По официальным данным, в результате подавления восстания в Омске было убито 133 человека и 49 расстреляно по приговору военно-полевого суда, осуждены на длительное тюремное заключение и приговорены к каторжным работам 13 повстанцев. Исследователь П.А. Голуб считает, что в действительности жертв было не менее 900 человек, в том числе около 100 видных партийных работников[1061]. Историк А.А. Рец, ссылаясь на данные подпольных организаций, пишет о гибели более 1500 повстанцев[1062].

Оставшиеся на свободе руководители Сибирского обкома и Омского горкома 23 декабря провели совместное заседание, на котором приняли решение 1 февраля 1919 г. поднять в городе второе вооруженное восстание.

К концу января ЦОВК стали известны планы большевиков, время проведения восстания и силы, на поддержку которых они рассчитывали. Полковник Н.П. Злобин распорядился произвести обыски у причастных к организации железнодорожных рабочих[1063].

1 февраля группы боевиков ворвались в казармы 51-го и 52-го стрелковых полков, но солдаты заняли пассивно-выжидательную позицию и не поддержали инициаторов восстания. Куломзинские рабочие в количестве 150 человек были остановлены правительственными отрядами. В городе начались обыски и аресты. В ходе допросов некоторые подпольщики назвали имена сообщников. Таким образом, контрразведка вышла на руководителей комитетов. Всего ей удалось арестовать около 100 членов партии. 8 февраля более 10 человек были расстреляны, другие получили различные сроки каторги[1064].

В конце февраля осведомительный отдел Главного штаба располагал сведениями о намерении большевиков, потерпевших неудачи в организации массовых выступлений, перейти к единичным террористическими актам в отношении наиболее активных деятелей колчаковского правительства, а также к диверсионной деятельности – уничтожению складов военного имущества и боеприпасов, фабрик и заводов[1065].

Несмотря на провалы, большевики в режиме строжайшей конспирации 20–21 марта 1919 г. провели в Омске III партийную конференцию, в работе которой принимали участие около 20 представителей различных городов Сибири и Дальнего Востока. Однако колчаковским спецслужбам через внедренного агента удалось установить руководителей и партийных работников организации, хозяев явочных квартир, пароли, инструкции парткомам, штабам, партизанским отрядам, а главное – узнать о принятой резолюции, согласно которой большевики планировали направить разворачивавшуюся партизанскую войну в Сибири на отвлечение максимального количества белогвардейских вооруженных сил от фронта.

Поскольку решения конференции представляли серьезную угрозу безопасности тыла, контрразведка приступила к ликвидации подполья. Со 2 на 3 апреля было арестовано 6 человек. В ходе дальнейшей разработки белые арестовали П.Ф. Парнякова и Никифорова, курьеров ЦК Борисова-Цветкова, Л.М. Годисову, А. Валек. Один из подпольщиков так характеризовал ситуацию в Сибири: «В последнее время страшно трудно стало работать, ибо контрразведка действовала более жестоко, чем при царизме. Даже нельзя было учесть, сколько членов имела подпольная организация. Главным образом старались укрывать тех товарищей, которые могли быть каждую минуту расстреляны»[1066].

Несмотря на жесткий режим, омское подполье неоднократно пыталось возобновить свою деятельность, но безрезультатно. В апреле руководитель разведотделения штаба Оренбургской армии предупредил начальника КРО штаба ВГК о командированных из Оренбурга в Омск трех большевиках – Здобнове, Кравченко и Титове – с целью организации переворота и покушения на Верховного правителя[1067]. В этом же месяце контрразведка арестовала более 20 человек, разгромила областной и городской нелегальные комитеты. Тем самым спецслужбы лишили сибирское подполье руководящего центра, существование которого в связи с развертыванием борьбы было особенно необходимо. После ряда неудачных попыток поднять восстание в городе омские большевики перенесли свою работу в окрестности, где сформировали мелкие отряды по 10–15 человек, состоявшие преимущественно из бродяг, дезертиров и беглых военнопленных. Однако и там их деятельность находилась под негласным надзором контрразведки[1068].

Свой вклад в разгром большевистского подполья внесла и государственная охрана. Как явствует из сводки особого отдела Департамента милиции, уже в начале февраля 1919 г. (в первые недели своей деятельности) она раскрыла связи профсоюзов Омска с большевистским подпольем[1069].

В апреле 1919 г. органами госохраны в Омске был арестован один из личных шоферов А.В. Колчака – большевик Стефанович, готовивший по заданию партии покушение на Верховного правителя[1070].

Как явствует из рапорта начальника Акмолинского областного управления государственной охраны (в состав которого входил и Омск), только за июль – август 1919 г. чинами управления расследовано 137 дел, из которых по 83-м была доказана виновность подозреваемых[1071].

Не менее эффективно колчаковские спецслужбы действовали и в других городах Сибири и Дальнего Востока. 18 июня 1919 г. и.д. начальника КРО штаба ВГК докладывал начальнику отдела контрразведки и военного контроля управления 2-го генерал-квартирмейстера, что в течение трех месяцев в Томске были разгромлены все большевистские организации. После чего, по данным агентуры, оставшиеся партийные работники перенесли свою деятельность в Мариинский уезд, где в ближайших к городу деревнях занялись формированием боевых ячеек[1072].

В челябинскую организацию, ставившую своей целью свержение существующей власти путем убийства Верховного правителя, отделение контрразведки Западной армии внедрило агента А. Барболина, который выявил имена некоторых руководителей, их адреса и главные явочные квартиры. 20 марта 1919 г. отделение приступило к ликвидации подпольного горкома. Были разгромлены общегородской комитет, военно-революционный штаб, некоторые райкомы и ячейки. Во время обысков контрразведчики обнаружили оружие, взрывчатые вещества, документы, арестовали 200 человек, 66 из которых были привлечены к военно-полевому суду. 3 апреля в городе снова прошли аресты и обыски, была найдена тайная типография, много оружия и около 700 000 рублей[1073].