставляла мудрости инквизиторов рассмотрение и обсуждение всех пунктов, не предусмотренных в основных законах.

М. В. Барро в своем очерке о Торквемаде характеризует кодекс инквизиции следующим образом: «Первые три пункта говорили об устройстве трибуналов, о публикации приговоров против еретиков и отступников и назначали „отсрочку милосердия“ для желающих сознаться и обратиться. Шесть последних установили порядок чинопочитания среди инквизиторов, остальные девятнадцать охватили все случаи инквизиционного процесса. Кто сознается до срока, тот мог рассчитывать на помилование, если выдавал других еретиков. Начиная с одиннадцатого пункта, инструкция говорила о еретиках упорных. Если такой еретик сознавался после долгого сидения в тюрьме, то его осуждали на вечное заключение».

О так называемой «отсрочке милосердия» (месячном сроке еретикам для добровольного объявления самих себя) И. Р. Григулевич в своей книге «Инквизиция» пишет следующее: «Всем „новым христианам“, повинным в отступничестве, за добровольную явку в священный трибунал, сознание и отречение было обещано прощение и сохранение имущества. Те, кто попадался на эту удочку, должны были купить свое спасение ценой гнусного предательства, сообщая своим палачам имена, положение, местожительство и прочие приметы всех известных им „вероотступников“ или подозреваемых в вероотступничестве лиц. Эти показания, в конечном итоге, не спасали малодушных от костра, так как, расправившись с упорствующими вероотступниками, инквизиция расправлялась также с этими своими пособниками».

На самом деле инквизиция действовала следующим образом. Инквизитор со своей свитой приезжал в тот или иной город или селение. Там он созывал всех жителей и местное духовенство и читал им проповедь о цели своего визита. Затем он приглашал откликнуться всех, кто желал покаяться в ереси. При этом еретикам давалось «льготное время» (тридцать дней), чтобы сознаться в грехе. Если они совершали это в указанный срок, их обычно принимали обратно в лоно Церкви, не накладывая более сурового наказания, чем епитимья.

При этом «принятый обратно» обязан был назвать имена и дать подробную информацию обо всех других известных ему еретиках. Как видим, инквизиция в конечном итоге вполне готова была быть снисходительной по отношению к одному грешнику при условии, что он выдаст ей других.

По мнению противников Торквемады, основные положения кодекса инквизиции, который принято называть кодексом Торквемады (а он потом неоднократно дополнялся и корректировался), сводились к следующему: инквизиция объявлялась «тайным судилищем, первой и последней инстанцией, рассматривавшей дела еретиков».