В двухдневном сражении Уиндем был разбит наголову и прижат к реке. Но было поздно: на выручку подоспела вся армия Кемпбелла. 6 декабря Тантиа Топи был в свою очередь отброшен на юг от Ганга, и вся линия реки прочно занята англичанами. Таким образом, силы повстанцев, действовавших в Центральной Индии и Ауде, были отрезаны друг от друга.

В начале марта 1858 г генерал Кемпбелла во главе 70-тысячной армии снова подступил к Лакнау. Там англичане соединились со вспомогательным непальским войском, наступавшим с севера. Теперь Маулеви Ахмеда выпустили на свободу. Но время было потеряно. Оборонительные сооружения Лакнау были построены плохо, и они оказались ловушкой для его защитников. Англичане обходили с флангов одну позицию за другой и захватывали их. Борьба продолжалась на улицах, у королевского дворца Кайсар-и-Баг, в его великолепных садах, среди мраморных киосков, фонтанов, статуй. Победители действовали как мародеры. Офицеры делили между собой жемчуга, бриллианты, кашмирские шали, драгоценное оружие. Грабеж в городе продолжался две недели. Добыча превышала 5 млн. фунтов стерлингов. 140 офицеров-мародеров сразу же подали в отставку — они взяли свое, и для них теперь дальнейшее участие в войне теряло всякий смысл. Грабеж и зверство шли рука об руку. «Сам ад вырвался наружу», — сообщал очевидец.

Англичане взяли Лакнау 14 марта 1858 г., но Ауд еще не был покорен. Отступавшая повстанческая армия сохраняла свои силы. Вдохновителем дальнейшего сопротивления был Маулеви Ахмед.

Тем временем английские войска сжимали кольцо вокруг Джанси. Попытка Тантиа Топи заставить англичан снять осаду была отбита с большим уроном для повстанцев. Княгиня Лакшми-Бай лично воодушевляла защитников Джанси. В мужской одежде, с ружьем в руке, она бесстрашно появлялась в самых опасных местах. Другие женщины подносили бойцам патроны, чинили стены под огнем. 2 апреля начался приступ. Борьба продолжалась на улицах, на баррикадах, буквально в каждом доме. Защитники дворца взорвали его, похоронив себя под обломками. Раненые бились до последней капли крови.

В одной из крепостных башен повстанцы продолжали безнадежное сопротивление. Темной ночью Лакшми-Бай спустилась оттуда по веревочной лестнице и ускакала от английской погони. Она застрелила преследовавшего ее лейтенанта. Княгиня примкнула к отряду Тантиа Топи. В одном из последовавших боев эта мужественная женщина погибла от удара саблей английского гусара. Даже противники отдавали ей должное. Генерал Роуз называл Лакшми-Бай «самым мужественным и одаренным вождем повстанцев».

К середине 1859 г. восстание было в основном подавлено. 1 ноября 1858 г. в Индии был обнародован манифест королевы Виктории, объявивший о переходе управления Индией к английской короне и о ликвидации Ост-Индской компании. Королева обещала прощение всем феодалам, примкнувшим к восстанию, исключая тех, кто непосредственно участвовал в убийстве англичан, а также заявляла, что новая власть будет уважать владельческие права индийских феодалов.

После введения Акта об управлении Индией Ост-Индская компания потеряла свое значение, хотя и просуществовала еще до 1873 г. как чисто коммерческая организация.

