Ближе к концу Балканских войн возник вопрос защиты прав евреев, живущих на территориях, которые после заключения мирного договора подпадали под новую юрисдикцию.

Понимая это, Шифф активно участвовал в дискуссиях и переписке и входил в специальную комиссию Американского еврейского комитета, назначенную с целью предпринимать действия, которые будут сочтены целесообразными, чтобы предлагать ситуацию вниманию Совета послов в Лондоне. Ввиду вопиющего неуважения, какое некоторые страны, особенно Румыния, демонстрировали к своим обязательствам по Берлинскому трактату, он особенно заботился о том, чтобы евреев, живших на болгарской территории, которая отходила Румынии, наделили теми же правами, которыми они обладали прежде, и не подвергали бытовавшей в Румынии дискриминации.

В марте 1913 г. Американский еврейский комитет обратился к правительству Соединенных Штатов с просьбой оказать посредничество в этом деле. Администрация Вильсона впоследствии поручила американскому послу в Лондоне известить Министерство иностранных дел Великобритании, глава которого, виконт (тогда сэр Эдвард) Грей, был председателем Конференции послов в Лондоне, что Соединенные Штаты с удовлетворением воспримут включение в окончательный текст договора условие, обеспечивающее полные гражданские свободы и свободу совести обитателям территории, о которой шла речь, независимо от их национальности и вероисповедания. Такие же письма были разосланы американским посланникам в Болгарии, Румынии и Сербии для передачи правительствам этих стран.

5 августа 1913 г., на мирной конференции в Бухаресте, снова были изложены пожелания правительства Соединенных Штатов, хотя оно и не было напрямую представлено на конференции, за что Шифф выразил свою благодарность Государственному департаменту. Румынский чрезвычайный и полномочный посол на Бухарестской конференции выразил мнение, что в таком условии нет необходимости, «поскольку принцип, лежащий в его основе, давно признан, фактически и юридически», но от имени всех чрезвычайных и полномочных послов объявил, что «обитатели любой вновь приобретенной территории, без различия в их вероисповедании, получают во всей их полноте те же гражданские и религиозные свободы, что и все прочие обитатели государства». Остальные послы согласились с этой точкой зрения.

Хотя в большинстве мусульманских стран положение евреев было благоприятным, это не относилось к Марокко, где евреи подвергались таким же суровым гонениям и преследованиям, как в средневековой Европе.

Осенью 1905 г. оказалось, что европейские страны по-разному представляют себе будущее Марокко. Дабы разрешить существующие противоречия, была созвана конференция в Альхесирасе. Неизвестно было, примут ли Соединенные Штаты участие в этой конференции, поскольку обсуждаемые вопросы на первый взгляд не затрагивали американские интересы. Однако конференция в Альхесирасе показалась удобным случаем, чтобы улучшить положение марокканских евреев, и Шифф, наведя справки у государственного секретаря Элиу Рута о вероятности участия США в этой конференции и получив положительный ответ, написал ему:

«21 ноября 1905 г.

Уважаемый мистер секретарь!

Получил Ваше письмо от 18 числа текущего месяца. Спасибо за содержащуюся в нем ценную информацию касательно вероятности того, что Соединенные Штаты примут участие в Международной конференции по марокканским делам.

Кроме того, я с интересом прочел программу конференции, согласованную Францией и Германией, копию которой Вы мне любезно прислали. Позвольте высказать свое мнение: было бы очень желательно, если бы наше правительство нашло способ теперь, когда положение в Марокко стало предметом международного обсуждения, настаивать на том, чтобы в любую принятую на конференции резолюцию включили условие о надлежащем обращении с марокканскими подданными иных вероисповеданий, кроме магометанского. Помимо евреев, которые подвергаются особенным гонениям, мне сообщили, что христиане и представители всех других вероисповеданий, кроме магометанского, также страдают в Марокко от беззаконий; и, как было в Берлине и на других конгрессах, когда страны-участницы настаивали на уравнивании статуса всех вероисповеданий по закону, кажется весьма желательным, чтобы таким же курсом следовали и на грядущем Международном конгрессе по марокканским делам.

Я взял на себя смелость приложить к письму к Вашему сведению справку, присланную мне из Европы. Она касается существующих ныне в Марокко ограничений, накладываемых на евреев. На взгляд американцев, такие ограничения кажутся почти гротескными.

Заранее благодарю за то, что уделите этому вопросу свое внимание…

Искренне Ваш,

Джейкоб Г. Шифф».

Президент и Государственный департамент дали подробные инструкции американским участникам конференции: они должны были внести предложение, чтобы в Марокко соблюдались равные права всех граждан, независимо от вероисповедания. Шифф в письме благодарил Рута за этот поступок.

Президент Рузвельт назначил главным представителем на эту конференцию Генри Уайта, одного из ветеранов дипломатического корпуса, в то время посла во Франции, и поручил ему на конференции добиться соблюдения гарантий религиозной и расовой толерантности в Марокко. В письме к Уайту Рут писал: «Мистер Джейкоб Г. Шифф предоставил мне доказательства существующих ограничений, наложенных на марокканских евреев, живущих не в портовых городах; данные ограничения кажутся в наши дни совершенно невероятными и вступают в резкое противоречие с любой здравомыслящей теорией отношений между правящим и управляемым классами. Если бы американский гражданин, еврей или нееврей, вынужден был переносить лишь десятую часть таких гонений, как в Марокко, нашему правительству невозможно было бы закрыть глаза на их существование; и равно тяжело сейчас игнорировать их, когда нас призвали участвовать, вместе с Марокко и другими державами, в разработке планов по улучшению отношений султаната со странами, с которыми он граничит по условиям договора. Призывы к благоразумию и доброй воле с обеих сторон направлены на то, чтобы ограничить дух нетерпимости и предотвратить рост антагонизма между мусульманами и немусульманами. Судя по всему, великие державы заинтересованы в достижении равенства для их граждан и национальных интересов в Марокко, а не в подчеркивании… классовых ограничений, которые тяготят туземцев. Последнее всего лишь раздует бытующие предрассудки и укрепит дух нетерпимости к иностранцам. Более того, очевидно, что такие ограничения действуют с целью уменьшения поля коммерческого взаимодействия, поскольку значительная часть населения Марокко лишается… равных возможностей, которые мы так стремимся установить, и перекрывает каналы обмена и возможности потребления и поставок».

Уайт поднял данный вопрос на конференции и потребовал, чтобы с марокканскими евреями обращались справедливо. Послы и министры всех великих держав, даже России, согласились с ним, и его резолюцию делегаты приняли единогласно: «…чтобы его светлость султан продолжил добрые дела, начатые его отцом и поддерживаемые им самим относительно его подданных-евреев, и чтобы… его правительство не упускало случая напомнить своим функционерам: по мнению султана, с евреями его империи и прочими иноверцами следует обращаться на основе справедливости и равенства».