Тем не менее инерция в военно-экономической области господствовала и в начале пребывания Кеннеди на президентском посту. 30 января 1961 года, через десять дней после переезда в Белый дом, новый президент дал санкцию на ускоренное строительство стратегических подводных лодок «Поларис» и дальнейшее развертывание межконтинентальных баллистических ракет «Минитмэн». Так Кеннеди проводил в жизнь предвыборное обещание значительно усилить меры по обеспечению национальной безопасности, причем осуществлялись они со значительным превышением необходимости. Когда Кеннеди доложили, что на вооружение требуется поставить 950 ракет «Минитмэн», он вначале выразил сомнение в необходимости такого большого количества. Министру обороны Макнамаре был задан вопрос, зачем так много. «Потому что это наименьшая цифра, которую мы можем предложить на Капитолийском холме. Иначе нас там убьют», — последовал ответ.

С этими мерами была связана специфическая форма психологической войны — развертывание кампании за строительство в массовом масштабе убежищ, которые способны были бы защитить американцев не только от прямого удара, но и от радиоактивного излучения в случае термоядерной войны. 25 июля 1961 года президент выступил по телевидению и радио, призвав широко развернуть строительство бомбоубежищ на случай ядерной войны с соответствующим запасом пищевых продуктов, воды и медикаментов, «чтобы выжить». 15 сентября 1961 года, вновь выступая с кратким обращением к нации (в этот же день оно было опубликовано в печати), Джон Кеннеди повторил этот призыв, адресованный всем американцам. Он говорил: «Ядерное оружие и возможности ядерной войны являются фактами, которые мы не можем игнорировать. Я не верю, что война может решить какую-либо из проблем, с которой сейчас сталкивается мир. Но решаем не только мы. Правительство прилагает усилия, чтобы улучшить вашу защиту средствами гражданской обороны на местах. Мы начали и будем продолжать в следующие полтора года проверку всех общественных зданий, которые не имеют потенциальных убежищ, с тем чтобы оборудовать эти здания соответствующими убежищами с запасом пищи и медицинских препаратов и оборудования в расчете на одну неделю и запасом воды на две недели для всех находящихся в этих убежищах. В дополнение к этому я рекомендовал конгрессу создать запасы пищи в специальных центрах по всей стране, где они могут потребоваться в случае атаки. Наконец, мы развиваем улучшенную систему предупреждения, которая сделает возможным подавать звуковые сигналы в ваши дома и на места работы». За этим и следовал призыв к созданию домашних убежищ, который президент еще раз повторил в выступлении 6 октября.

Началась массовая кампания по строительству убежищ, снабжению их пищей и водой, медикаментами и т. д. «Ученые и лжеученые спорили по поводу того, сколько человек переживет ядерную войну при наличии убежищ и в случае их отсутствия». Президент поддержал предложенный журналом «Лайф» «быстрый и легкий способ» строительства убежищ из готовых деталей. Лишь после преодоления Кубинского кризиса 1962 года истерическая кампания по строительству домашних и общественных убежищ стала постепенно затухать.

Усиление гонки вооружений и соответствующий психологический настрой, однако, не были связаны с действительным отставанием США от СССР в области ракетно-ядерной техники, и Джон Кеннеди с первых месяцев пребывания на президентском посту имел на этот счет убедительные данные. В развитии военно-промышленного комплекса сохранялись традиции, проявлялись элементы консерватизма. Кроме того, весьма важно было сохранять быстрое развитие современных военных технологий и в интересах трудовой занятости, и в качестве стимула к общему научно-техническому прогрессу. М. Банд и писал Т. Соренсену в середине марта 1961 года, что так называемый «ракетный разрыв» между СССР и США в пользу СССР является заблуждением, и «президент может об этом сказать без опаски». По словам того же Банди, Кеннеди придерживался следующей точки зрения: «Наша военная мощь такова, что она в состоянии преодолеть любую атомную агрессию… Наша способность энергично действовать при помощи обычного вооружения в ситуациях, которые не требуют необходимости прибегнуть к всеобщей атомной атаке, должна быть существенно увеличена». Более того, «в ужасном случае всеобщей атомной войны мы должны сохранять способность действовать вполне рационально, поступать в соответствии с национальными интересами, оказывая на врага давление и предоставляя ему выбор».

В дальнейшем ракетно-ядерная стратегия Кеннеди претерпела определенные модификации.

В то же время от доктрины «массированного возмездия» администрация стала отказываться с самого начала своей работы. Ей на смену приходила стратегия «гибкого реагирования», которая исходила из того, что вполне вероятна неядерная фаза конфликта, в течение которой горячие головы могут несколько поостыть и появится возможность решения спорных проблем мирным путем на базе прекращения военных действий. Можно полагать, что на такой поворот советников Кеннеди по ядерной проблеме и его самого определенное влияние оказала работа Г. Киссинджера.

Правда, критики стратегии «гибкого реагирования» обращали внимание, что она по сути дела ставила США в положение постоянно обороняющейся страны, отдавала инициативу в руки вероятного врага, не предусматривала возможности упреждающего удара. Президенту приходилось оправдываться, отдавая в то же время новые распоряжения об увеличении военных заказов.

По инициативе Кеннеди в правительстве США был образован новый специализированный орган — Агентство по контролю над вооружениями и по разоружению, во главе которого был поставлен известный республиканец Джон Макклой. Вслед за этим под непосредственным наблюдением президента в июне 1961 года в Женеве были начаты соответствующие советско-американские переговоры.

Вынужденно идя навстречу советской пропагандистской шумихе по поводу всеобщего и полного разоружения, американская делегация представила на переговоры «заявление о принципах», которое, в перспективе соглашаясь с идеей разоружения, предлагало следовать по этапам, начав дело с реального контроля над вооружениями путем инспекций территории каждой договаривающейся страны.

Всё же после новых встреч в Москве и Нью-Йорке в июле и сентябре появилось совместное заявление о согласованных принципах, фиксировавшее благую, но недостижимую цель всеобщего разоружения. И тем не менее американская сторона по прямому указанию Кеннеди обращала основное внимание на вопрос о контроле над вооружениями при одновременном его сокращении. Советские лидеры, и прежде всего Хрущев, воспринимали это как стремление установить под ширмой международного контроля развернутую разведывательную сеть на территории Советского Союза.

Став президентом, Джон Кеннеди, следуя примеру своих предшественников, особенно Эйзенхауэра, не только взял под прямое личное руководство решение проблем внешней политики страны, но и попытался двинуть вперед рассмотрение и по возможности решение конфликтных вопросов путем личных контактов на высшем уровне. Уже вскоре после вступления в должность новый президент собрался в Европу. Намечались две главные встречи — в Париже с президентом Шарлем де Голлем и в Вене с советским лидером Н.С. Хрущевым.

Незадолго перед этим возвратившийся к власти де Голль серьезно беспокоил американское руководство своими заявлениями о «Европе отечеств», то есть о частичном отказе от западноевропейской интеграции и соответственно от участия его страны в военной организации НАТО. В еще большей степени президента беспокоила предстоявшая встреча с советским лидером, у которого незадолго перед этим, как раз во время американской предвыборной кампании, произошел серьезный конфликт с Эйзенхауэром в связи с уничтожением шпионского самолета У-2 в районе Свердловска.