После отстранения от власти Ост-Индской компании ее вооруженные силы (европейские и сипайские) были обращены в войска королевской службы. Старая сипайская армия фактически прекратила свое существование. В бенгальских войсках из 128 тысяч сипаев 120 тысяч примкнули к восстанию 1857—1859 гг. При реорганизации армии было прежде всего значительно увеличено число англичан. Если до восстания один английский солдат приходился на пять сипаев, то после него это соотношение было повышено до одного к трем. Артиллерийские и технические части комплектовались теперь только из англичан. В сипайских частях было также увеличено число английских офицеров и унтер-офицеров. Наконец, был изменен национальный и кастовый состав сипайских войск. Браманов перестали брать. Вербовка жителей Бенгала и Ауда была прекращена. Сикхи и мусульманские племена Пенджаба, а также воинственные обитатели Непала (гурки) составляли большинство вновь навербованных солдат англо-индийской армии. В большинстве случаев треть полка теперь состояла из мусульман, треть — из индусов, треть — из сикхов, причем и те, и другие, и третьи, принадлежа к различным индийским народностям, исповедовали разные религии и говорили на разных языках. Широко используя национальные и религиозные деления и набирая сипаев из наиболее отсталых племен и народностей Индии (исключение составляли сикхи), англичане надеялись предотвратить повторение событий 1857—1859 гг.

Демаркация западного участка северной границы Афганистана была закончена русско-английским соглашением, подписанным 10 (22) июля 1887 г. в Петербурге. Но восточный участок северной границы Афганистана был по-прежнему не определен. Тут Афганистан граничил с Памиром, который окружавшие его племена именовали «крышей Мира». Разумеется, граница была условной, и никто никогда не занимался ее демаркацией.

Высокогорный район Памира с его суровым климатом сам по себе никогда не интересовал завоевателей. В долинах Памира проживало около 2,5 тысячи таджиков и около 18 тысяч каракиргизов. И те и другие были мусульманами, но таджики относились к шиитам, а киргизы — к суннитам.

К концу XIX века Памир приобретает важное стратегическое значение, поскольку через его перевалы можно было попасть в Кашгарию, Афганистан и Индию.

Впервые русские генералы поднимают вопрос о присоединении Памира в 1876 г. в связи с окончательным покорением Кокандского ханства, в число владений которого формально входил и Памир. Однако в связи с началом Русско-турецкой войны решение этой проблемы было отложено.

С начала 80-х годов XIX века англичане под видом научных экспедиций стали посылать на Памир своих эмиссаров и разведчиков. В свою очередь, Военное ведомство в 1888 г. отправило туда свою экспедицию под командованием капитана Громбчевского. Примеру англичан последовали и китайцы, выставив свои посты в долинах озер Рангкуль и Яшилькуль. Но вскоре туда прибыли войска афганского эмира, оттеснившие китайцев к Рангкулю. В 1890 г. в Кашгар из Индии прибыла английская миссия, официально для учреждения в этом городе консульства, а неофициально для переговоров с китайскими властями о разделе Памира.

Русское правительство не могло допустить, чтобы этот стратегический район был поделен между Англией и Китаем, и приняло решение немедленно занять Памир. Для этого в Маргилане был сформирован специальный отряд, состоявший из охотников (добровольцев) из 2, 7, 15, 16 и 18-го Туркменских линейных батальонов и 24-х казаков из 6-го Оренбургского полка. Всего в отряде было 8 офицеров и 114 рядовых под командованием полковника Ионова.

Ионову было приказано прекратить «хозяйничанье» китайцев и афганцев на Памире, указать на его принадлежность России, по возможности избегать столкновений и производить геодезические съемки. Преодолев с огромными трудностями перевал Тенгиз-Бай (в Алайском хребте), отряд двинулся правым берегом реки Кызыл-Суу и перешел ее вброд напротив урочища Бордаба. Отсюда 10 июля 1890 г. отряд выступил через перевал Кызыл-Арт и 12 июля был на реке Музкол. Здесь отряд разделился: казаки с полковником Ионовым пошли на перевал Уз-Бель и озеро Рангкуль, а пехота с вьюками пошла на перевал Акбайтал. Затем пехота по реке Акбайтал вышла в долину реки Оксу, а оттуда в долину реки Аличур, где и остановилась, охотясь и производя рекогносцировки, пока Ионов с казаками объезжал районы, принадлежавшие к Гиндукушу.