Применение против подполья карательных отрядов не давало существенных результатов, поскольку они вылавливали только лиц, выступавших с оружием в руках. Агитаторы и пропагандисты оставались безнаказанными. Местная милиция в силу некомпетентности и перегруженности работой личного состава, отсутствия специальных средств оказалась бессильна[1098]. Для розыска большевистских деятелей в ряде случаев вместе с карательными отрядами следовали сотрудники контрразведки. Но подобные меры не смогли воспрепятствовать росту крестьянских волнений, поскольку выступления в деревнях провоцировались в первую очередь действиями властей, которые оказались не в состоянии решить важнейшие социально-экономические проблемы. Не вызывали у крестьян симпатий к режиму грабежи, насильственные мобилизации, карательные экспедиции отдельных белогвардейских отрядов.

Во второй половине 1919 г. обстановка на Восточном фронте стала изменяться в пользу красных. Войска белых потерпели поражение на Урале. Реввоенсовет Восточного фронта и Сиббюро ЦК уделяли особое внимание подполью и партизанским отрядам, направляя их деятельность на дезорганизацию тыла противника. Начавшееся 2 августа 1919 г. восстание на Алтае сорвало планы колчаковских войск, намеревавшихся нанести фланговый удар по частям Красной армии. К осени развернулось партизанское движение в Иркутской губернии. В Енисейской губернии власти контролировали лишь Красноярск и несколько других населенных пунктов, где стояли крупные гарнизоны. По подсчетам исследователей, к концу 1919 г. численность партизан в Сибири, по советским источникам, достигала почти 140 тысяч человек[1099].

После разгрома войск А.В. Колчака политическая обстановка на Дальнем Востоке продолжала оставаться нестабильной.

В 1921–1922 гг. Приморье оставалось последним оплотом белых сил в России, где сосредоточились остатки колчаковской армии. Смена режимов наложила свой отпечаток на борьбу спецслужб с большевистским подпольем. Силы и средства контрразведки зачастую распылялись между наблюдением за нелегальными коммунистическими организациями и политическими конкурентами. Примером тому является трехмесячная борьба за власть Временного Приамурского правительства с Г.М. Семеновым. Гродековская группа войск все же подчинилась правительству, а атаман 13 сентября 1921 г. уехал в Порт-Артур. Таким образом, каппелевцы и семеновцы пришли к непрочному единению[1100].

В то же время следует обратить внимание на значительную поддержку белой контрразведки со стороны японских спецслужб. В августе 1921 г. состоялось совещание между японским контрразведчиком полковником Асано и белогвардейским контрразведчиком полковником Шиманаевым о совместных действиях против большевистского подполья. На эти цели начальник штаба японской жандармерии в Приморье генерал Сибаяма выделил 10 тысяч иен и сменил агентуру[1101].

Значительное сопротивление режиму С.Д. Меркулова оказывали левые силы Приморья. Большевистская организация создала областной революционный комитет РКП(б), Дальбюро ЦК РКП(б) ассигновало средства на ведение подпольной работы. 18 июня 1921 г. левые партии для свержения белого правительства создали Межпартийное социалистическое бюро (МСБ), которое сформировало военно-технический отдел, взявший на себя основную работу по разложению войск Дальневосточной армии и ведению разведки в белогвардейских штабах. Большевики распространяли в воинских частях газеты и листовки, завозимые из Хабаровска и Читы, а также издаваемые на месте партизанами и подпольщиками. Особое внимание большевики уделяли работе по разложению белой армии.

В свою очередь, контрразведка пыталась выявить большевистские подпольные организации путем наружного наблюдения, внедрения агентуры, массовых облав и арестов. Например, в Никольск-Уссурийске местная контрразведка с привлечением частей гарнизона провела массовые обыски и арестовала 150 человек. Иногда в ходе массовых облав в застенки попадали невинные люди, что вызывало даже протесты прессы. В некоторых случаях власти даже были вынуждены освобождать часть арестованных[1102].

Благодаря внедренной агентуре спецслужбам удавалось добыть протоколы, доклады и переписку секретного характера местной коммунистической организации и опубликовать их в местной белогвардейской газете «Заря»[1103].

27 июля 1921 г. Дальневосточное бюро ЦК РКП(б) постановило начать подготовку к восстанию с целью свержения белого режима. Партизаны активизировали свою деятельность: взрывали мосты, нарушали связь, обстреливали посты и казармы.

В каппелевские части под видом безработных вступили несколько десятков коммунистов и комсомольцев. Главную работу в частях белых взял на себя военно-технический отдел МСБ. 11 августа контрразведка сообщала о том, что коммунисты имели агентуру во всех общественных и даже правительственных учреждениях, которая всеми средствами и способами старалась подорвать авторитет Временного Приамурского правительства, вела коммунистическую пропаганду среди войск[1104].

По данным профессора Ю.Н. Ципкина, к осени 1921 г. в подпольные организации входило 18 % солдат и 15 % офицеров[1105]. В контакт с Межпартийным социалистическим бюро вступали даже представители командования каппелевских войск, обещавшие признать ДВР и оказать помощь большевикам в совершении переворота в обмен на деньги, амнистию и настаивали на условии не расформировывать войска после успешного разрешения вопроса. Однако контрразведке Временного Приамурского правительства с помощью японской разведки удалось раскрыть эти планы[1106]. Шедшие на переговоры с начальником Полевого штаба главкома НРА бывшим полковником П. Луцковым каппелевские офицеры были перехвачены контрразведкой и ликвидированы[1107].