Наряду с проблемой, возникшей в советско-литовских отношениях в связи с исчезновениями красноармейцев, Москва решила оказать некоторый нажим и на Эстонию. 28 мая в газете «Правда» была опубликована статья «Политические настроения в Эстонии», в которой указывалось, что «последние события в Европе привлекли большое внимание различных слоев населения Эстонии. В противоположность большей части эстонских газет определенная часть эстонской интеллигенции расценивает оккупацию немцами Дании и Норвегии, вторжение их в Голландию и Бельгию как агрессию, как порабощение малых народов. Эта часть интеллигенции проповедует лояльное отношение к Англии и высказывает ненависть к Германии и ко всему германскому. […] Та часть эстонской интеллигенции, которая враждебно настроена к Германии, распространяет слухи о том, что дружба между Германией и СССР непрочна и кратковременна, что неизбежна война между обеими странами, которая принесет страдания эстонскому народу. Некоторые из лиц, проповедующих подобные настроения, различными нитями связаны с английским и американским посольствами. […] Правящие круги Эстонии стараются быть нейтральными в отношении событий на западе. Государственные деятели в своих речах не осуждают и не одобряют действия Германии. О Советском Союзе они стараются вообще не говорить. Они считают, что пакт о взаимопомощи спас Эстонию от войны, но говорить об этом не нужно. Торговля с СССР помогает Эстонии вести нормальную хозяйственную жизнь, но об этом надо говорить меньше и говорить только тем, кому это положено по долгу государственной службы. Данные о внешней торговле между Эстонией и СССР, например, не публикуются. Во всех этих предосторожностях сквозит стремление затушевать и скрыть от общественного мнения роль СССР для Эстонии, боязнь перед Англией за свои отношения с СССР»[1172].

Естественно, эстонская пресса постаралась опровергнуть прозвучавшие упреки. 31 мая газета «Пяэвалехт» опубликовала статью, в которой отмечалось, что эстонское руководство всегда подчеркивало «большое значение эстонско-советского пакта о взаимопомощи и особенно то обстоятельство, что с его помощью удалось сохранить мир в Балтийских государствах. Эта точка зрения была и остается неизменной». С эстонской стороны никто не пытается скрывать, что «эстонско-советский товарообмен помогает Эстонии продолжать нормальное развитие экономической жизни. […] Отношения Эстонии с Советским Союзом и Германией по-прежнему остаются благополучными и благоприятствующими дальнейшему развитию». Это общее мнение всего эстонского народа. «Если в некоторых слоях общества могут встречаться другие взгляды, то здесь речь идет, по-видимому, о безответственных и недооценивающих существующее положение лицах, чье мнение не заслуживает ни упоминания, ни тем более обобщения»[1173].

Одновременно 28 мая по поручению В.М. Молотова из секретариата НКИД наркому обороны маршалу С.К. Тимошенко было переслано письмо полпреда в Латвии В.К. Деревянского от 25 мая, в котором высказывалось предложение использовать приезд в Москву латвийского военного министра генерала К. Беркиса для того, чтобы поставить перед правительством Латвии следующие вопросы. Предлагалось изменить редакцию 1-го пункта конфиденциального протокола к советско-латвийскому пакту о взаимопомощи, указав вместо словосочетания «на время этой войны» – «на срок действия Пакта». Подготовить специальное соглашение об установлении взаимодействия на случай военного нападения. Помогая латвийской армии на льготных условиях вооружением, следовало заключить Соглашение о прикомандировании к латвийским частям советских военных инструкторов для освоения новой боевой техники[1174]. 2–9 июня Москву посетил военный министр и командующий латвийской армии генерал Беркис, который был принят наркомом обороны маршалом Тимошенко и председателем СНК СССР Молотовым. Для латвийского гостя была подготовлена обширная культурная программа, но, насколько можно судить, каких-либо политических переговоров не велось[1175]. Однако среди иностранных дипломатов возникли различные слухи о новых советских требованиях в отношении Латвии[1176].

Тем временем в 10 часов 30 мая литовское правительство через советского полпреда в Каунасе предложило направить в Москву для переговоров министра иностранных дел[1177]. В тот же день Литва сообщила Германии о проблемах в советско-литовских отношениях в связи с пропажей красноармейцев[1178]. 31 мая германский посол в Москве Ф. фон дер Шуленбург просил В.М. Молотова «проинформировать его о том, каковы взаимоотношения СССР с Литвой и возможно ли разрешение тех вопросов, которые сейчас поставлены Советским Союзом перед Литвой». Молотов «ответил, что линия поведения Литвы является нехорошей и что вопрос, понятно, может быть разрешен»[1179].

1 июня литовский посланник в Москве заверил заместителя наркома иностранных дел В.Г. Деканозова в том, что у литовского правительства имеется горячее желание «пойти навстречу всем требованиям Правительства Советского Союза в деле выяснения обстоятельств исчезновения советских военнослужащих, выявления виновников и строжайшего их наказания». Для успешного хода следствия посланник просил «сообщить литовским органам дополнительные факты, добытые следствием, проводимым советским военным командованием на месте», например, «разрешить литовским органам произвести совместно с советским военным командованием в Литве допрос потерпевших, возвратившихся в свои части военнослужащих Шмавгонца и Писарева». Однако Деканозов уклонился от какого-либо конкретного ответа[1180]. 2–3 июня советское полпредство в Литве обращало внимание Москвы на стремление литовского правительства «предаться в руки Германии», активизацию «деятельности пятой германской колонны и вооружение членов союза стрелков», подготовку к мобилизации. Все это, по мнению советских дипломатов, разоблачает «подлинные намерения литовских правящих кругов», которые в случае урегулирования конфликта лишь усилят «свою линию против договора, перейдя к «деловому» сговору с Германией, выжидая только удобный момент для прямого удара по советским гарнизонам»[1181]. 2 июня нарком внутренних дел Л.П. Берия направил наркому обороны сообщение № 2246/б/сс о том, что в Литве оживилась деятельность местных немцев и шаулистов, распускающих слухи о неизбежной войне Германии против Советского Союза, в которой СССР будет разбит, и о проведении тайного призыва офицеров запаса[1182].