П. Коллинсон считает, что в стремлении стать общеобязательной нормой верований пуританизм потерпел поражение. Многие общины оказались разделёнными внутренними конфликтами между теми, кто придерживался пуританских норм, и теми, кто им сопротивлялся. Пуританизм в восприятии широких масс, считает П. Коллинсон, был пугающим и непонятным из-за его интеллектуального содержания, высоких этических требований, противопоставлявших его традиционному образу жизни. Пуританизм, по мнению Коллинсона, «вбивал культурный клин между «лучшими» и «большинством», «немногими» и «массой». Протестантизм в целом был религией печатного слова, и другим он стать не мог, оставаясь самим собой, и эти черты протестантизма у пуритан даже усиливались. Пуритане стремились реформировать и подавить традиционную народную культуру. Действенность проповедей пуритан могла быть малоэффективной даже при длительном воздействии на прихожан. Но в определённой мере за неудачи можно винить и самих евангелических проповедников, полагает Коллинсон, поскольку они не смогли преподнести свои верования народу в понятной и привлекательной форме. Только некоторые из проповедников находили нужный язык и тональность в разговоре с недостаточно образованными прихожанами. В начале XVII в. стали выходить книги-наставления для проповедников, содержавшие советы, как вести себя во время проповеди, и призывавшие священников проповедовать без излишней театрализации и экзальтации. Одним из способов решения проблемы было составление катехизисов — таким путем пуритане пытались перевести словесные образы проповедей на язык религиозного опыта прихожан. В реформационный период широко распространилась катехизация, к которой прибегали и пуритане. Появилось много неофициальных катехизисов. Некоторые священники были в этой области рекордсменами: книга Стивена Эджертона “A Briefe Method of Catechizing” к 1644 г. была опубликована 44 изданиями. На массового слушателя проповедей оказали наибольшее влияние именно катехизисы.

По мнению М. Толми, «в то время как сепаратизм оставался непопулярной альтернативой для большинства пуритан, появившийся и всё же существовавший в их среде «квазисепаратизм» способствовал возникновению текучей и нестабильной религиозной среды, в которой с существованием сепаратистских общин мирились как с фактом жизни. Пуританский радикализм, сам по себе по своим намерениям не являвшийся сепаратистским, способствовал формированию интеллектуального климата, который позволял развиваться и расти сепаратистским церквам».

Большинство пуритан, не желавших становиться сепаратистами, выбрало стратегию поведения, которую можно, считает П. Коллинсон, охарактеризовать словами, которые Дж. Босси применил к так называемым «церковным папистам» в английском католическом сообществе, ходившим на службы в церковь Англии, но не подходившим к причастию: такая стратегия поведения «давала максимум способности к самоопределению, чтобы не переставать быть самим собой и сохранить свои верования, и в то же время в таком поведении был минимум деструктивной для личности и группы самоизоляции». Пуритане, общаясь в своей среде, начали проводить различие между публичным и частным общением, публичными и частными обязанностями.

Предметом внимания современных историков являются также развитие сепаратизма в первые десятилетия XVII в. и влияние сепаратизма на возникновение английского сектантства, в результате чего были углублены представления о развитии сепаратизма, об идейных связях между радикальными пуританами и сепаратистами, о развитии радикальных направлений в английском протестантизме. Б.Р. Уайт утверждает, что на происхождение сепаратизма в определённом отношении повлиял ещё и труд Джона Фокса «Деяния и памятники английской церкви», поскольку в нём можно было почерпнуть аргументы и увидеть прецеденты отделения от «ложной» церкви. Из числа приверженцев сепаратизма в начале XVII в. сложилась организация Общих баптистов (General Baptists), которая в понимании спасения придерживалась арминианских взглядов, а также организация Партикулярных баптистов (Particular Baptists), придерживавшихся кальвинистского учения о двойном предопределении (одних к спасению, других к гибели). Исследователи отмечают, что умеренные пуритане в первые десятилетия XVII в. погрузились преимущественно в обсуждение вопросов морали и спасения, сепаратисты же не выпускали из поля зрения вопросы церковного устройства. Находившиеся на грани отделения от церкви Англии, но сознательно не переходившие эту грань «не отделившиеся конгрегационалисты» рассматриваются как предшественники индепендентов — в качестве первой такой общины видится община, созданная в 1616 г. Генри Джэкобом. В качестве идейных предшественников индепендентов рассматривают также Уильяма Эймса и Томаса Хукера. Во взглядах индепендентов остался двусмысленным и неопределённым вопрос о соотношении полномочий в управлении общиной общего собрания прихожан и священников.

С. Брэчлоу считает, что между собой были близки взгляды английских сторонников идеи о возможности выявления избранности человека экспериментальным путем (the experimental predestinarians) — традиции в английском пуританизме, основанной Уильямом Перкинсом, а также взгляды Якоба Арминия (сходство своих взглядов и взглядов Перкинса признавал он сам), и взгляды ранних английских общих баптистов. У сепаратистов появилась также идея о том, что влияние крещения проявлялось как действие божественной благодати и выражалось в вере, а не во внешнем смирении, в результате чего подрывался принцип необходимости принадлежности к видимой церковной организации, что дополнительно обосновывало сепаратизм. На рубеже XVI–XVII вв., спасаясь от преследований в Англии, английские сепаратисты стали переселяться в Нидерланды и вступили здесь в идейные контакты с местными кальвинистами, арминианами, анабаптистами. По мнению С. Брэчлоу, вопрос о том, появился ли английский баптизм в результате развития радикального пуританизма и сепаратизма как таковых, или же в результате взаимодействия сепаратистских идей и идей голландских анабаптистов, видимо, никогда не будет решён так, чтобы ответ удовлетворил всех исследователей этой проблемы. По мнению С. Брэчлоу, между идеями первых английских баптистов и теологией и экклезиологией раннего английского сектантства (диссента) есть внутреннее родство: это путь идейного развития от пуританизма к броунизму, от броунизма — к баптизму без отчётливого влцяния континентальных анабаптистов.

Как считает С. Брэчлоу, в управлении церковью радикальные пуритане хотели, с одной стороны, дать реальную власть светским лицам, но также хотели сохранить и авторитет священников. В идеале радикальные пуритане планировали форму церковного правления, которая обеспечила бы совместное и уравновешенное использование власти и прихожанами, и руководителями общины, чтобы предотвратить произвольное правление какой-либо из этих двух сторон. По мнению С. Брэчлоу, эта модель ускользает от точного определения, и поэтому по-разному интерпретировалась и историками, и самими пуританами левого толка. Кальвин, признавая, что властные полномочия в общине принадлежат должностным лицам, придерживался мнения, что в общине ничего не следует делать без согласия прихожан, поскольку община — свидетель и гарант того, что принимаемое решение не является причудой нескольких человек. Известный протестантский деятель середины XVI в. Петр Мартир Вермигли в труде “Loci Communes” развивал мысль о том, что политическая общность с точки зрения реформированного протестантского христианства должна представлять собой сочетание монархии, аристократии и демократии: Христос — это олицетворение монархии, управляющий общиной посредством духа и слова Св. Писания, должностные лица в общине — это аристократия, демократия же в общине проявляется в том, что серьёзные вопросы, относящиеся к форме правления, дисциплине, избранию должностных лиц, решаются с участием и согласием общины.