2 июня ответственный руководитель ТАСС Я.С. Хавинсон направил В.М. Молотову письмо, в котором предлагал «обратить самое серьезное внимание на деятельность так называемой Балтийской Антанты», ориентирующейся на Англию и Францию. Автор письма, ссылаясь на слухи, обвинял Эстонию, Латвию и Литву в создании тройственного военного союза, в стремлении к хозяйственному и государственному объединению. «Для каких иных целей, кроме как не для целей антисоветской возни, существует в настоящее время Балтийская Антанта? […] Не может быть никаких сомнений в том, что Балтийская Антанта является легальной формой англо-французского влияния в Прибалтике, что и в настоящее время Балтийская Антанта занята закулисной антисоветской возней. Не исключено, что, учитывая происшедшие изменения в международной обстановке, Балтийская Антанта может попытаться (если уже не пытается) «переориентироваться» на Германию». Констатировав наличие специального журнала «Revue Baltique» и нелояльную к СССР позицию прибалтийской прессы, Хавинсон ставил вопрос: «Не назрело ли время принять с нашей стороны реальные меры для ликвидации Балтийской Антанты»? Это письмо интересно тем, что многие его положения позднее были использованы в заявлениях советского правительства и в пропаганде[1183].

2 июня литовскому посольству в Лондоне было сообщено частное мнение начальника Восточноевропейского департамента МИД Англии У. Стрэнга, который считал, что «русские, кажется, дрожа от страха вследствие неожиданного для них успеха немцев, уже исподволь, видимо, начинают придираться к прибалтийским государствам, на этот раз начиная с Литвы, чтобы при необходимости свойственными большевикам методами можно было бы оправдать эвентуальную оккупацию Прибалтики, исходя из параллели – если бы англичане раньше оккупировали Голландию и Бельгию, а также Норвегию и Данию, им легче было бы бороться с Германией, будучи ближе к ее границам, чем теперь. Вести из Эстонии по поводу эвентуальных намерений русских также, если не тревожные, то уже и не хорошие»[1184]. 5 июня Департамент политической разведки МИД Англии в своем еженедельном обзоре № 35 предсказывал попытку Советского Союза усилить свои стратегические позиции в Прибалтике, поскольку он недоволен столь быстрыми успехами Германии[1185]. Тем временем 2–5 июня в ходе проверок населения вокруг советских баз литовская полиция провела в Вильнюсе, Ионаве, Алитусе, Приенае и Ново-Вилейке обыски и арестовала 265 человек. Для подавления возникшей в Гайжунай забастовки было арестовано 163 человека, а 11 человек были заключены в концентрационные лагеря[1186].

4 июня Л. Наткевичус сообщил В.М. Молотову о том, что литовское правительство произвело аресты 64 подозреваемых, начало очищение от подозрительного элемента районов расположения советских воинских частей, с 1 июня там учреждены специальные полицейские участки для контроля жителей, были высланы женщины подозрительного поведения и введен строгий надзор за трактирами, а некоторые из них были закрыты. Для расследования вопроса об исчезновении советских военнослужащих создана особая следственная комиссия, которая заинтересована в помощи советского командования. С советской стороны было выражено пожелание, чтобы для переговоров в Москву прибыл литовский премьер-министр[1187]. В тот же день по случаю приезда в Москву латвийского военного министра генерала К. Беркиса в посольстве Латвии прошел обед, в ходе которого литовский посланник Л. Наткевичус имел возможность переговорить с наркомом обороны СССР маршалом С.К. Тимошенко относительно некоторой «напряженности», возникшей между Литвой и СССР. Как сообщил в Каунас литовский посланник, «маршал имеет весьма трезвый взгляд и никакого трагизма в ней не усматривает. Он даже обмолвился, что тут, наверно, есть вина и самих красноармейцев и их руководства, потому что, по-видимому, не были приведены в порядок ворота, вход через них. Бутаев же был просто-напросто “сволочь”»[1188].

4 июня нарком внутренних дел направил И.В. Сталину, В.М. Молотову, К.Е. Ворошилову и С.К. Тимошенко сообщение № 2282/б/сс о допросе красноармейца Н.З. Шмавгонца от 2 июня, в ходе которого он сознался в дезертирстве, и вышеприведенный протокол допроса[1189]. 5 июня нарком внутренних дел направил И.В. Сталину, В.М. Молотову, К.Е. Ворошилову и С.К. Тимошенко сообщение № 2300/б/сс о том, что в Литве шаулистам выдано оружие, проводится в небольших масштабах мобилизация запасных 1906 года рождения, а также распространяются слухи о том, что «советское правительство удовлетворено объяснениями литовцев по поводу ноты Народного Комиссара Иностранных дел и, признав всю неправоту свою, извинилось перед литовским правительством». Так же разведка фиксировала и оживление контактов с Германией[1190]. Обсудив советское предложение, литовское правительство 5 июня приняло решение послать премьер-министра в Москву для достижения договоренности по поводу ликвидации инцидента с советскими военнослужащим. В случае договоренности в рамках советско-литовского договора о взаимопомощи, литовский премьер-министр уполномочивался подписать новый договор, но в ином случае он должен был обратиться с запросом к правительству[1191].

7 июня премьер-министр Литвы А. Меркис прибыл в Москву, где начались советско-литовские переговоры. В.М. Молотов обвинил литовское правительство в нелояльном отношении к СССР, что выражалось, по его мнению, в похищении красноармейцев и других провокациях, затягивании расследования, арестах литовского обслуживающего персонала в советских гарнизонах, чрезмерно частых сборах шаулистов. Любые оправдания Меркиса без рассмотрения отметались Молотовым, считавшим, что во всем виновата литовская политическая полиция. Тем более что переданные литовской стороной материалы расследования дела Бутаева свидетельствовали о его связях с агентами литовской спецслужбы. Предложение Меркиса создать режим полной изоляции советских войск от местного населения во избежание новых проблем было отвергнуто Молотовым, который заявил, что «Советское правительство не может удовлетвориться ни их формальными ничего не значащими заявлениями от 26 и 28 мая и ни сегодняшним его ответом, так как враждебное поведение Литовского правительства по отношению к Советскому Союзу и Договору о взаимопомощи налицо. А раз так, то надо делать какие-то серьезные выводы». В заключение беседы литовскому премьер-министру было предложено «основательно подумать над ответом на этот поставленный перед Литовским правительством коренной вопрос»[1192].