На четвертый день после заговора и убийства Павла I, его сын новый император Александр I дал указ Сенату «О прощении людей, содержащихся по делам, производившимся в Тайной экспедиции». На 12 марта 1801 года по делам Тайной экспедиции находились в тюрьмах, в ссылке и под наблюдением всего около 700 человек. Из них к 21 марта были «прощены» и освобождены 482 человека, собирались справки о 54 лицах и неосвобожденными оставались еще 164 человека. По состоянию на 15 мая 1802 года в России непомилованными из семисот остались всего 115 человек.

На фоне последовавших в недалеком будущем кровавых событий Тайная экспедиция представляется не таким уж страшным ведомством, как казалась современникам. Небольшой штат и бюджет, отсутствие местных (губернских и уездных) «органов», примитивные методы работы без «натасканных на охоту» штатных осведомителей не позволили ей залить страну кровью, как это произошло, например, в годы ВЧК-ОГПУ или Большого террора. Поэтому и относительно скромные результаты: всего-то сотни казненных, тысячи сосланных и десятки тысяч поротых за неполную сотню лет — все это не идет ни в какое сравнение с тем, что ждало страну через сто — сто тридцать лет.

Рожденная в эпоху Петровских реформ Тайная экспедиция была упразднена манифестом Александра I от 2 апреля 1801 года, который гласил: «Как с одной стороны, впоследствии времени открылось, что личные правила, по самому своему существу перемене подлежащие, не могли положить надежного оплота злоупотреблению, и потребна была сила закона, чтобы присвоить положениям сим надлежащую непоколебимость, а с другой, — рассуждая, что в благоустроенном государстве все преступления должны быть объемлемы, судимы и наказуемы общею силою закона, мы признали за благо не только название, но и само действие Тайной экспедиции навсегда упразднить и уничтожить, повелевая все дела, в оной бывшие, отдать в Государственный архив к вечному забвению: на будущее же время ведать их в 1-м и 5-м департаментах Сената и во всех присутственных местах, где ведаются дела уголовные».

Молодой император, видимо, искренне полагал, что существование Тайной экспедиции объяснялось «нравами века и особенными обстоятельствами времен протекших», а в «благоустроенной» стране надобность в политической полиции отпала.

Однако закрытие Тайной экспедиции не привело к свертыванию политического сыска. Такие события, как крушение «старого порядка» во Франции, казнь Людовика XVI, противостояние с Наполеоном и французской разведкой, в то время одной из лучших в мире, и изменение границ в Европе, показали Александру I и его окружению, что обычная полиция не может обеспечивать защиту государственной безопасности. Политический сыск для государства оказался необходимым и востребованным. Поэтому с течением времени нить, а точнее сеть политического сыска не рвалась, а лишь меняла размер ячеек, цвет и крепла. Она потянулась от Преображенского приказа к Тайной розыскных дел канцелярии, далее к Тайной экспедиции Сената, Третьему отделению Собственной его императорского величества канцелярии, Департаменту полиции МВД, ВЧК, ОГПУ, НКВД, МГБ и дальше. И на всех этапах развития политического сыска сначала «врагов самодержавия», а затем «врагов народа» в эту сеть загоняли доносчики.

В борьбе с революционным движением политической полицией Российской империи практиковались два метода. Первый состоял в том, что революционной организации давали сплотиться и затем ликвидировали ее, сдавая прокуратуре с доказательствами виновности. Второй же заключался в систематических ударах по революционным деятелям, чтобы мешать их работе, не позволять укреплять организацию, компрометировать в глазах их же товарищей как деятелей неконспиративных и неэффективных, способствовать их отстранению от руководства, то есть предупреждать преступления, а не только пресекать их. В каждом из этих методов деятельность полиции по пресечению противозаконной деятельности революционных организаций, преступных сообществ и отдельных лиц, как и святейшей инквизиции, базировалась на использовании агентурной информации. Эту информацию поставляли штатные агенты наружного наблюдения (филеры) и агенты для «внутреннего освещения» — секретные сотрудники (сексоты), которые не состояли в штате полиции, и их сотрудничество носило тайный характер. Они вербовались из числа участников революционных организаций и сообщали полиции сведения об их деятельности.

Организация работы секретных сотрудников изложена в совершенно секретной «Инструкции по организации и ведению внутреннего наблюдения в жандармских и розыскных учреждениях», разработанной в 1907 году. «Красной нитью» через инструкцию проходит постулат, что «единственным, вполне надежным средством, обеспечивающим осведомленность розыскного органа о революционной работе, является внутренняя агентура». Особое внимание в инструкции обращалось на «заагентуривание руководящих деятелей революционных организаций». «В состав внутренней агентуры должны входить лица, непосредственно состоящие в каких-либо революционных организациях (или прикосновенные к последним), или же лица, косвенно осведомленные о внутренней деятельности и жизни хотя бы даже отдельных членов преступных сообществ. Такие лица, входя в постоянный состав секретной агентуры, называются агентами внутреннего наблюдения». Агенты, состоящие в революционной организации или непосредственно и тесно связанные с членами организаций, именуются секретными сотрудниками. Лица, не состоящие в организациях, но соприкасающиеся с ними, исполняющие различные поручения и доставляющие сведения по партии, в отличие от первой категории, называются вспомогательными сотрудниками или осведомителями. Осведомители делятся на постоянных, доставляющих сведения систематически, и случайных, доставляющие сведения случайные и маловажные. Осведомители, доставляющие сведения хотя бы и постоянно, но получающие плату за каждое отдельное свое донесение, называются штучниками. «В правильно поставленном деле, — предупреждает инструкция, — “штучники” — явление ненормальное, и они нежелательны, так как, не обладая положительными качествами сотрудников, они быстро становятся дорогим и излишним бременем для розыскного органа». «Секретные сотрудники должны быть постоянными и должны своевременно удовлетворяться определенным ежемесячным жалованьем, размер коего находится в прямой зависимости от ценности даваемых ими агентурных сведений и того положения, которое каждый из них занимает в организации. Весьма полезно поощрять денежными наградами тех сотрудников, которые дают определенные и верные сведения, способствующие успеху ликвидации».

Агентура классифицировалась по направлениям деятельности. Тюремная агентура формировалась из числа лиц, содержащихся под стражей. Основным стимулом к работе для этой категории осведомителей являлось представление к сокращению сроков наказания.

При формировании сельской агентуры «лучшим элементом являются содержатели чайных, хозяева и прислуга постоялых дворов, владельцы мелочных лавок, сельские и волостные писаря, крестьяне, не имеющие наделов и работы, а потому проводящие все свое время в трактирах и в чайных».

Особое внимание обращалось на агентуру в высшей школе. Рекомендовалось «помимо обычного контингента для заполнения кадров агентуры (профессоров и студентов), иметь в виду использование членов академических союзов, идейно стремящихся прекратить смуту и охотно дающих сведения, даже безвозмездно». Давались также рекомендации и советы по формированию агентуры железнодорожной, фабричной, профессиональной и просветительной. Для просветительных обществ в инструкции рекомендовалось заводить секретных сотрудников непосредственно в правлениях обществ.