Монгольское вторжение, каким бы настораживающим оно ни было, не слишком испугало японцев, которые одновременно начали планировать экспедицию возмездия в Корею и сооружение береговой стены,[1013] чтобы предотвратить подобные высадки в будущем. Они отказались от идеи вторжения в Корею, но стена оказалась очень полезна, когда монголы высадились во второй раз в 1281 году. И вновь предание повествует о стотысячной армаде, хотя, по всей видимости, ее численность не превышала десяти тысяч человек. Прибывшее из Кореи войско империи Юань быстро захватило острова Цусиму и Ики, но не могло найти подходящего для высадки места рядом с Хакатой из-за сооруженной японцами стены. Спустя примерно два месяца после прибытия передовых отрядов подошли основные силы из Китая, но захватчики были ограничены в своих передвижениях, и японцы постоянно наносили им чувствительные удары, атакуя их суда и расположенные на островах войска. Согласно как японским, так и монгольским источникам, монгольский флот понес значительные потери от тайфуна, который разыгрался в тот момент, когда завоеватели готовились к отплытию. Однако термин «камикадзе», то есть «божественный ветер», встречается лишь в отчетах японских придворных и не упоминается в текстах непосредственных участников событий.

Японские суда, вероятно, были меньше китайских и сыграли соизмеримо малую роль в отражении флота империи Юань. Принято считать, что в сражении в заливе Данноура во время войны Гэмпэй у Хэйкэ было несколько «больших кораблей китайского типа»,[1014] но никаких пояснений этому термину не дается, а большинство их кораблей, по-видимому, было всего лишь маленькими лодками с экипажем не более десяти человек. На иллюстрациях к «Сказанию о монгольском нашествии» — документальном отчете о событиях,[1015] заказанном их непосредственным участником, японским самураем Такэдзаки Суэнага, — можно увидеть существенные различия между китайскими и японскими судами, а также между корейскими гребцами и монгольскими воинами. Иностранные суда имеют палубу, под которой располагались отверстия для весел. Японские лодки были открытыми, и гребцы гребли стоя. Ни на японских, ни на китайских кораблях не видно мачт или парусов, нос и корма тупые, и все оснащены расположенными в диаметральной плоскости рулями. По изображениям на свитке Такэдзаки нельзя судить о размерах судов,[1016] но представляется маловероятным, что японские суда обладали водоизмещением более тридцати тонн (около пятнадцати метров в длину) до середины XIV века. Согласно записям порта Хего, на шестнадцать сотен судов, заходивших туда спустя век, приходилось лишь шесть водоизмещением больше ста тысяч тонн, что, по-видимому, в три раза меньше вместимости китайских торговых судов XIII века.

Хубилай не оставил попыток покорить Японию, но вскоре его внимание было отвлечено Юго-Восточной Азией, местом самого дерзкого морского предприятия империи Юань: вторжения на остров Яву, расположенный в двадцати пяти сотнях миль от Китая. Как и в случае с Японией, Дайвьетом и другими континентальными соседями, основной целью Хубилая было признание его владычества. Желание подчинить своей власти остров Яву обусловливалось тем, что она стала основным местом торговли специями на востоке Индонезийского архипелага и при желании могла угрожать судоходству в Малаккском проливе. В 1222 году местный раджа Кен Ангрок узурпировал трон Яванского царства Кедири и основал в Восточной Яве царство Сингасари. Его честолюбивые последователи смогли воспользоваться консолидацией власти и начали проводить агрессивную политику зарубежной экспансии, которая достигла своего апогея в эпоху царства Маджапахит (1293–1528).

Из всех островов Юго-Восточной Азии Ява обладала идеальным расположением для доминирования в международной торговле. Большие излишки риса давали ей ценный ресурс для торговли с островами Пряностей, которые оказались изолированы от международной торговли вследствие блокады яванского флота, торговой политики и муссонного климата. Ява не осуществляла эффективный контроль над Малаккским проливом, предоставив, таким образом, полную свободу действий пиратам[1017] всего региона между Паганским царством и Кхмерской империей. Тем не менее правящая верхушка династии Юань полагала, что честолюбивый махараджа Кертанагара, правитель государства Сингасари, представляет главную угрозу для транзита через пролив. Уверенность китайцев, что Ява сосредоточила в своих руках управление всей торговлей в Юго-Восточной Азии, родилась из описания Марко Поло, основанного скорее на слухах, чем на собственных наблюдениях. «Богатства здесь столько,[1018] что никому на свете ни счесть, ни описать его. Большие богатства вывезли отсюда купцы Зайтона [Цюаньчжоу] и Манги [Южный Китай] и все еще вывозят до сих пор; здесь источник большинства специй, которые расходятся отсюда по рынкам всего мира». Кертанагара, по-видимому, не стремился подчинить себе соседнюю Суматру, но, скорее всего, он, как и китайцы, старался любыми средствами предотвратить появление конкурентов.

В 1289 году послы, которых империя Юань послала на Яву с предложением признать их владычество, вернулись обратно с изуродованными лицами, покрытыми татуировками.[1019] В отместку Хубилай выслал на остров карательную экспедицию численностью двадцать тысяч человек. Предвидя такие последствия, Кертанагара выслал свой флот навстречу монголам, но перехватить их корабли по дороге не удалось. Лишившись значительной части своей армии, Кертанагара был убит главой не покорившегося ему государства Кедири. Зять и преемник Раден Виджая пообещал монголам стать вассалом Хубилая, если они помогут ему отомстить за смерть Кертанагары. После того как объединенные силы монголов и яванцев разгромили Кедири, Виджая обратил свои войска против недавних союзников и вынудил их покинуть остров. Виджая основал империю Маджапахит со столицей в городе Тровулан на реке Брантас примерно в пятидесяти пяти километрах на юго-восток от современной Сурабаи. В последующие два с половиной столетия Маджапахит оставалась ведущей морской торговой державой в индонезийских водах и осуществляла контроль практически над всем архипелагом. Согласно «Хронике султанов Пасая», написанной в Северной Суматре, «люди в огромных количествах[1020] съезжались в Маджапахит… Народ постоянно перемещался между территориями, которые подчинялись султану. С востока они приезжали с островов Банда и Серама, привозя на продажу воск, древесину сандалового дерева, масло дерева массойя, корицу, гвоздику и мускатный орех в больших количествах».[1021] Поскольку империя Маджапахит обладала практически эксклюзивным доступом к островам Пряностей, растущий спрос на специи в Юго-Восточной Азии, на Ближнем Востоке и в Европе обеспечивал ей устойчивое процветание.