От озера Рангкуль Ионов отправился по реке Оксу к Ак-Ташу, затем 21 июля через перевал Беик вышел в долину реки Карачукура, поднялся по реке на перевал Вахджир и к 25 июля достиг Базаи-Гумбеза. У перевала Беик русские арестовали английского лейтенанта Девинсона и отправили его под конвоем в Маргелан. А у Базаи-Гумбеза был арестован английский капитан Юнгхесбенд, с него Ионов взял письменное обязательство покинуть Памир и более здесь не появляться.

После этого Ионов с казаками через перевал, названный его именем, перешел на южную сторону Гиндукуша и через перевал Болрогиль вернулся обратно в долину Вахандарьи к селению Сархад. Отсюда Ионов направился в долину реки Памир и 11 августа, выйдя через перевал Хзаргош в долину реки Аличур, соединился с пехотой у озера Яшилькуль, откуда и двинулся в обратный путь, в город Ош.

Отряд во время своего движения убедился, что население колеблется относительно своего подданства, и поэтому действовал тут как на территории, бесспорно принадлежащей России — расставлял пограничные знаки, утверждал беков и т.д. Но после ухода русского отряда китайцы и афганцы опять начали хозяйничать в долинах рек Оксу и Аличур, что вынудило туркестанскую администрацию опять отправить в 1892 г. на Памир отряд под началом полковника Ионова.

Отряд был значительно увеличен. В его составе имелось четыре пехотные роты добровольцев, три сотни казаков из 6-го Оренбургского полка, двухорудийный взвод Туркестанской конно-горной батареи и команда саперов.

2 июня 1892 г. отряд Ионова выступил из Маргилана и 17 июня прибыл к озеру Рангкуль, где находился китайский отряд, бежавший при приближении русских войск. 27 июня отряд встал биваком на берегу реки Мургаб (Оксу) около слияния ее с рекой Акбайтал вблизи урочища Шаджан. Здесь Ионов получил сведения о нахождении афганского поста у впадения реки Аличур в озеро Яшилькуль и о готовящемся нападении китайской конницы на русский отряд в случае его движения к озеру.

Ионов решил действовать, он сам выступил против афганцев, а капитана Скерского выслал против китайцев. Скерский выбил китайцев из укрепления Ак-Таш в верховьях реки Оксу, а Ионов, после рукопашной схватки 12 июля, уничтожил афганский пост у Сума-Таша около озера Яшилькуль в долине реки Аличур.

25 июля Ионов двинулся в обратный путь на Мургаб (Оксу). Здесь, на месте прежнего бивака, он заложил укрепление и выслал капитана Скерского с полусотней казаков для рекогносцировки отдаленных районов Памира, где снова появились китайцы.

25 августа Ионов отправился обратно в Фергану, оставив в новом укреплении Шаджанский отряд (160 человек пехоты и 40 казаков) капитана Кузнецова. Кузнецов успокоил китайцев относительно неприкосновенности их территории и наладил с ними дружеские отношения.

Зима 1892/93 г. прошла спокойно. Весной 1893 г. афганцы начали стягивать войска к границам Бухары и производить рекогносцировки в Шигнане и Рушане, собирая с местного населения незаконную подать. Для прекращения произвола афганцев в этот район был послан штабс-капитан Ванновский с двумя офицерами и десятью нижними чинами. Афганцы бежали при появлении команды Ванновского.

В начале 1894 г. на Памир были отправлены подкрепления под командой уже знакомого нам полковника Ионова. В мае 1894 г. Ионов получил сведения о появлении вооруженных афганцев в Шигнане и Рушане и немедленно отправил туда два отряда: подполковника Юденича — по реке Гунт и капитана Скерского — по реке Шахдаре, до впадения обеих рек в Пяндж. В ту же сторону был выслан казачий разъезд капитана Александровича.

Шахдаринский отряд (12 человек пехоты, 20 казаков, 2 орудия) 22 июля прибыл к границе Шигнана, где был радостно встречен местным населением во главе с сыном правителя, присоединившимся к отряду. Однако, подойдя к крепости Рош-Кала 28 июля, отряд был встречен огнем. 31 июля Скерский направил к крепости два отряда, и афганцы покинули Рош-Кала и отошли на 12 верст от бивака русских.

К афганцам подошло подкрепление, но и к отряду Скерского подошла команда капитана Эттингена, у которого было 60 пехотинцев, 12 казаков и пара пусковых станков с 32 осколочно-фугасными ракетами.

С 4 по 8 августа 1892 г. афганцы несколько раз пытались атаковать русских, но каждый раз, попадая под огонь, они отступали. 9 августа афганцы скрытно ушли и через десять дней уже были в пределах владений своего эмира.

Наряду со смелыми действиями русских пехотинцев и казаков следует отметить и блестящую работу расчетов горных орудий и ракетных команд. Чего стоит только переход конно-горной батареи через перевал Акбайтал на высоте 4593 м над уровнем моря. Сейчас далеко не каждый альпинист может похвастаться покорением таких высот, а тут простые солдаты без всякого снаряжения тащили и коней, и пушки.

К концу 1892 г. Памир был окончательно очищен от китайцев и афганцев. Успешные операции русских войск заставили британское правительство вступить в переговоры с Россией.

27 февраля (11 марта) 1895 г. в Лондоне посол России Георг фон Стааль и министр иностранных дел Великобритании лорд Кимберли обменялись нотами по вопросу ограничения подвластных им территорий в Средней Азии. В историю дипломатии этот обмен нотами вошел как «Третье русско-английское соглашение по Средней Азии». (Первое состоялось в 1872—1873 гг., а второе в 1885—1887 гг.)

Условиями «третьего» соглашения были:

1. Соглашение определяло восточный (бухарский) участок северной границы Афганистана.

2. Сферы влияния Росси и Англии на восток от озера Зоркуль разделялись пограничной чертой, которая шла от точки на восточной оконечности озера Зоркуль по гребню горной цепи до перевала Орта-Бель, а оттуда далее на восток, примерно чуть южнее параллели озера Зоркуль, затем пограничная черта поворачивала к пункту Кызыл-Рабат, лежащему на реке Оксу, а оттуда далее на восток до смыкания с китайской границей.

3. Река Пяндж становилась пограничной рекой между Афганистаном и Бухарой, между сферой английских и российских интересов. С этой целью Афганистану отошли бухарские владения к югу от Аму-дарьи, на левом берегу реки Пяндж (округ Дарваз), а к Бухаре присоединились таджикские округа Рушан и Шигнан, а также часть Вахана, лежащая на правом берегу Пянджа.

4. Остальная часть Вахана, лежавшая выше впадения реки Памир в реку Пяндж, так называемый Вахандарья, остался за Афганистаном. Тем самым Россия отделилась узкой полоской афганских владений от Гиндукуша, сохранявшегося безусловно в сфере владений Великобритании.

5. Эта полоска между Гиндукушем и русско-афганской границей, хотя и входила в сферу влияния английских интересов, не была присоединена к владениям Британии, а осталась афганской и на ней не разрешалось возводить ни военных постов, ни укреплений.

6. Установленная соглашением пограничная черта должна быть демаркирована Смешанной русско-английской комиссией погранично-технического характера с участием представителя эмира Афганистана.

7. Обе стороны обязались не вмешиваться в политические дела сферы другой стороны: то есть Россия — к югу от разграничительной линии, а Англия — к северу от разграничительной линии.