Последовавшее вслед за этим обсуждение показало, что идеи отмены существовавших жестких ограничений по признакам национальной, вероисповедной или сословной принадлежности и установления в России гражданского равенства нашли самый широкий отклик у депутатов. Они воспринимались как самоочевидные истины, которые следовало не доказывать, а практически реализовывать в жизни России, в том числе и через принятие соответствующих законов.

Либеральная печать, подводя итоги деятельности Первой думы в вопросах реформирования вероисповедного законодательства, отмечала, что нельзя мириться с половинчатым решением, предлагаемым властью. Нужно не просто расширение уступок в пользу требования веротерпимости, а «нужен разрыв» с прежними политическими традициями, видевшими в союзе церкви и государства оплот и основу строя. Подчеркивалось, что исходным пунктом новой политики государства в вероисповедных вопросах должен быть принцип свободы совести как неотъемлемое право человека и гражданина.

В период между разгоном Первой думы и созывом Второй думы проявились противоречия относительно вероисповедной реформы и во властных структурах. Витте, при всех своих колебаниях ратовавший за их продолжение, натыкался на стену «непонимания» со стороны правых, которые объединились против него еще со времен октябрьского манифеста о свободах и жаждали реванша. Нежелание реформирования вероисповедной политики Витте объяснял тем, что «фактическое проявление революции скопом подавлено». В докладе Николаю II с просьбой о своем освобождении от должности премьер-министра он, разъясняя свою позицию, писал: «По некоторым важнейшим вопросам государственной жизни, как, например, крестьянскому, еврейскому, вероисповедному и некоторым другим, ни в Совете министров, ни во влиятельных сферах нет единства. Вообще, я не способен защищать такие идеи, которые не соответствуют моим убеждениям, и потому я не могу разделять взгляды крайних консерваторов, ставшие в последнее время политическим кредо министра внутренних дел».

В феврале 1907 года открылись заседания Государственной думы второго созыва. Среди ее 509 членов было 20 православных священников и два епископа.

6 марта в Думу прибыл новый председатель Совета министров П. А. Столыпин. В своей программной речи премьер охарактеризовал «реформы последнего времени» в России «перестройкой» всего государственно-национального бытия. Она должна, по его убеждению, превратить Россию в недалеком будущем в правовое государство, где главенствует писаный «закон», а не воля «отдельных лиц». Он призвал депутатов всемерно содействовать принятию необходимых России законов. Этих, как выразился Столыпин, «материальных норм», которые только и могут определить и установить «твердые устои новоскладывающейся государственной жизни России».

Представляя правительственные законопроекты по различным областям экономической, социальной и политической жизни, Столыпин остановился и на вероисповедной политике государства. Он признал, что эта сфера, как никакая другая, нуждается в срочных реформах, поскольку явственно обнаружился правовой вакуум. Хотя свобода совести и возвещена указом от 17 апреля и манифестом от 17 октября 1905 года, но правовой механизм ее обеспечения отсутствовал. Премьер призвал в срочном порядке внести изменения в действующее законодательство, а также выработать новые вероисповедные законы.

С этой частью выступления никто не спорил, ибо она соответствовала и настроениям думцев, и настроениям общества. Вопрос заключался в том, на каких принципах будет выстраиваться вероисповедная политика государства: на традиционной идее «православно-христианского государства» или на идее «светского государства». Что касается Думы, то она сохраняла приверженность идеям, изложенным в прошлогоднем (1906) законопроекте кадетов «О свободе совести».

Премьер же связал свое личное и правительства в целом понимание сути и направленности необходимых для России вероисповедных реформ с отношением Русского государства с Российской православной церковью. В его устах это выглядело так: «…многовековая связь Русского государства с Христианской Церковью обязывает его положить в основу всех законов о свободе совести начала Государства Христианского, в котором Православная Церковь, как господствующая, пользуется данью особого уважения и особой со стороны государства охраною. Оберегая права и преимущества Православной Церкви, власть тем самым призвана оберегать полную свободу ее внутреннего управления и устройства и идти навстречу всем ее начинаниям, находящимся в соответствии с общими законами государства. Государство же и в пределах новых положений не может отойти от заветов истории, напоминающих нам, что во все времена и во всех делах своих русский народ одушевляется именем Православия, с которым неразрывно связана слава и могущество русской земли».

Если отбросить пафос и патетику, то выясняется, что в существе своем политика в отношении религиозных организаций остается неизменной. Правительство оставалось на позициях «христианского государства» и в своих практических шагах собиралось руководствоваться данной идеологией. Чтобы как-то завуалировать, смягчить обнаружившееся принципиальное расхождение в подходах к вероисповедным реформам между Думой и правительством, Столыпин заявил, что «права и преимущества Православной Церкви не могут и не должны нарушать прав других исповеданий и вероучений» и что в целях «укрепления начал веротерпимости и свободы совести» правительство внесет соответствующие законопроекты.

Вторая дума оказалась еще более левой по своим настроениям, чем Первая. А потому Николай II пошел и на ее досрочный роспуск, о чем сообщалось в манифесте от 3 июня 1907 года. Одновременно был опубликован и новый избирательный закон. Его цель, как и задумывалось П. А. Столыпиным, не допустить в Думу оппозицию. Для этого были кардинально пересмотрены квоты выборщиков в пользу помещиков и буржуазии при одновременном сокращении возможностей крестьянского населения и рабочих. Полностью были лишены представительства десять областей и губерний в азиатской части России под предлогом отсутствия у населения «достаточного развития гражданственности». Сокращено общее число депутатов Думы. Землевладельческая курия увеличила по новому закону число выборщиков почти на 37 процентов, а крестьянская и рабочая курии сократились, соответственно, на 45 и 46 процентов выборщиков. В результате по землевладельческой курии один выборщик приходился на 230 человек населения, по крестьянской — один на 60 тысяч, по рабочей — один на 125 тысяч человек.

Результат получился таким, каким его планировало правительство П. А. Столыпина: большинство в Думе оказалось за правыми и националистами, сплотившимися на началах «национализма и русскости», а кадеты и левые партии были низведены до оппозиционных фракций, не имевших существенных возможностей влиять на ход законотворчества в Думе и на ее работу в целом.

Нельзя не заметить, что православная церковь выступила в этот момент послушным механизмом власти. Правящие архиереи и приходское духовенство призваны были возвещать причины и обстоятельства «вынужденного» роспуска Думы, не оправдавшей, по мнению властей, «народных ожиданий». К примеру, в Москве в Историческом музее состоялось заседание специальной комиссии по вопросам проведения Чтения для рабочих. Перед участниками выступил с речью митрополит Московский Владимир (Богоявленский). Профессор П. Тихомиров следующим образом откликнулся на эту речь: «Власти церковные, послушные рабы самодержавной политической бюрократии, запрещают священникам становиться в ряды революционных партий во имя принципа невмешательства в мирскую борьбу, но считают вполне совместимым с этим принципом служить благодарственные молебны по поводу разгона Государственной думы, защищать политические убийства, совершаемые реакцией при посредстве фиктивных (военных) судов, благословлять погромные черносотенные организации и т. д.».