На протяжении операции все прилегающие акватории находились в подчинении Рамсея, включая комендантов военно-морских баз в Портсмуте, Плимуте и Норе. Каннингхэму ужасно не нравилась такая организация, но он не мог ничего с этим поделать — морская часть операции должна была осуществляться в условиях строгого единоначалия. Англичане вернулись к обычной структуре командования сразу, как только это стало возможным.

Адмиралтейство прежде всего волновали попытки вмешательства в ход операции морских сил противника, поскольку акватория пролива и открытые якорные стоянки у пляжей были забиты кораблями, представлявшими очень соблазнительную цель. Днем 7 июня премьер-министр предупредил Каннингхэма по телефону, что Дениц якобы отдал приказ подводным лодкам, невзирая ни на какой риск, атаковывать морские перевозки союзников. Первый морской лорд ответил, что флот обеспечит им максимальную степень риска.

Примерно за 2 месяца до начала операции германское морское командование начало отзывать подводные лодки с североатлантических коммуникаций и концентрировать их в портах. По состоянию на 6 июня 1944 года в портах Западной Франции находились 36 немецких подводных лодок и еще 21 лодка в норвежских портах. В море патрулировали только 12 субмарин. Британская морская разведка доложила, что в мае 6 подводных лодок, оснащенных «шноркелями», отрабатывали совместные маневры в Ла-Манше.

Высадка союзников на побережье Нормандии застала германское морское командование, как, впрочем, и все германское руководство, врасплох. Поэтому 6 июня 1944 года непосредственно в районе вторжения не оказалось ни одной подводной лодки. Но уже вечером того же дня германские субмарины в большом числе начали выходить из французских портов на побережье Бискайского залива. До полуночи на оперативный простор вышли 35 подводных лодок. 9 субмарин, оснащенных «шноркелями» из Бреста и Ла Паллиса заняли позицию в 25 милях к югу от острова Уайт, где им надлежало атаковывать конвои, идущие к побережью Нормандии. Еще 7 подводных лодок из Бреста (без «шноркелей») приступили к патрулированию вдоль юго-западного берега Корнуэлла и Девона. Остальные 19 растянулись в оборонительную линию вдоль западного берега Франции. Все подводные лодки, находившиеся в Атлантике, получили приказ полным ходом возвращаться к Ла-Маншу.

Хотя подводные лодки, оснащенные «шноркелями», оказались весьма эффективными и трудно обнаружимыми, в целом, можно констатировать, что германским подводным силам не удалось существенно повлиять на вторжение союзников на континент. Союзники просто «задавили их числом». Против подводных лодок, сконцентрированных на достаточно ограниченном пространстве, британский флот сосредоточил подавляющие противолодочные силы. В июне подводным лодкам удалось потопить только 6 транспортов, в июле — 4 и в августе — 8. В течение тех же 3 месяцев союзники потопили в прибрежных водах 35 подводных лодок. В середине августа подводные лодки ушли в порты северной Франции, окончательно покинув свои базы на побережье Бискайского залива.

Германские торпедные катера из Гавра и Шербура совершали почти еженощные набеги в зону вторжения, вступая в ожесточенные стычки с английскими эсминцами и торпедными катерами. Одну попытку вмешаться в ход операции «Оверлорд» предприняли германские эсминцы, базировавшиеся в Бресте. Ранним утром 9 июня британская 10-я флотилия эсминцев под командованием капитана 1 ранга Б.Джонса вступила в бой с 4 германскими эсминцами. Один англичане потопили, остальные обратили в бегство.

Фактически, самые большие неприятности союзникам в районе вторжения доставили морские мины, выставленные с торпедных катеров и низколетящих самолетов. «Немцы с обычной своей изобретательностью изготовили два новых типа мин», — писал Каннингхэм, — «которые срабатывали от перепадов давления воды, когда над ними проходило судно. Первый из этих типов мин не поддавался тралению ни при каких обстоятельствах, а второй — только при определенных погодных условиях. Мины причинили наибольшие потери».

