Как мы уже знаем, когда инквизиторы Мигель де Морильо и Хуан де Сан-Мартин начали исполнять свои обязанности в Севилье, репрессии стали множиться как снежный ком. В ответ тут же последовали жалобы на действия инквизиторов, обращенные к папе.

В результате в апреле 1482 года папа Сикст IV издал буллу, выражавшую сожаление о том, что многие праведные христиане без каких-либо серьезных доказательств были брошены в тюрьмы, подвергнуты пыткам и лишены своего имущества. В том же документе папа делал вывод о том, что «инквизицией уже некоторое время движет не ревностное служение вере и спасению душ, а жажда богатства».

В соответствии с этим все полномочия, данные инквизиции, были аннулированы, и папа потребовал, чтобы инквизиторы были поставлены под контроль местных епископов. Такие меры, разумеется, являлись дерзким вызовом монархии, и Изабелла с Фердинандом были этим сильно возмущены. Сделав вид, что сомневается в подлинности папской буллы, Фердинанд отослал Сиксту IV лукавое послание, которое заканчивалось следующими словами: «Доверьте нам заботу об этом вопросе».

Получив такой отпор, папа полностью капитулировал, и 2 августа 1483 года появилась новая булла, которая учреждала постоянный священный трибунал инквизиции в Кастилии, вверив ему полномочия высшей инстанции инквизиции, которой должны были подчиняться все инквизиторы вообще и каждый из них в отдельности.

Для управления этим священным трибуналом была создана новая должность генерального (великого или верховного) инквизитора Кастильского королевства. Первым эту должность занял Томас де Торквемада, человек, который за ночь мог прочитать сотню донесений и доносов, а к утру уже знал, «куда повернуть жадную злобу Фердинанда и тщеславие Изабеллы».

По мнению историка Жана Севиллья, «„инквизитор“ — это слово, обремененное позором». При этом ряд специалистов отмечают незаурядные способности тех, кто исполнял эту роль. В частности, Бартоломе Беннассар пишет, что инквизиторы были «людьми удивительных интеллектуальных качеств», а инквизиция вела судопроизводство «очень точно и очень скрупулезно». Этот же автор утверждает, что инквизиция была «правосудием, которое практикует внимательное изучение свидетельств, которое осуществляет тщательную проверку, которое без скряжничества принимает отвод обвиняемыми подозрительных свидетелей, которое очень редко прибегает к пыткам и которое соблюдает легальные нормы… Она была правосудием, озабоченным тем, чтобы обучать, объяснять обвиняемому, в чем он заблуждается, правосудием, которое внушает и советует, приговоры которого касаются только рецидивистов».

Как же отличается все вышесказанное от традиционных представлений о кровожадных и фанатичных инквизиторах, забавляющихся пытками и тысячами отправляющих ни в чем не повинных людей на костер…

А теперь еще раз обратим внимание на тот факт, как произошло назначение Торквемады. По правилам, пост генерального инквизитора должен был по представлению Изабеллы и Фердинанда занимать человек, назначаемый папой, но во всех своих действиях он должен был быть подотчетен только королевской чете.

Жак Коллен де Планси в своем «Инфернальном словаре» по этому поводу пишет: «Когда Изабелла увидела, что инквизиция укрепляется, она попросила папу придать этому трибуналу такую форму, которая могла бы удовлетворить всех. Она попросила, чтобы суды, проходившие в Испании, стали окончательными и не требовали утверждения в Риме; одновременно она посетовала на то, что ее могут обвинить в том, что она в установлении инквизиции видит лишь возможность делить с инквизиторами имущество приговоренных. Папа Сикст IV утвердил всё, похвалил усердие королевы и смягчил угрызения ее совести относительно конфискаций. Булла от 2 августа 1483 года поставила в Испании великого генерального инквизитора, которому были подчинены все трибуналы священной канцелярии. Это место было отдано отцу Томасу де Торквемада, фанатику, с ужасной жестокостью способному, больше чем кто-либо другой, осуществить замыслы Фердинанда и Изабеллы, приумножая конфискации и казни».

Итак, на должность генерального инквизитора Кастилии был назначен Томас де Торквемада. Произошло это в начале августа 1483 года при следующих обстоятельствах.

— Ты позволишь мне самой назначить человека на должность генерального инквизитора? — спросила как-то Изабелла.

Ее супруг Фердинанд расплылся в довольной улыбке:

— Конечно, моя дорогая!

— Я хочу, чтобы на этом месте оказался человек, не мягкий по характеру, а справедливый и трудолюбивый, обладающий к тому же широким кругозором. И я знаю такого человека, да и ты его прекрасно знаешь.

Фердинанд отлично понял, о ком идет речь, и еще раз довольно улыбнулся:

— Назначай, кого хочешь, моя дорогая.

Изабелла тут же послала за Томасом де Торквемада.

Ему было уже 63 года. Он любил тишину своего монастыря, и только твердая уверенность в том, что его присутствие при королевском дворе необходимо, убедила его покинуть его.

Получив послание королевы, Торквемада босиком прошел все расстояние от Сеговии и, не дав себе отдохнуть, предстал перед королем и королевой.

Биограф Изабеллы Лоренс Шуновер пишет: «Фердинанда было нелегко заставить испытать благоговейный трепет: Торквемада обладал внешностью римского императора, а ноги у него были босы, как у нищего. Даже в Кастилии, стране камней и святых, Фердинанд никогда не встречал такое внешнее величие в сочетании с полным пренебрежением к самому себе. Хотя Торквемада вовсе не пытался демонстрировать свою святость. Он не был одет в декоративные лохмотья, задубевшая кожа подошв его ног была чиста; казалось, он действительно старается выглядеть как можно лучше. Удивительным было для Фердинанда услышать, как к королеве обращаются „моя принцесса“, как будто она была маленькой девочкой.

„Этот человек не будет взимать слишком много штрафов, — думал Фердинанд, глядя на него, — но те, которые взыщет, растащить не позволит. Это самый неподкупный человек из тех, которых я когда-либо видел“.

Тем временем Изабелла сообщила своему старому учителю, что хотела бы предложить ему только что учрежденный пост генерального инквизитора Кастилии.

— Боюсь, что люди не будут вас любить, — честно призналась она, — потому что мы, король и я, из-за быстрого роста преступлений, произошедшего во время войны, добавим к вашей юрисдикции и ряд чисто гражданских дел. Вероятно, некоторые нарушители закона, которые без жалоб приняли бы наказание из рук обычных судей, будут протестовать против того, что подобные дела станут рассматриваться церковным судом. Но, так или иначе, преступности должен быть нанесен решительный удар.

— Да, судьи никогда не бывают любимы, брат Томас, — добавил Фердинанд.

— Мне совершенно безразлично, что весь мир будет думать обо мне, — отозвался Торквемада, — до тех пор, пока я выполняю свои обязанности».

Французский философ Жак Маритен в своей книге «Церковь Христа» пишет: «Святой престол сам назначил первого генерального инквизитора в Испании. Это был Торквемада, за которого попросили Изабелла и Фердинанд».