Одной из первоочередных задач после издания манифеста стала необходимость разработки нового избирательного закона, внесения поправок и дополнений в законодательные акты, определяющие состав, порядок формирования и полномочия Государственной думы и Государственного совета и их соподчиненность.

Данная работа была поручена образованной 28 октября специальной комиссии (Особое совещание) под председательством члена Государственного совета графа Д. Сольского. С ноября 1905-го по январь 1906 года она провела десять заседаний, на которых особенно бурно обсуждался вопрос привлечения в состав Государственного совета «выборного элемента» из наиболее «устойчивых по взглядам и направлениям слоев населения». Вполне естественно, что речь зашла и о духовенстве. Большинство членов комиссии поддерживали идею включения в состав Государственного совета представителей от православной церкви.

Лишь очень немногие высказывали иное мнение. В частности, известный правовед, член Государственного совета Н. С. Таганцев считал, что в разрешении этого вопроса следует исходить из «государственной», а не «политиканствующей» точки зрения. Многообразие вероисповеданий, присущих народам России, требовало учесть их интересы и обеспечить представительство в высших органах власти.

Подготовленные комиссией Сольского проекты законов в феврале 1906 года были вынесены на окончательное обсуждение Особого совещания в Царском Селе под председательством Николая II. Из воспоминаний Н. С. Таганцева явствует, что когда зашел разговор о представительстве духовенства, то присутствующие — министры, члены Государственного совета и иные высшие сановники — были единодушны. Даже не возникала мысль, что наряду с представительством государственной церкви может существовать, хотя бы в самом минимальном виде, представительство иных религий и церквей, признаваемых Основными законами Российской империи. Таким образом, не были учтены интересы тех миллионов российских подданных, которые, согласно законам (ст. 66, 67), «пользовались свободою веры», не говоря уже об игнорировании интересов «нетерпимых» государством «раскольников» и «сектантов». В итоге решено было допустить в Государственный совет только представителей Русской церкви: трех — от черного и трех — от белого духовенства.

Одновременно в эти же месяцы в обстановке строжайшей секретности велась работа над новой редакцией Основных законов Российской империи. Первоначальный проект готовила Государственная канцелярия. Он представлял собой компиляцию различных европейских конституций и предусматривал за законодательными палатами достаточно широкие полномочия. В нем была и такая новация, как специальная глава «О правах российских подданных». Среди упоминавшихся в нем прав было и право на свободу совести и вероисповедания. Специальные статьи провозглашали равенство перед законом всех подданных, независимо от происхождения и вероисповедания; уравнивали в правах подданных, как исповедовавших господствующую религию, так и «инородцев».

В конце февраля 1906 года проект поступил в Совет министров. Любопытно, что Витте советовал сопоставить этот текст с конституциями Пруссии, Австрии, Японии, чтобы заимствовать оттуда «полезные консервативные элементы». И действительно, проект канцелярии, обсуждавшийся в марте, подвергся столь существенным изменениям, что можно говорить о рождении фактически второго проекта законов — министерского. Он носил сугубо «ограничительный» характер, ставил под сомнение целесообразность включения главы «О правах подданных» и отвергал какое-либо «расширение» прав подданных. В специально подготовленной и подписанной членами Совета министров мемории на имя Николая II предлагалось: «…в видах ближайшего согласования правил об основных правах и обязанностях российских подданных с современными условиями жизни нашего государства исключить из подлежащей главы некоторые не отвечающие этой цели статьи и восполнить оную особою статьею, подтверждающей свободу совести на основании указа Вашего Величества от 17 апреля 1905 г. об укреплении веротерпимости».

20 марта 1906 года С. Ю. Витте представил царю измененный Советом министров проект Основных законов вместе с меморией министров. Сам председатель Совета министров при этом предложил основную статью о религиозной свободе в следующей редакции: «Российские подданные пользуются свободою вероисповедания по велениям своей совести. Условия перехода из одного вероисповедания и вероучения в другое определяются законом».

На 7 апреля Николай II назначил третье секретное совещание в Царском Селе для обсуждения обоих проектов. Оно продолжалось несколько дней. Приглашены были великие князья, министры, несколько членов Государственного совета и другие высшие чиновники. Ряд участников предыдущих совещаний, продемонстрировавших свою либеральную позицию, приглашены не были.

Среди участников совещания проявились две позиции. Одна, ее излагал И. Л. Горемыкин, заключалась в отрицании необходимости включения в Основные закона главы о правах подданных. Сторонники другой, например Д. М. Сольский, С. Ю. Витте, отстаивали включение, хотя и с различной мотивировкой, данной главы. Однако полноценного обсуждения содержания второй главы не было. Большинство присутствовавших даже и не помышляло о «возвращении» изъятых Советом министров статей «о правах». Не подлежала обсуждению и глава Основных законов Российской империи «О вере».

Накануне открытия заседаний Первой Государственной думы Николаю II был представлен окончательный вариант, исполненный по его поручению небольшой группой лиц из ближайшего окружения. Он был утвержден императором 23 апреля, за четыре дня до открытия заседаний Думы. Без изменений, лишь с незначительными редакционными поправками осталась глава «О вере», определявшая взаимоотношения государства и православной церкви и обеспечившая ее особое положение и привилегии. В главе же «О правах и обязанностях российских подданных» сохранилась лишь одна статья (81-я), касавшаяся вопросов веры и гласившая: «Российские подданные пользуются свободою веры. Условия пользования этою свободою определяются законом». Однако статья эта без четко и конкретно разработанного законодательства обречена была оставаться всего-навсего декларацией, отнюдь не гарантирующей прав граждан в выборе религии. Разработка законопроектов по конкретным направлениям религиозного законодательства была возложена на Министерство внутренних дел.

Как видим, государство даже в условиях революции продолжало ориентироваться на сохранение особых отношений с Российской православной церковью и стремилось опереться на нее в период политической нестабильности. Не предполагалось вводить какие-либо принципиальные изменения ни в вероисповедную политику в целом, ни в положение всех других религиозных объединений.

Вместе с тем российское общество, можно сказать, впервые получившее возможность публичного обсуждения вероисповедных проблем, было предрасположено к более радикальным шагам. Периодические партийные, общественные и частные издания были переполнены статьями на эти темы. В них возможность проведения вероисповедных реформ жестко увязывалась с политическими преобразованиями в стране. Под особенным огнем критики оказался исторический девиз последних столетий российской власти: «Православие. Самодержавие. Народность», который представлял «весь ужас старой, отживающей опасности». В журнале «Московский еженедельник», где во множестве печатались авторы, симпатизировавшие кадетским воззрениям, об этом говорилось следующим образом: «…православие, религиозный кодекс, внешняя ненарушимость которого охраняется светским главой церкви при помощи полиции и жандармов. С помощью самодержавия этот девиз выражался в том, что все иноверные и даже инославные народы подвергались ограничениям в правах, которые упразднялись сейчас же, как только данное лицо внешним образом принимало православную личину. Благодаря этому, никто не мог добровольно из православия уйти, самое православие приобретало в качестве новых сынов церкви недостойных лицемеров, а вся религиозная жизнь народа задерживалась в своем развитии».