Ранним утром 16 июня Георг VI в сопровождении Каннингхэма поднялся на борт крейсера «Аретьюза» в Портсмуте, на котором они совершили плавание к берегам Нормандии. В проливе им открылось необычное зрелище огромного числа транспортов и мелких судов, двигавшихся в разных направлениях. «Аретьюза» подошла к британскому сектору высадки. Берега Нормандии живо напомнили Каннингхэму Галлиполи в 1915 году. Официальные лица посетили флагманский корабль адмирала Филиппа Вайяна крейсер «Сцилла». побывали на берегу, где совершили восхождение на маяк, служивший англичанам пунктом корректировки стрельбы с кораблей. Первый морской лорд удивился, почему немцы не удосужились его снести. В тот же день вечером король и сопровождавшие его лица возвратились в Англию.

К тому времени жизнь в английской столице чрезвычайно осложнилась. Еще за три дня до путешествия к берегам Нормандии, около 4 утра 13 июня первый морской лорд был разбужен воздушной тревогой и редкой стрельбой зенитных орудий, поскольку сообщалось только об одном самолете. На самом деле это оказался первый беспилотный самолет-снаряд, или крылатая ракета Фау-1. Он рухнул на Лондон в районе Бетнам-Грин и разрушил железнодорожный мост.

Первый массированный налет на Лондон Фау-1 состоялся 15 июня. Немцы обрушили на британскую столицу всего на 100 т. взрывчатки меньше, чем в худшие времена битвы за Англию. Самолеты-снаряды оказались очень неудобными целями. Они летели на высоте около 1 км со скоростью 620–650 км в час, т. е. быстрее практически всех типов союзных истребителей, за исключением самых новейших. Боевая часть содержала около 1 т. взрывчатки. Начиная с 13 июня в первые сутки на Лондон упали 200 Фау-1, а в последующие 5 недель не менее 3.000. Каннингхэм вспоминал, что «для простого человека они стали настоящей пыткой. Приближение самолета-снаряда можно было слышать с большого расстояния, и время между остановкой его двигателей и взрывом превращалось в период напряженного нервного ожидания. После нескольких таких ночей, пережитых в нашей квартире в Адмиралтействе, я стал уходить на ночь в свой кабинет под цитаделью, а жена со служанкой ночевали под зданием Адмиралтейства. Самым неприятным было то обстоятельство, что чем хуже стояла погода, тем обильнее становился рев летающих бомб. Нашим истребителям ПВО погода мешала, а бомбам нет».

В течение первой недели массированных налетов Фау-1 погибли 5.000 лондонцев, были уничтожены и повреждены 136.000 домов. В дневнике Каннингхэма есть запись, датированная 20 июня: «Еще одна беспокойная ночь. Летающая бомба с ревом пронеслась, казалось, прямо над головами, а мы сидели и слушали, когда ее двигатели остановятся. Боюсь, мои нервы уже не такие крепкие, как когда-то. Старость»! В конечном итоге эффективность Фау-1 удалось заметно снизить общими усилиями истребительной авиации, зенитной артиллерии, радаров и заграждений из стратостатов. Всего немцы выпустили по Лондону 8.500 Фау-1, из которых 2.400 преодолели все преграды и достигли цели. От летающих бомб погибли 6.000 мирных жителей. 18,000 получили серьезные ранения. Около 750.000 зданий и объектов были разрушены или повреждены.

В начале сентября 1944 года налеты Фау-1 прекратились, поскольку наступавшие армии союзников уничтожили их стартовые площадки. 8 сентября на Лондон упали две первые баллистические ракеты Фау-2. В течение последующих 7 месяцев немцы выпустили по Лондону с территории Голландии 1.300 баллистических ракет, из которых 500 достигли цели. Хотя Фау-2 по своей разрушительной мощи в два с лишним раза превосходили самолеты-снаряды, по свидетельству Каннингхэма, их встретили «с некоторым облегчением». «Они прилетали с такой ужасающей скоростью, что на испуг не оставалось ни минуты. Фактически, они оповещали о себе уже взрывом, не оставляя времени на раздумье или бегство в укрытие. Мы с женой и наши немногочисленные домочадцы перестали прятаться в бомбоубежище и крепко спали в своих постелях».