Пресвитерианин У Траверс в 1580-е гг. высказал идею о том, что подлинная церковь может обойтись без возведённых в сан священников, но при этом заявлял, хотя это было парадоксом, что таинства не могут совершаться без священников, в результате чего даже радикальные пуритане придерживались мнения, что, в том случае, если не удаётся найти подходящего священника, община должна подчиняться тем священникам, которых Бог ей дал. В то же время Траверс настойчиво проводил мысль о том, что священник тесно связан с конкретной общиной, и апостолы всегда возводили отдельных лиц в дьяконы, пасторы, старосты не вообще, а для определённой конкретной общины.

В трудах пресвитериан остался нерешённым вопрос о том, кому во власти над общиной и при выборе руководства общины принадлежит больший авторитет — собранию прихожан или должностным лицам, но по мере того, как спор об этом развивался, У Траверс и Т. Картрайт приходили к выводу, что в случае конфликта между должностными лицами в общине и прихожанами по поводу выборов как решающее, в конечном счете, следует рассматривать мнение народа вплоть до отказа от предлагаемой к избранию кандидатуры и права общины на вето. Но Траверс и тут сумел придать своим рассуждениям неоднозначность: на основе текста Деяний Апостолов 6 и 14 он утверждал, что власть принадлежит общине в целом лишь в новых общинах, в которых должностные лица ещё не избирались, а после проведения первых выборов власть уже переходит к должностным лицам. Так же двусмысленно у пресвитериан толковались и вопросы церковной дисциплины, согласно которой управление общиной понималось как сочетание монархии, аристократии и демократии, в котором вопросы управления решались совместно должностными лицами и народом, и обе эти инстанции, как предполагалось, должны были руководствоваться Св. Писанием.

Как отмечает С. Брэчлоу, при всех разногласиях в толковании вопроса о распределении в управлении общиной прав между должностными лицами и народом пресвитерианская форма церковной организации поднимала на более высокий уровень роль светских лиц в общине. Можно предполагать, что идеалом для Траверса была церковная демократия, когда каждый член общины был бы настолько рассудителен, чтобы мог принимать участие в решении дел, связанных с делами управления, но в действительности из-за испорченности человеческой природы и невежества даже среди пресвитериан истинная демократия оказывалась невозможной, и поэтому в управлении церковью приходилось довольствоваться формой, в которой были только элементы демократии. Найденные в свое время П. Миллером в церкви Англии «не отделившиеся конгрегационалисты» (Пол Бейнс, Уильям Брэдшоу, Уильям Эймс, Роберт Паркер, Генри Джэкоб) тоже были сторонниками смешанной формы управления церковной общиной. Двумя характерными чертами конгрегационалистских общин были представление об ограничении членства в них только избранными и автономия отдельных общин. В случае, когда, признавая право голоса в делах за общиной, должностные лица пытались действовать в делах управления только самостоятельно, методом воздействия членов общины на руководство «не отделившиеся конгрегационалисты» признавали финансовое давление — отказ вносить средства на нужды общины.

С. Брэчлоу находит у сепаратистов, как и у радикальных пуритан, стремление сочетать в управлении церковной общиной элементы монархии, аристократии и демократии. С. Брэчлоу не соглашается с П. Лейком, который утверждал, что сепаратисты выражали стремление к популистскому бунту против какой-либо формы правления общиной священниками, руководившими общиной. По мнению С. Брэчлоу, сепаратистов не следует изображать «демократическими экстремистами» в церковных делах — они предоставляли исполнительную власть в общине священникам, хотя ранее историки считали, что Роберт Броун подчинял священников общине. С. Брэчлоу, в отличие от мнения этих историков английского сепаратизма и конгрегационализма, на основе анализа трактата Роберта Броуна “A Book which Showed” (1582) пришёл к выводу, что приписывание Броуну идеи о подчинении священников общине неосновательно. В то же время в реальной жизни броунистских сепаратистских общин возобладала, так сказать, «демократическая сторона экклезиологии Броуна»: в его собственной общине разразилась ссора, в результате которой его самого — священника, руководившего общиной, изгнали из неё. При этом сепаратисты могли быть также не совсем последовательными в своих высказываниях, что и порождает трудности в интерпретации их взглядов о роли и месте священника в общине. Не сепаратисты, а только баптисты стали переходить к идее о том, что совершить крещение может не только священник, но и член их общины «святых и избранных», как они понимали себя.

Ординацию (возведение в сан) священника, по мнению сепаратистов, должны были производить церковные старосты и лишь в исключительных случаях светские лица, но только лучшие из них, выдвинутые самой общиной. В общине также, по мнению сепаратистов, могли выдвигаться и пророки из числа светских лиц, но это должно было происходить, в первую очередь, в новых общинах, где ещё не было священников, или эти светские лица предназначались для последующего возведения в священники. Сепаратисты тоже по-своему опасались анархии в религиозных и общественных делах, хотя, например, П. Коллинсон сомневается, осознавали ли сепаратисты анархические последствия своих взглядов.

Б.Р. Уайт также считает, что сепаратистская традиция в основной линии своего развития подчиняла священников общине, и только у баптистов священники были подчинены непосредственной власти общины, собравшейся для проведения службы.

Во взглядах английских пресвитериан уже в 1580-е гг. исследователи находят конгрегационалистские склонности. У Траверс в «Книге Дисциплины» оставлял на усмотрение самой религиозной общины вопрос о том, будет ли она подчиняться распоряжениям вышестоящего синода, что придавало взглядам Траверса сходство не с пресвитерианством, а с конгрегационализмом. В шотландской пресвитерианской церкви решения вышестоящих синодов были обязательны для церковных общин. Эту же позицию исследователи обычно приписывают английским пресвитерианам, но С. Брэчлоу считает, что это не совсем верно, и это заметил также П. Коллинсон, писавший, что за вышестоящими синодами английские пресвитериане признавали главным образом право совета для общины, а не властные полномочия по отношению к себе, что уже напоминало взгляды будущих индепендентов и начало дрейфа в сторону конгрегационализма. По мнению С. Брэчлоу, это показывает, что сепаратизм и конгрегационализм могли развиться из пресвитерианства. Он полагает, что не существовало разрыва и различий между пресвитерианами времени правления Елизаветы и «не отделившимися конгрегационалистами» времени правления Якова I: «радикалы времени правления Елизаветы, считает С. Брэчлоу, уже подходили к конгрегационалистским идеям и наклонностям, хотя среди них, как он считает, были сторонники точки зрения о том, что вопросы церковного устройства — это второстепенная по значению проблема (adiaphora). С. Брэчлоу считает, что конгрегационалисты времени правления Якова I не выдвинули идей, которые были бы качественно новыми но сравнению с тем, к чему стремились уже радикальные пуритане времени правления Елизаветы. Английские конгрегационалистские общины, появившиеся в 1620–30-е гг. в Нидерландах, уже отвергали право синода вторгаться в жизнь отдельной общины. В то же время, считает С. Брэчлоу, конгрегационалистские церкви считали необходимым сохранение, хотя и в ограниченном смысле и со своей спецификой, христианских идеалов католичности и единства в общении между истинными церквами.