В декабре 1906 года Сергий вызывается в заседание Синода. Ему было поручено председательствовать в Учебном комитете, одновременно он занимался исправлением богослужебных книг. В Синоде он был оставлен и на зимнюю сессию 1907 года. Тогда же архиепископ Сергий был избран почетным членом Санкт-Петербургской духовной академии. В 1910 году Сергий принимал деятельное участие в работе синодальной комиссии по выработке нового устава духовных академий. Начиная с мая 1911 года он становится постоянным членом Святейшего синода, работая и в летнюю, и в зимнюю сессии.

Все старания иерархии и церковной общественности провести Церковный собор не завершились положительным результатом. В 1908 году труды Предсоборного присутствия были положены на полку. Ни царь, ни правительство в условиях острого противостояния с обществом по вопросу вероисповедных реформ не решились на практические шаги по подготовке Поместного собора Российской церкви.

К этой идее вернулись лишь в марте 1912 года, когда революционное движение было подавлено, а в Думе третьего созыва проправительственные политические фракции смогли наконец сформировать большинство и выставить заслон предложениям демократических сил по расширению религиозных свобод. Не оставался в стороне и Святейший синод Российской православной церкви, который в специальном определении выражал свое отрицательное отношение ко всем вероисповедным законопроектам, представленным оппозицией. По его мнению, они страдали чрезмерным либерализмом, подрывали исторически сложившийся союз православной церкви и самодержавия, умаляя значение православия в общественной и личной жизни граждан, способствовали распространению в России чуждых ей религиозных взглядов. Синод настойчиво предлагал сохранить за Российской православной церковью ее «первенствующее» и «господствующее» положение, обеспечить защиту прав и привилегий церкви и «незыблемость православной веры»; не дозволять старообрядцам распространять свое вероучение; сохранить законы, карающие за «совращение» в раскол. Готовить документы и материалы к Поместному собору поручалось Предсоборному совещанию. Возглавил его в качестве председателя Сергий Страгородский. Однако и на этот раз Собор созвать не удалось. Самодержавие не пожелало формирования иного центра притяжения интересов и сил общества, который, как оно считало, будет в той или иной мере противостоять императорской власти.

В мае 1911 года пост обер-прокурора Святейшего синода занял В. К. Саблер, многие годы бывший ближайшим соратником К. П. Победоносцева. Придя к власти, он развил бурную деятельность, сопровождавшуюся громкими фразами о церковных реформах, церковности, благе отечественной церкви. Только летом 1911 года было создано множество комиссий и разработано не меньшее число проектов, которые, по его утверждению, должны были разрешить все основные вопросы церковной жизни, но только так, как это представляло себе ультраконсервативное крыло православной церкви.

Подготовленный новый устав духовных академий расширял права монашеского начальства в управлении академиями, а преподавателям духовно-учебных заведений вновь было объявлено о недопустимости их принадлежности к каким-либо союзам, партиям, организациям, не одобренным церковной властью. Предлагаемая приходская реформа еще больше урезала права прихожан, а полномочия архиереев и духовенства, наоборот, возрастали. В вопросе об обеспечении духовенства был намечен принципиально новый курс, предполагавший ввести государственное содержание духовенства, что, с одной стороны, должно было сделать его еще более зависимым от власти, а с другой — отдалить от прихода и прихожан.

Саблер настаивал на продолжении победоносцевского курса на поддержку и расширение сети церковно-приходских школ, увеличения их субсидирования за счет государственного бюджета. Продолжил он и практику широкого участия духовенства в думской избирательной кампании, при этом стремился к максимальной координации усилий церкви с Министерством внутренних дел. В феврале — марте 1912 года в канун выборов в Четвертую Государственную думу Синод и епархиальные управления указывали приходскому духовенству на необходимость голосовать за партии правее октябристов. В отличие от предшествующих выборов предлагалось не столько выдвигать в Думу священников, сколько добиться их максимального участия в голосовании в качестве выборщиков на уездном уровне, вбрасывать на чашу выборных весов голоса православного духовенства.

