Неслучайно, поэтому, что первым опубликованным трудом Спинозы было его изложение философии Декарта (1663 г.). Книга вызвала интерес; но результат, с точки зрения Спинозы, не вполне оправдал его ожидания. Он стал известным лицом. За латинской версией в следующем году последовал перевод на нидерландский язык, подготовленный Питером Беллингом, одним из последователей Спинозы, предпринимателем-меннонитом, поддержавшим связи с Испанией. Но горизонт еще оставался затянут тучами. Спиноза показывал черновики своих рукописей влиятельным друзьям, но воздерживался от публикации собственной философии из-за того мнения, «которое сложилось обо мне у простых людей; они не перестают обвинять меня в атеизме, и я вынужден всеми силами отражать эти обвинения». Он также по-прежнему опасался «предрассудков теологов, ибо я не знаю большего препятствия для людей, обративших свои мысли к философии». Видя, что он не сможет опубликовать свою «Этику» даже в сравнительно либеральном интеллектуальном климате 1660-х гг., Спиноза, как и Мейер, отважился на разновидность критики Библии, которая подвергала сомнению ее божественное авторство, подрывая притязания теологов, рассчитывая ослабить почтение народа к государственной Церкви и, тем самым, открыть путь для публикации и признания «философской истины». Реформатские проповедники Соединенных Провинций обладали духовной властью, вооруженные Писанием как божественным откровением. Достаточно было развенчать догмат о богодухновенности Писания — и противники оказались бы обезоружены.

Мейер вступил в бой первым — и, вполне возможно, без одобрения Спинозы — со своей «Philosophia S. Scripturae Interpres», которая была издана в Амстердаме без указании имени автора в 1666 г. Книга вызвала всеобщий взрыв страстей. В предисловии Мейер утверждал, что применил метод Декарта к единственной области, к которой он еще не применялся — к теологии. Теология, «принцесса научных дисциплин», доказывал Мейер, находилась в состоянии такого беспорядка, вызванного множеством взаимно противоречивых интерпретаций Писания, что обычные люди были ввергнуты в глубокое замешательство и полны сомнений. Лекарство от этого, считал он, заключалось в том, чтобы последовать подходу Декарта и одно за другим устранять все сомнительные положения, пока не останется лишь одна настолько очевидная истина, что в ней невозможно будет сомневаться. Так как Писание являлось основой теологии, он предлагал исследовать его как философ, временно закрыв глаза на знание, что оно было божественным откровением. Результат этого исследования состоял в том, что Писание было полно противоречий, разночтений и несообразностей, и что Бога, если он и был автором оригинала, нельзя считать автором того текста Библии, который дошел до нас. Тем самым Мейер предоставил воэцианцам самое лучшее из всех возможных доказательств, что если философия не подчинена строго теологии, то она неизбежно подорвет теологию.

Воэцианцы и кокцео-картезианцы осудили книгу Мейера. Обвинительный акт, изданный теологическим факультетом Лейденского университета, был подписан Кокцеюсом и Хейданом. Среди десятков проповедников, принадлежавших к обоим главным течениям, которые осудили труд, был и Беккер. Тринитаристские коллегианты также были возмущены. Мистик-милленарист Петр Серрарий в Амстердаме, близко знакомый с Мейером и Спинозой (и, вероятно, знавший, кто был автором книги), обвинил автора в низкопоклонстве перед идолом философии. Серрарий соглашался, что Церковь находилась в состоянии недуга, но утверждал, что преобладающий духовный кризис не имеет ничего общего с разночтениями в Писании, а вызван чтением Писания, не проникшись Святым Духом.

Книга Мейера была сразу же запрещена во Фрисландии и (хотя и более эпизодически) подвергалась преследованию в Голландии. За Мейером на арену борьбы последовал другой представитель кружка Спинозы, Адриан Коэрбах (ок. 1632-69 гг.), чей труд демонстрировал ярко выраженное пристрастие к коллегиантам и квакерам и враждебное отношение к государственной Церкви. «Bloemhof van Allerley Lieftijkheid» Коэрбаха (1668 г.), неосмотрительно изданная под его собственным именем, изобиловала антицерковными, антитринитаристскими и спинозистскими положениями. Второй, еще более радикальный труд, уже находился в печати, когда поднявшаяся против первого буря возмущения убедила издателя поставить в известность власти. Коэрбах пытался скрыться, но был найден, арестован магистратами в Кулемборге и передан их коллегам в Амстердаме. Приговоренный к десяти годам тюремного заключения и штрафу в 4 000 гульденов, он умер в темнице, к большой печали своих союзников, в октябре 1669 г. Его брат Иоганн также был посажен в тюрьму за антитринитаристские взгляды, но освобожден амстердамскими магистратами на том основании, что в Соединенных Провинциях лицо, не писавшее книги и не устраивавшее незаконных собраний, не могло быть наказано только за безбожные мысли.

Коэрбах атаковал доктрину Троицы, подчинял теологию философии, считал Библию источником заблуждений и был более категоричен в своей оценке, чем Мейер, что Писание не является божественым откровением, настаивая на том, что это необходимо разъяснять народу, чтобы его больше не вводили в заблуждение церковники. Он изложил все свои взгляды на нидерландском языке и дорого поплатился за это. Именно после постигшей Коэрбаха печальной участи и, возможно, отчасти вследствие этого Спиноза вступил в борьбу со своим «Tractatus Theologico-Politicus» (1670 г.), анонимно опубликованным в Амстердаме с ложно указанным местом издания в Гамбурге. Спиноза сам рассказывает в предисловии к книге, что его цель состояла в том, чтобы освободить личность и общество от предрассудков, коренившихся в страхе, и, освободив общество от предрассудков, вызволить личность из интеллектуального рабства. Намекая на кокцеянско-воэцианские словесные баталии, он отмечал, что теологи его времени «разглагольствуют, не заботясь о наставлении людей, но стремятся вызвать удивление, осыпая противников клеветой, и распространяют новшества и парадоксы», все из которых он считал бесполезными. Он обвинял Церкви в искажении религии, в результате чего «вера стала всего лишь смесью легковерия и предрассудков». Привнеся свет разума в изучение Библии, и отвергнув «принцип, согласно которому оно во всем божественно и истинно», Спиноза надеялся положить конец теологическим спорам и ненависти, нетерпимости и раздорам, сопутствовавшим им.

Издание «Tractatus» Спинозы немедленно вызвало ажиотаж по всей Голландии, хотя Спиноза нарочно опубликовал книгу только на латыни и принял энергичные меры, чтобы предотвратить ее издание на нидерландском языке (см. стр. 219-20 выше). Нидерландская версия (в переводе Глаземакера) появилась только в 1693 г. В Лейдене, как и в Харлеме, в мае 1670 г. латинский текст стал предметом обсуждения взбешенной консистории. Была отправлена делегация к бургомистрам, согласившимся, что те фрагменты, на которые обратили их внимание, были недопустимы, и распорядившимся изъять книгу из продажи в книжных магазинах. Когда Южноголландский синод собрался несколько недель спустя в Схидаме, «Tractatus Theologico-Politicus» был признан самым оскорбительным из всей недавней волны «глупых и богохульных книг», которую консистория была решительно настроена пресечь. Было решено, что примеру Лейдена должны последовать все. Делегатам было предписано убедиться, что все городские магистраты активно противодействуют распространению книги в соответствии с существующим антисоцинианским законодательством, как большинство из них и поступало на деле.