Для Сергия Страгородского возвращение Саблера, с которым он был в дружественных отношениях еще во времена Победоносцева, создавало дополнительные возможности роста церковной карьеры. Теперь часто можно было видеть их и в столице, и в Москве, на всевозможных церковных и общественных мероприятиях и при царском дворе, на торжественных богослужениях и «согласно» работающих на заседаниях Синода.

Очень часто именно Сергию Страгородскому поручались дела щепетильного свойства, требовавшие умения, даже отказывая в чем-либо, не создавать конфликтной ситуации. Так, к примеру, было в 1912 году с непременным желанием великого князя Константина Константиновича видеть поставленной на сцене написанную им пьесу «Царь Иудейский». Церковь в целом отрицательно относилась к общедоступному театру как к месту, где «развлекают и развлекаются», и не приветствовала появление в театральных репертуарах пьес духовного свойства. Вот и в этот раз Синод поручил Сергию направить автору письменный отрицательный ответ. Архиепископ, следуя восточной мудрости — если хочешь ужалить, сначала смажь кончик своего языка медом, — дал восторженную оценку пьесе: она, по его мнению, излагает события с соблюдением верности евангельскому повествованию, проникнута благоговейною настроенностью и вызывает в душе верующего много высоких, чистых переживаний, способных укрепить его веру и любовь к Пострадавшему за спасение мира. Но если против появления пьесы в печати Синод не возражал, на что указывал Сергий, то в постановке этой драмы на театральной сцене Синод решительно отказал.

«Надеяться на то, что введение в театральный репертуар пьес, подобных „Царю Иудейскому“, — писал Сергий, — облагородит самый театр, сделает его проводником евангельской проповеди, невозможно, так как для этого необходимо было бы удалить из него все пьесы иного характера, а также и исполнителей их; актеров из обычных профессиональных лицедеев превратить в своего рода духовную корпорацию с соответствующим укладом жизни. Но все это немыслимо до тех пор, пока театр остается театром, т. е. в лучшем случае, для художников, — храмом искусства для искусства, в худшем же, для обыкновенных посетителей театра, — местом, прежде всего, развлечений. Скорее наоборот, драма „Царь Иудейский“, отданная на современные театральные подмостки и в руки современных актеров, не только не облагородит театра, но и сама утратит свой возвышенный, духовный характер, превратившись в обычное театральное лицедейство, при котором главный интерес не в содержании, а в том, насколько искусно играет тот или другой актер. Но если религиозное чувство оскорбляется так называемым театральным чтением и пением в церкви, то тем более оно должно будет возмущаться, когда наивысший предмет его благоговения сделается материалом для сценических опытов заведомых профессиональных лицедеев».

В 1912 году долго и тяжело болел первенствующий член Святейшего синода митрополит Санкт-Петербургский Владимир (Вадковский). При дворе активно обсуждался вопрос о возможном преемнике. Не без протекции В. Саблера наиболее приемлемым кандидатом воспринимался архиепископ Финляндский Сергий Страгородский. После кончины и погребения Антония на первом же докладе обер-прокурора Николай II спросил его: «Кто же будет у нас митрополитом на месте покойного митрополита Антония?» Саблер доложил, что «предназначен» архиепископ Сергий (Страгородский). Ответ императора был неожиданным для обер-прокурора: «Нет, хотя я и очень люблю владыку Сергия, но митрополитом его назначить нельзя, так как он глухой». Как оказалось, на государя произвело неприятное впечатление недоразумение, произошедшее в день Богоявления при освящении воды, которое совершал владыка Сергий. Во время службы Николай обратился к нему с каким-то вопросом, но тот не расслышал, и это императору не понравилось. Пришлось искать новую кандидатуру, и ею в конце концов оказался митрополит Московский Владимир (Богоявленский).